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万見
- PDB-6dtc: Dihydrofolate Reductase (DHFR) of Aspergillus flavus in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dtc
タイトルDihydrofolate Reductase (DHFR) of Aspergillus flavus in complex with a small molecule inhibitor
要素Dihydrofolate reductase
キーワードantifungal protein/inhibitor / Antifolate / DHFR / antifungal protein / antifungal protein-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H9G / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus flavus (カビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bensen, D.C. / Fortier, J.M. / Akers-Rodriguez, S. / Tari, L.W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Prospecting for broad-spectrum inhibitors of fungal dihydrofolate reductase using a structure guided approach.
著者: Bensen, D.C. / Fortier, J.M. / Akers-Rodriguez, S. / Tari, L.W.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4026
ポリマ－27,9941
非ポリマー1,4085
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.680, 77.680, 120.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 27994.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ)
株: ATCC 200026 / FGSC A1120 / NRRL 3357 / JCM 12722 / SRRC 167
遺伝子: AFLA_046100 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8NBN5
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-H9G / (3R)-3-methyl-4-[3-(1H-tetrazol-5-yl)phenoxy]-2,3-dihydrofuro[2,3-f]quinazoline-7,9-diamine


分子量: 376.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H16N8O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 2.4M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.997→67.273 Å / Num. all: 29063 / Num. obs: 29063 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 7.1 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 80687
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2-2.112.70.2931.841250.2150.3660.29398.4
2.11-2.232.80.2083.739460.1470.2560.20899
2.23-2.392.80.1842.937170.1310.2270.18499.5
2.39-2.582.80.1395.534930.0970.1710.13999.7
2.58-2.822.80.1126.232420.0780.1380.11299.9
2.82-3.162.80.0671129200.0460.0820.067100
3.16-3.652.80.04414.526350.0310.0540.044100
3.65-4.472.80.0411322310.0290.0510.041100
4.47-6.322.80.03317.517590.0230.040.033100
6.32-44.9682.60.0418.19950.0320.0520.04196.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KYA

4kya


解像度: 2→45.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 4.757 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.152 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2678 1473 5.1 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2162 27566 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.43 Å2 / Biso mean: 30.665 Å2 / Biso min: 11.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 91 197 2145
Biso mean--32.96 34.08 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0121989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.7252704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1765244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85621.23689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.31815341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021425
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 110 -
Rwork0.31 1976 -
all-2086 -
obs--97.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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