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- PDB-6bq0: Structure of human monoacylglycerol lipase bound to a covalent in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bq0
タイトルStructure of human monoacylglycerol lipase bound to a covalent inhibitor
要素Monoglyceride lipase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Monoacylglycerol lipase / covalent inhibitor / SBDD / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain ...Arachidonate production from DAG / acylglycerol catabolic process / Acyl chain remodeling of DAG and TAG / acylglycerol lipase / monoacylglycerol catabolic process / triglyceride catabolic process / regulation of endocannabinoid signaling pathway / monoacylglycerol lipase activity / arachidonate metabolic process / regulation of sensory perception of pain / lysophospholipase activity / Triglyceride catabolism / regulation of signal transduction / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / regulation of inflammatory response / inflammatory response / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Lipases, serine active site. / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3A / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pandit, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Trifluoromethyl Glycol Carbamates as Potent and Selective Covalent Monoacylglycerol Lipase (MAGL) Inhibitors for Treatment of Neuroinflammation.
著者: McAllister, L.A. / Butler, C.R. / Mente, S. / O'Neil, S.V. / Fonseca, K.R. / Piro, J.R. / Cianfrogna, J.A. / Foley, T.L. / Gilbert, A.M. / Harris, A.R. / Helal, C.J. / Johnson, D.S. / ...著者: McAllister, L.A. / Butler, C.R. / Mente, S. / O'Neil, S.V. / Fonseca, K.R. / Piro, J.R. / Cianfrogna, J.A. / Foley, T.L. / Gilbert, A.M. / Harris, A.R. / Helal, C.J. / Johnson, D.S. / Montgomery, J.I. / Nason, D.M. / Noell, S. / Pandit, J. / Rogers, B.N. / Samad, T.A. / Shaffer, C.L. / da Silva, R.G. / Uccello, D.P. / Webb, D. / Brodney, M.A.
履歴
登録2017年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoglyceride lipase
B: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,2864
ポリマ－76,5172
非ポリマー7692
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.310, 126.620, 138.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Monoglyceride lipase / MGL / HU-K5 / Lysophospholipase homolog / Lysophospholipase-like / Monoacylglycerol lipase / MAGL


分子量: 38258.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q99685, acylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-E3A / 1-({(1R,5S,6r)-6-[1-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]-3-azabicyclo[3.1.0]hexane-3-carbonyl}oxy)pyrrolidine-2,5-dione


分子量: 384.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17FN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % / Mosaicity: 0.314 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.07M sodium cacodylate pH 5.1-5.9 and 33-51% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 51178 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 36.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 315405
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.076.30.83950371.033199.6
2.07-2.156.30.61650851.059199.7
2.15-2.256.30.41250661.052199.8
2.25-2.376.30.30150331.073199.8
2.37-2.526.30.23550891.08199.9
2.52-2.716.30.16751171.009199.9
2.71-2.996.30.11350821.031100
2.99-3.426.10.08551471.0091100
3.42-4.315.90.05851971.054199.9
4.31-505.70.04853251.068199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6AX1

6ax1


解像度: 2→47.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9602 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9478 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Blow DPI: 0.134 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.132
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2136 2610 5.1 %RANDOM
Rwork0.1787 ---
obs0.1804 51177 99.62 %-
原子変位パラメータBiso max: 151.03 Å2 / Biso mean: 41.69 Å2 / Biso min: 21.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2363 Å20 Å20 Å2
2--3.5015 Å20 Å2
3----3.2653 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.211 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4362 0 60 443 4865
Biso mean--55.09 55.92 -
残基数----563
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1551SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes705HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4533HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion569SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5479SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4533HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6156HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.75
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 196 5.4 %
Rwork0.2104 3433 -
all0.2138 3629 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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