PDB-6eyu: Crystal structure of the inward H(+) pump xenorhodopsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eyu

タイトル

Crystal structure of the inward H(+) pump xenorhodopsin

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Retinal protein / proton transport

機能・相同性

Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / Chem-MUN / RETINAL / Bacteriorhodopsin

機能・相同性情報

生物種

Nanosalina sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kovalev, K. / Shevchenko, V. / Polovinkin, V. / Mager, T. / Gushchin, I. / Melnikov, I. / Borshchevskiy, V. / Popov, A. / Alekseev, A. / Gordeliy, V.

資金援助

フランス,

ドイツ,

ロシア, 5件

組織	認可番号	国
French National Research Agency	ANR-15-CE11-0029-02	フランス
German Research Foundation	ANR-15-CE11-0029-02	ドイツ
French Infrastructure for Integrated Structural Biology	ANR-10-INSB-05-02	フランス
GRA	ANR-10-LABX-49-01	フランス
ERA.Net RUS PLUS and Ministry of Education and Science of the Russian Federation	ID 323, RFMEFI58715X0011	ロシア

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Inward H(+) pump xenorhodopsin: Mechanism and alternative optogenetic approach.
著者: Shevchenko, V. / Mager, T. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Alekseev, A. / Juettner, J. / Chizhov, I. / Bamann, C. / Vavourakis, C. / Ghai, R. / Gushchin, I. / Borshchevskiy, V. / Rogachev, A. ...

履歴

登録	2017年11月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月31日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_audit_support ...audit_author / pdbx_audit_support / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eyu.cif.gz	296.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eyu.ent.gz	242.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/6eyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xioS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sw5-1 3a7k-d 5ite-d 3s82-d 6sw5-2 1o92-d 3abw-d 1o90-d 2ei4-1 4qi1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (4) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (4) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (4)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (4)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacteriorhodopsin

B: Bacteriorhodopsin

C: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

88.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Trimeric form

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.010, 93.870, 196.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin / Inward H(+) pump xenorhodopsin (NsXeR) 分子量: 25851.322 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nanosalina sp. (strain J07AB43) (古細菌) 株: J07AB43 / 遺伝子: J07AB43_12860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0QG75
#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / 13-cis-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O
#3: 化合物	ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン分子量: 282.547 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#4: 化合物	... ChemComp-MUN / [(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (~{E})-undec-2-enoate / MONOUNDECENOIN 分子量: 258.354 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₆O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法詳細: 1:1 protein-solution-to-monoundecenoin ratio; protein concentration of 30mg/ml; 2.8 - 3.4 M sodium malonate; pH 8.0.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.969 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.969 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→12 Å / Num. obs: 41796 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21.562 % / B_iso Wilson estimate: 60.793 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.286 / R_rim(I) all: 0.293 / Χ²: 0.995 / Net I/σ(I): 9.56

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.56	17.759	1.859	0.98	3062	0.329	1.914	99.9
2.56-2.64	18.948	1.657	1.17	2955	0.33	1.702	100
2.64-2.71	19.575	1.479	1.46	2891	0.364	1.518	100
2.71-2.8	19.614	1.326	1.79	2806	0.387	1.36	100
2.8-2.89	20.621	1.22	2.28	2709	0.532	1.251	100
2.89-2.99	22.67	1.135	2.67	2639	0.657	1.161	100
2.99-3.1	22.595	0.996	3.33	2551	0.728	1.019	100
3.1-3.23	22.73	0.922	4.04	2470	0.796	0.943	100
3.23-3.37	22.116	0.769	5.07	2376	0.875	0.787	100
3.37-3.54	21.813	0.624	6.9	2246	0.932	0.639	100
3.54-3.73	23.081	0.506	9.27	2142	0.971	0.517	100
3.73-3.95	23.515	0.381	13.32	2063	0.987	0.389	100
3.95-4.23	23.413	0.294	17.79	1926	0.992	0.301	100
4.23-4.56	22.557	0.24	23.65	1808	0.996	0.245	100
4.56-5	23.392	0.258	25.17	1656	0.997	0.264	99.9
5-5.59	24.108	0.244	23.27	1521	0.997	0.25	100
5.59-6.45	23.582	0.205	21.41	1354	0.997	0.209	100
6.45-7.91	22.4	0.115	28.16	1167	0.999	0.118	100
7.91-11.18	22.334	0.062	40.45	912	1	0.064	100
11.18-12	19.45	0.057	45.46	542	0.999	0.059	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XIO

1xio

解像度: 2.5→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 33.406 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.254
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	2069	5 %	RANDOM
R_work	0.2097	-	-	-
obs	0.2119	39282	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.18 Å² / B_iso mean: 74.755 Å² / B_iso min: 47.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.55 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	7.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-11.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5448	0	545	53	6046
B_iso mean	-	-	104.14	97.2	-
残基数	-	-	-	-	693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.001	0.02	6117
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.021	6077
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.427	2.034	8192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.654	3.027	13861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.758	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.175	23.134	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.475	15	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.839	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.026	0.021	6312
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.034	0.02	1276

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.562 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.424	147	-
R_work	0.383	2784	-
all	-	2931	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1136	0.0548	0.5661	0.7546	0.0174	1.6161	-0.048	0.0534	-0.018	-0.0048	0.0002	-0.0096	0.0587	0.086	0.0477	0.1106	-0.0085	-0.0053	0.0069	0.03	0.9654	-1.4444	-24.4965	28.1438
2	0.4818	0.1015	-0.058	0.2812	0.3616	1.3641	-0.0166	-0.0701	0.0352	-0.0479	-0.0658	0.0462	-0.0375	-0.1803	0.0824	0.0928	-0.0013	-0.0037	0.0842	-0.0261	0.9406	-28.904	-12.4719	25.7909
3	0.8299	-0.166	0.0787	0.739	0.1682	1.2027	-0.0299	0.0414	0.0049	-0.1713	0.0126	0.0077	-0.0595	0.0696	0.0173	0.1904	-0.0247	0.0064	0.008	-0.0077	0.9353	-4.4714	5.2693	24.8447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 229

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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