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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6cp4 | ||||||
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タイトル | P450CAM D251N MUTANT | ||||||
![]() | CYTOCHROME P450CAM | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P450 / MONOOXYGENASE / HEME ENZYME / ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() camphor 5-monooxygenase / camphor 5-monooxygenase activity / (+)-camphor catabolic process / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Understanding the role of the essential Asp251 in cytochrome p450cam using site-directed mutagenesis, crystallography, and kinetic solvent isotope effect. 著者: Vidakovic, M. / Sligar, S.G. / Li, H. / Poulos, T.L. #1: ![]() タイトル: High-Resolution Crystal Structure of Cytochrome P450Cam 著者: Poulos, T.L. / Finzel, B.C. / Howard, A.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 493.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 46587.895 Da / 分子数: 1 / 変異: D251N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 374分子 ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CAM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CAM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-K / |
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#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-CAM / |
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Poulos, T.L., (1996) Methods Enzymol., 272, 358. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 31326 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.049 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 96.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 98277 / Rmerge(I) obs: 0.049 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2CPP 解像度: 1.9→10 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |