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- PDB-6b88: E. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b88
タイトルE. coli LepB in complex with GNE0775 ((4S,7S,10S)-10-((S)-4-amino-2-(2-(4-(tert-butyl)phenyl)-4-methylpyrimidine-5-carboxamido)-N-methylbutanamido)-16,26-bis(2-aminoethoxy)-N-(2-iminoethyl)-7-methyl-6,9-dioxo-5,8-diaza-1,2(1,3)-dibenzenacyclodecaphane-4-carboxamide)
要素Signal peptidase I
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / Signal peptidase / SBDD / antibiotic / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase I / signal peptidase activity / : / Secretion of toxins / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 / Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 - #10 / Signal peptidase I, all-beta subdomain / Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site ...Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 / Signal Peptidase I; Chain: A, domain 2 - #10 / Signal peptidase I, all-beta subdomain / Peptidase S26A, signal peptidase I, lysine active site / Signal peptidases I lysine active site. / Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26A, signal peptidase I, conserved site / Signal peptidases I signature 3. / Peptidase S26A, signal peptidase I, serine active site / Signal peptidases I serine active site. / Peptidase S26 / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Beta Complex / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZD / Signal peptidase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.407 Å
データ登録者Murray, J.M. / Rouge, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Optimized arylomycins are a new class of Gram-negative antibiotics.
著者: Smith, P.A. / Koehler, M.F.T. / Girgis, H.S. / Yan, D. / Chen, Y. / Chen, Y. / Crawford, J.J. / Durk, M.R. / Higuchi, R.I. / Kang, J. / Murray, J. / Paraselli, P. / Park, S. / Phung, W. / ...著者: Smith, P.A. / Koehler, M.F.T. / Girgis, H.S. / Yan, D. / Chen, Y. / Chen, Y. / Crawford, J.J. / Durk, M.R. / Higuchi, R.I. / Kang, J. / Murray, J. / Paraselli, P. / Park, S. / Phung, W. / Quinn, J.G. / Roberts, T.C. / Rouge, L. / Schwarz, J.B. / Skippington, E. / Wai, J. / Xu, M. / Yu, Z. / Zhang, H. / Tan, M.W. / Heise, C.E.
履歴
登録2017年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal peptidase I
B: Signal peptidase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4955
ポリマ－55,4732
非ポリマー2,0223
水1,78399
1
A: Signal peptidase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6282
ポリマ－27,7361
非ポリマー8921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Signal peptidase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8673
ポリマ－27,7361
非ポリマー1,1302
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.980, 109.980, 116.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...
21(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGILEILE(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA77 - 1141 - 38
12GLNGLNALAALA(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA116 - 20440 - 128
13THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA205129
14ARGARGHISHIS(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA77 - 3231 - 247
15ARGARGHISHIS(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA77 - 3231 - 247
16ARGARGHISHIS(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA77 - 3231 - 247
17ARGARGHISHIS(chain A and (resid 77 through 114 or resid 116...AA77 - 3231 - 247
21ARGARGARGARG(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...BB771
22SERSERSERSER(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...BB782
23ARGARGHISHIS(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...BB77 - 3231 - 247
24ARGARGHISHIS(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...BB77 - 3231 - 247
25ARGARGHISHIS(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...BB77 - 3231 - 247
26ARGARGHISHIS(chain B and (resid 77 or (resid 78 and (name...BB77 - 3231 - 247

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要素

#1: タンパク質 Signal peptidase I / SPase I / Leader peptidase I


分子量: 27736.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: lepB, b2568, JW2552 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00803, signal peptidase I
#2: 化合物 ChemComp-CZD / (8S,11S,14S)-14-{[(2S)-4-amino-2-{[2-(4-tert-butylphenyl)-4-methylpyrimidine-5-carbonyl]amino}butanoyl](methyl)amino}-3,18-bis(2-aminoethoxy)-N-[(2Z)-2-iminoethyl]-11-methyl-10,13-dioxo-9,12-diazatricyclo[13.3.1.1~2,6~]icosa-1(19),2(20),3,5,15,17-hexaene-8-carboxamide


分子量: 892.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H61N11O7
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.24 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.372→79.969 Å / Num. obs: 27848 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 31.33 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 96782
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.372-2.3793.21.3048122510.5230.841.5560.995.4
10.998-79.9693.50.08210292960.9880.0520.09811.598.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T7D

1t7d


解像度: 2.407→54.99 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 26.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2646 1349 5.08 %
Rwork0.2384 25209 -
obs0.2397 26558 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 148.87 Å2 / Biso mean: 47.4306 Å2 / Biso min: 5.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.407→54.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 146 102 3947
Biso mean--34.71 32.44 -
残基数----479
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2224X-RAY DIFFRACTION5.177TORSIONAL
12B2224X-RAY DIFFRACTION5.177TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4071-2.49310.34421360.34062456259297
2.4931-2.5930.3431370.31082478261598
2.593-2.7110.35241200.30982522264299
2.711-2.85390.32771610.292519268099
2.8539-3.03270.26521460.262325022648100
3.0327-3.26680.31161260.250525272653100
3.2668-3.59550.27921340.207225522686100
3.5955-4.11560.20331510.20312490264199
4.1156-5.18470.2142990.18632582268199
5.1847-55.00430.22221390.23742581272099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0353-0.5686-0.2813.4655-0.2685.0769-0.0195-0.07130.03920.29360.13990.2872-0.0496-0.22280.02430.2427-0.0011-0.0190.14410.00320.17785.063144.77697.6418
25.6846-1.4125-0.52062.98710.29124.8628-0.4285-0.6560.32290.0361-0.02721.5869-0.0875-1.6374-0.00390.51080.08790.11480.816-0.09540.7129-6.952338.669118.7402
34.2899-0.88220.26673.59380.38374.84810.3743-0.7743-0.62830.6349-0.607-0.18351.23920.0516-0.11210.47940.18120.030.3062-0.0370.142814.587130.203815.5183
42.9271-0.64640.1063.4089-0.38114.49710.26980.87760.00170.41940.1907-1.2112-0.12881.3694-0.12130.38720.02920.00840.89-0.18930.459925.885435.7028-1.7453
53.82750.5842-0.13454.0495-0.31264.3233-0.50992.14730.34020.1643-0.229-2.292-0.35411.9021-0.06690.3644-0.0060.18291.038-0.2816-0.001424.530238.1251-5.5013
62.8402-0.75510.21832.53040.02134.5175-0.2279-0.2292-0.38420.380.2522-0.33160.82010.483-0.12820.51230.2117-0.06890.3577-0.00620.281320.600629.889714.4384
73.3629-1.48761.26032.4958-0.26234.2026-0.02560.2069-0.01440.11050.0973-0.10480.40470.3123-0.02260.19950.01270.01620.1939-0.05340.1612.291940.71236.8773
81.9902-0.54490.89223.23020.95644.6541-0.02690.30410.152-0.36580.0757-0.37720.15320.3816-0.05040.2851-0.070.02640.25120.01530.1758-3.791340.0486-19.1429
93.40260.84220.19273.65680.08885.59720.0708-0.1126-0.6152-0.577-0.06720.61070.9516-0.1913-0.02970.6638-0.202-0.16060.40080.07020.3123-17.022525.3831-12.7194
103.3221-0.6356-0.83983.99370.86374.8728-0.0761-0.8322-0.22130.744-0.14771.00880.7296-1.13980.02240.4041-0.2912-0.04550.7032-0.05080.3893-22.541835.4589-0.9993
111.85950.5169-0.27032.38050.59144.7193-0.12770.0824-0.2289-0.37090.01850.44220.7645-0.5776-0.01060.5074-0.2023-0.0540.3039-0.01070.3007-16.911328.7082-19.2731
121.51320.9020.89992.07570.91374.742-0.1584-0.0916-0.06980.046-0.0118-0.03020.2616-0.1501-0.03160.1953-0.07860.00480.24060.03240.1901-8.227241.5708-11.9175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 77 through 110 )A77 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 129 )A111 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 130 through 181 )A130 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 203 )A182 - 203
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 204 through 230 )A204 - 230
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 231 through 268 )A231 - 268
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 269 through 323 )A269 - 323
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 77 through 158 )B77 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 159 through 201 )B159 - 201
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 202 through 230 )B202 - 230
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 231 through 280 )B231 - 280
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 281 through 323 )B281 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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