PDB-6cmm: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cmm

タイトル

Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase VRK1

キーワード

Transferase/Transferase Inhibitor / transferase / protein kinase domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Transferase-Transferase Inhibitor Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Golgi disassembly / histone H3T3 kinase activity / Nuclear Envelope Breakdown / positive regulation of protein localization to chromatin / mitotic nuclear membrane disassembly / Golgi stack / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / histone H3S10 kinase activity / kinase activity / histone binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Counago, R.M. / Azevedo, A. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. ...

資金援助

ブラジル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human vaccinia-related kinase bound to a N,N-dipropynyl-dihydropteridine inhibitor
著者: dos Reis, C.V. / de Souza, G.P. / Counago, R.M. / Azevedo, H. / Guimaraes, C. / Mascarello, A. / Gama, F. / Ferreira, M. / Massirer, K.B. / Arruda, P. / Edwards, A.M. / Elkins, J.M. / ...

履歴

登録	2018年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6cmm.ent.gz	426 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cmm_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cmm_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6cmm_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	6cmm_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/6cmm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3op5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6csw-1 6vzh-1 6cfm-3 6cnx-1 6bu6-1 6bp0-1 6vzh-3 6cnx-3 6ac9-1 2zjh-d 6npn-1 6vxu-1 2hfs-2 1jqa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase VRK1

B: Serine/threonine-protein kinase VRK1

C: Serine/threonine-protein kinase VRK1

D: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Serine/threonine-protein kinase VRK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.058, 95.753, 192.833
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1 分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3-364 変異: K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

#1: タンパク質

Serine/threonine-protein kinase VRK1 / Vaccinia-related kinase 1

分子量: 41138.125 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 3-364
変異: K34A, K35A, E36A, E212A, K214A, E215A, E292A, K293A, K295A, K359A, K360A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VRK1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: Q99986, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 491分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-F7D / (7R)-2-[(3,5-difluoro-4-hydroxyphenyl)amino]-7-methyl-5,8-di(prop-2-yn-1-yl)-7,8-dihydropteridin-6(5H)-one 分子量: 383.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₅F₂N₅O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30.25% PEG3350, 200 mM LiSO4, 0.1M SBG buffer pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96861 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96861 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.79 Å / Num. obs: 100045 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.075 / R_rim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.118 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / CC_1/2: 0.691 / R_pim(I) all: 0.711 / R_rim(I) all: 1.344 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OP5

3op5

解像度: 2.1→29.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 10.939 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22201	5052	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19029	-	-	-
obs	0.19191	94907	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→29.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9901	0	125	474	10500

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	10342
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.97	14026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	2.996	21761
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.169	5	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.822	23.473	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.634	15	1692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.941	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	11569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.562	1.538	5064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.547	1.531	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.954	2.29	6312
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.954	2.291	6313
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.715	1.627	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.715	1.627	5279
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.063	2.419	7710
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.497	18.215	11653
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.497	18.22	11654
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	357	-
R_work	0.278	6930	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4263	0.8792	0.1968	6.4822	1.8652	5.3831	0.0883	-0.0466	0.3635	0.1842	0.0986	-0.4643	-0.2863	0.088	-0.1869	0.1032	0.0319	0.0404	0.3202	0.0037	0.1023	34.772	-1.3606	3.8754
2	0.9604	-0.7861	-0.7844	2.8707	1.3471	2.0539	0.1069	0.1673	0.0422	-0.1788	-0.1274	-0.0099	-0.1855	-0.1567	0.0205	0.1708	0.0203	0.0227	0.391	-0.0067	0.0076	19.1746	0.7758	15.2427
3	0.0948	-0.2133	0.4589	0.6257	-1.2632	2.6187	0.0668	0.1278	-0.0379	0.0681	-0.2982	-0.2143	-0.0389	0.557	0.2314	0.7403	-0.0807	-0.1833	0.4679	-0.0267	0.9329	16.0745	-12.801	30.6275
4	0.8879	0.3392	-0.8238	2.9786	-0.1678	3.5752	-0.0005	-0.0383	0.1332	0.3494	0.0018	-0.1045	-0.0154	0.0445	-0.0013	0.2246	0.0179	0.0035	0.3038	-0.0425	0.0426	15.8589	5.001	36.9944
5	0.4206	-0.0026	-0.3808	6.8327	-0.8203	2.5949	0.0852	0.0054	0.1899	-0.134	-0.2675	0.5223	-0.2648	-0.3522	0.1822	0.1924	0.0899	0.0134	0.4563	-0.0974	0.2111	4.9449	10.3626	26.4219
6	7.601	4.9015	-4.1338	11.0957	-2.9816	4.1351	0.0959	0.1763	0.3	0.2577	-0.0984	1.0062	-0.3508	-0.452	0.0025	0.3439	0.0251	-0.1481	0.478	0.0792	0.544	-35.7009	16.4095	43.4345
7	8.9988	1.0302	2.5792	3.6866	-0.0736	5.6828	-0.0142	-0.0557	-0.1387	-0.3824	0.0631	0.8155	-0.1244	-0.7406	-0.0489	0.3092	-0.0221	-0.0407	0.4739	0.0072	0.5231	-38.062	10.2255	42.2843
8	4.9811	-0.1832	-0.7734	4.2756	-0.0509	2.1849	-0.0975	0.2037	0.4422	-0.2348	0.2577	0.2719	-0.3189	-0.1525	-0.1601	0.2435	-0.0055	-0.0686	0.371	0.0175	0.1117	-19.0512	10.7691	42.9426
9	1.6314	0.2779	-0.1016	2.9171	-0.948	2.096	0.0104	0.0529	-0.0496	-0.0823	0.047	0.4933	0.0952	-0.341	-0.0575	0.1679	-0.045	-0.0073	0.377	-0.0171	0.0952	-19.0316	1.8949	50.0809
10	1.8401	0.5678	-0.1648	2.4403	-0.1361	2.5291	-0.045	-0.1628	-0.2263	0.0085	-0.0232	0.0478	0.2552	-0.0322	0.0682	0.1648	-0.0063	0.0072	0.3221	0.027	0.0353	-7.4206	-2.4895	60.5992
11	5.448	1.6076	2.4668	6.0987	2.11	2.9455	-0.117	0.1421	-0.6883	-0.0038	0.178	0.2409	0.3999	-0.1541	-0.061	0.4767	-0.0493	0.0338	0.3587	0.0484	0.1591	-19.1171	-62.0075	46.427
12	3.4921	-0.3799	0.8966	2.6765	-0.6393	3.2528	-0.0234	-0.2101	-0.0939	0.2587	0.0013	0.1203	0.3237	-0.2368	0.0221	0.1807	-0.0703	0.0111	0.3356	0.0188	0.0103	-18.7196	-47.7807	39.1696
13	2.5866	-0.371	1.115	1.552	-0.6669	2.4349	-0.0212	-0.1421	-0.2381	0.192	0.0114	0.1834	0.3243	-0.3687	0.0098	0.1233	-0.092	0.0548	0.4413	-0.019	0.0523	-26.8841	-46.5558	30.257
14	5.0005	-2.1802	-0.7113	0.9678	0.3104	0.1877	-0.2032	0.056	-0.5074	0.1187	0.0469	0.1581	0.2271	0.0192	0.1563	0.5892	0.0174	-0.0088	0.6572	0.0037	0.5354	-11.0143	-43.6139	16.7967
15	3.0225	0.0344	0.0937	1.284	0.2257	2.6382	-0.1151	0.0521	0.0685	-0.0194	-0.081	0.268	-0.0367	-0.4486	0.1961	0.0513	-0.0069	-0.0234	0.4308	-0.0121	0.0723	-31.5609	-38.867	16.3237
16	7.325	2.939	1.1661	2.7159	1.3311	0.6888	-0.03	0.3998	1.0896	-0.216	0.1214	-0.03	-0.2044	-0.0069	-0.0914	0.4689	0.1008	0.131	0.5301	-0.1193	0.5604	-40.5151	11.0234	7.8084
17	6.9602	2.4641	2.0001	5.3031	1.4391	4.6223	-0.1041	0.2641	0.6588	-0.2324	0.1909	0.0619	-0.8646	0.2367	-0.0869	0.3527	0.0571	0.0613	0.382	-0.0573	0.4508	-34.195	8.5908	4.6475
18	1.956	-0.0347	-0.6338	1.4499	0.6393	2.6115	0.0203	-0.1472	0.316	0.1066	0.0944	-0.0281	-0.1638	-0.0035	-0.1147	0.0362	0.0091	-0.0059	0.3428	-0.0183	0.0584	-28.6355	-10.0584	-1.3469
19	6.2274	-2.7525	1.8244	3.9177	-1.3259	3.9011	0.0061	0.3911	0.0004	-0.2798	-0.0653	-0.2957	0.103	0.291	0.0592	0.0741	-0.0289	0.0582	0.3705	-0.0223	0.0765	-16.6563	-16.5806	-19.8026
20	4.8674	0.5889	0.445	1.1137	0.4639	2.5742	-0.1169	-0.3529	0.0257	0.0826	0.105	-0.3164	0.1387	0.3186	0.012	0.1006	0.0979	-0.0355	0.3911	-0.026	0.108	-17.0229	-22.3219	-1.7866

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	210 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	223 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 341
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	23 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	50 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	64 - 114
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	115 - 206
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	207 - 341
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	21 - 61
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	62 - 121
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	122 - 210
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	211 - 222
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	223 - 341
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	22 - 41
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	42 - 77
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	78 - 260
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	261 - 294
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	295 - 341

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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