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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ert | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compounds RKp193 and RKp117 | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A regulatory subunit binding / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / axoneme / mesoderm formation / sperm flagellum / regulation of proteasomal protein catabolic process / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / dendritic spine / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage 著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5nw8C ![]() 5o0eC ![]() 5o5mC ![]() 5ol3C ![]() 5ot3C ![]() 5ouaC ![]() 5ousC ![]() 6egwC ![]() 6eh0C ![]() 6eh2C ![]() 6em2C ![]() 6em6C ![]() 6em7C ![]() 6emaC ![]() 6eruC ![]() 6ervC ![]() 6erwC ![]() 6esaC ![]() 6i2aC ![]() 6i2bC ![]() 6i2cC ![]() 6i2dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1945.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: PKI 5-22 with R18BAR mutation. The non natural amino acid is disordered 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A061IH64, UniProt: G3HK48*PLUS |
#3: 化合物 | ChemComp-BVZ / [ |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 5 mM RKp117, 17% v/v methanol/water in reservoir |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→38.542 Å / Num. obs: 36578 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.33 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 20.54 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 4.42 % / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique obs: 5718 / CC1/2: 0.874 / Rsym value: 0.503 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.542 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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