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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c0e | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pneumophila with bound NADPH with an alpha-ketoglutarate adduct | ||||||
![]() | Isocitrate dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Isocitrate dehydrogenase / 2-oxoglutarate / ketoglutarate / NADPH / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Isocitrate Dehydrogenase from Legionella pneumophila with bound NADPH with an ??-ketoglutarate adduct 著者: Dranow, D.M. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 357.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 289.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pb1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46123.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: icd, lpg0816 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: LepnA.00092.a.B1.PW38312 at 23.72 mg/ml, protein was incubated with 3 mM NADP and ??-ketoglutarate, then mixed 1:1 with Morpheus(h1): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M ...詳細: LepnA.00092.a.B1.PW38312 at 23.72 mg/ml, protein was incubated with 3 mM NADP and ??-ketoglutarate, then mixed 1:1 with Morpheus(h1): 10% (w/v) PEG-20,000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M MES/imidazole, pH = 6.5, 0.02 M each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine, DL-serine. Tray: 294280h1. Puck: tcq3-8. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月18日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→35.959 Å / Num. obs: 88456 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.096 % / Biso Wilson estimate: 20.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.049 / Net I/σ(I): 17.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1PB1 解像度: 1.7→35.959 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.45 Å2 / Biso mean: 29.0052 Å2 / Biso min: 9.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→35.959 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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