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- PDB-6e8u: Structure of the Mango-III (A10U) aptamer bound to TO1-Biotin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e8u
タイトルStructure of the Mango-III (A10U) aptamer bound to TO1-Biotin
要素RNA (37-MER)
キーワードRNA / Aptamer / fluorescence / G-quadruplex
機能・相同性Chem-HZD / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Trachman, R.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure and functional reselection of the Mango-III fluorogenic RNA aptamer.
著者: Trachman 3rd., R.J. / Autour, A. / Jeng, S.C.Y. / Abdolahzadeh, A. / Andreoni, A. / Cojocaru, R. / Garipov, R. / Dolgosheina, E.V. / Knutson, J.R. / Ryckelynck, M. / Unrau, P.J. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (37-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,00810
ポリマ－12,0501
非ポリマー9589
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.270, 53.270, 188.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-105-

MG

21B-324-

HOH

31B-329-

HOH

41B-340-

HOH

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 B

#1: RNA鎖 RNA (37-MER) / Mango-III (A10U) aptamer


分子量: 12050.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 5種, 152分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-HZD / 4-[(3-{2,16-dioxo-20-[(3aR,4R,6aS)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-6,9,12-trioxa-3,15-diazaicosan-1-yl}-1,3-benzothiazol-3-ium-2-yl)methyl]-1-methylquinolin-1-ium


分子量: 750.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H50N6O6S2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.1 M NaCacodylate pH 7.1, PEG3350 16%, 0.25 M Magnesium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→40.59 Å / Num. obs: 20010 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 23.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.51→1.61 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1951 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E8S

6e8s


解像度: 1.55→40.59 Å / SU ML: 0.154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.8003
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 1856 9.28 %
Rwork0.1767 --
obs0.1794 20010 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→40.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 788 60 143 991
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12281499
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0473190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0348470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.590.29991370.25151348X-RAY DIFFRACTION97.31
1.59-1.640.21761400.22081364X-RAY DIFFRACTION97.73
1.64-1.690.24061370.21681337X-RAY DIFFRACTION97.88
1.69-1.750.23911400.20731372X-RAY DIFFRACTION98.05
1.75-1.820.22011390.19441354X-RAY DIFFRACTION98.16
1.82-1.910.23981410.19191383X-RAY DIFFRACTION98.58
1.91-2.010.20441410.19931381X-RAY DIFFRACTION98.77
2.01-2.130.22671430.19851399X-RAY DIFFRACTION98.91
2.13-2.30.28021430.20461395X-RAY DIFFRACTION99.1
2.3-2.530.24971440.2131407X-RAY DIFFRACTION99.3
2.53-2.890.2161450.21061421X-RAY DIFFRACTION99.55
2.89-3.640.20591480.15321445X-RAY DIFFRACTION99.62
3.64-40.60.15891580.14461548X-RAY DIFFRACTION99.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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