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万見
- PDB-6dxx: Human N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dxx
タイトルHuman N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase (NAAA) in complex with non-covalent benzothiazole-piperazine inhibitor ARN19702, in presence of Triton X-100
要素(N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit ...) x 2
キーワードHYDROLASE / endocannabinoid / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity ...Neurotransmitter release cycle / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase / sphingosine metabolic process / N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase activity / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / : / N-acylethanolamine metabolic process / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / fatty acid amide hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / extrinsic component of membrane / lipid catabolic process / lysosomal lumen / fatty acid metabolic process / DNA-binding transcription factor binding / lysosome / extracellular exosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acid ceramidase-like / Acid ceramidase, N-terminal / beta subunit of N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase / Choloylglycine hydrolase/NAAA C-terminal / Linear amide C-N hydrolases, choloylglycine hydrolase family
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Chem-TON / Chem-WTF / N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-133535 カナダ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Molecular mechanism of activation of the immunoregulatory amidase NAAA.
著者: Gorelik, A. / Gebai, A. / Illes, K. / Piomelli, D. / Nagar, B.
履歴
登録2018年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.32018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年4月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / Item: _entity.pdbx_ec / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.52020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
E: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
F: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,49336
ポリマ－115,9626
非ポリマー4,53030
水3,603200
1
A: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
B: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,36910
ポリマ－38,6542
非ポリマー1,7158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
C: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
D: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,26116
ポリマ－38,6542
非ポリマー1,60714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
3
E: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha
F: N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,86210
ポリマ－38,6542
非ポリマー1,2088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.610, 99.798, 92.756
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit ... , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit alpha / Acid ceramidase-like protein / N-acylsphingosine amidohydrolase-like / ASAH-like protein


分子量: 12318.347 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAAA, ASAHL, PLT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02083, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase
#2: タンパク質 N-acylethanolamine-hydrolyzing acid amidase subunit beta / Acid ceramidase-like protein / N-acylsphingosine amidohydrolase-like / ASAH-like protein


分子量: 26335.783 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAAA, ASAHL, PLT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02083, N-(long-chain-acyl)ethanolamine deacylase

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糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 224分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TON / 2-{2-[4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)PHENOXY]ETHOXY}ETHANOL / 2-[2-(4-tert-オクチルフェノキシ)エトキシ]エタノ-ル


分子量: 294.429 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H30O3
#7: 化合物 ChemComp-WTF / [2-(ethylsulfonyl)phenyl][(2S)-4-(6-fluoro-1,3-benzothiazol-2-yl)-2-methylpiperazin-1-yl]methanone


分子量: 447.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H22FN3O3S2
#8: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M NaSCN and 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.69 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.69 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 37978 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U7Z

5u7z


解像度: 2.7→46.113 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2461 3316 5.74 %
Rwork0.2056 --
obs0.208 57819 77.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7827 0 281 200 8308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058343
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78311400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7174851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051442
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.73870.406370.3774616X-RAY DIFFRACTION21
2.7387-2.77950.4943450.3354793X-RAY DIFFRACTION27
2.7795-2.8230.3696630.30591055X-RAY DIFFRACTION36
2.823-2.86920.3217790.29791218X-RAY DIFFRACTION42
2.8692-2.91870.3206860.28951381X-RAY DIFFRACTION47
2.9187-2.97180.3248960.29691565X-RAY DIFFRACTION54
2.9718-3.02890.30191040.27771830X-RAY DIFFRACTION62
3.0289-3.09070.28071260.27882067X-RAY DIFFRACTION69
3.0907-3.15790.28421400.26962184X-RAY DIFFRACTION75
3.1579-3.23140.32251370.26682343X-RAY DIFFRACTION80
3.2314-3.31220.31491450.24732478X-RAY DIFFRACTION84
3.3122-3.40170.29711540.22062591X-RAY DIFFRACTION88
3.4017-3.50170.26911620.22082655X-RAY DIFFRACTION90
3.5017-3.61470.25471740.20742750X-RAY DIFFRACTION94
3.6147-3.74390.23341680.19862844X-RAY DIFFRACTION96
3.7439-3.89370.26691750.18652898X-RAY DIFFRACTION99
3.8937-4.07080.23011820.18232962X-RAY DIFFRACTION99
4.0708-4.28530.17941770.1692916X-RAY DIFFRACTION100
4.2853-4.55350.18671810.15392932X-RAY DIFFRACTION99
4.5535-4.90480.19451800.15582903X-RAY DIFFRACTION99
4.9048-5.39770.20031780.17582946X-RAY DIFFRACTION99
5.3977-6.17710.25291750.20922917X-RAY DIFFRACTION99
6.1771-7.77650.2871790.22172915X-RAY DIFFRACTION99
7.7765-46.11990.23411730.19622744X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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