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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e8u | ||||||
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タイトル | Structure of the Mango-III (A10U) aptamer bound to TO1-Biotin | ||||||
![]() | RNA (37-MER) | ||||||
![]() | RNA / Aptamer / fluorescence / G-quadruplex | ||||||
機能・相同性 | Chem-HZD / : / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and functional reselection of the Mango-III fluorogenic RNA aptamer. 著者: Trachman 3rd., R.J. / Autour, A. / Jeng, S.C.Y. / Abdolahzadeh, A. / Andreoni, A. / Cojocaru, R. / Garipov, R. / Dolgosheina, E.V. / Knutson, J.R. / Ryckelynck, M. / Unrau, P.J. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 B
#1: RNA鎖 | 分子量: 12050.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 5種, 152分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HZD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HZD.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-HZD / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-K / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1 M NaCacodylate pH 7.1, PEG3350 16%, 0.25 M Magnesium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→40.59 Å / Num. obs: 20010 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 23.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.61 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1951 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6E8S 解像度: 1.55→40.59 Å / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.8003
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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