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万見
- PDB-6b73: Crystal Structure of a nanobody-stabilized active state of the ka... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b73
タイトルCrystal Structure of a nanobody-stabilized active state of the kappa-opioid receptor
要素
  • Nanobody
  • Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN/AGONIST / GPCR / opioid receptor / addiction / active state / nanobody / structure-function / morphinan / LCP / membrane protein / MEMBRANE PROTEIN-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / dynorphin receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion ...response to acrylamide / regulation of saliva secretion / sensory perception of temperature stimulus / positive regulation of eating behavior / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / G protein-coupled opioid receptor activity / negative regulation of luteinizing hormone secretion / dynorphin receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / positive regulation of dopamine secretion / sensory perception / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / maternal behavior / conditioned place preference / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / positive regulation of p38MAPK cascade / eating behavior / behavioral response to cocaine / neuropeptide signaling pathway / estrous cycle / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / axon terminus / T-tubule / sensory perception of pain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / sarcoplasmic reticulum / locomotory behavior / response to nicotine / cellular response to glucose stimulus / electron transport chain / response to insulin / synaptic vesicle membrane / response to estrogen / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / defense response to virus / perikaryon / postsynaptic membrane / response to ethanol / periplasmic space / electron transfer activity / neuron projection / immune response / iron ion binding / dendrite / heme binding / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Kappa opioid receptor / Opioid receptor / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-CVV / OLEIC ACID / Soluble cytochrome b562 / Kappa-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Che, T. / Majumdar, S. / Zaidi, S.A. / Kormos, C. / McCorvy, J.D. / Wang, S. / Mosier, P.D. / Uprety, R. / Vardy, E. / Krumm, B.E. ...Che, T. / Majumdar, S. / Zaidi, S.A. / Kormos, C. / McCorvy, J.D. / Wang, S. / Mosier, P.D. / Uprety, R. / Vardy, E. / Krumm, B.E. / Han, G.W. / Lee, M.Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Huang, X.P. / Strachan, R.T. / Tribo, A.R. / Pasternak, G.W. / Carroll, I.F. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Wacker, D. / Roth, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)RO1MH61887, U19MH82441 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure of the Nanobody-Stabilized Active State of the Kappa Opioid Receptor.
著者: Che, T. / Majumdar, S. / Zaidi, S.A. / Ondachi, P. / McCorvy, J.D. / Wang, S. / Mosier, P.D. / Uprety, R. / Vardy, E. / Krumm, B.E. / Han, G.W. / Lee, M.Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / ...著者: Che, T. / Majumdar, S. / Zaidi, S.A. / Ondachi, P. / McCorvy, J.D. / Wang, S. / Mosier, P.D. / Uprety, R. / Vardy, E. / Krumm, B.E. / Han, G.W. / Lee, M.Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Huang, X.P. / Strachan, R.T. / Tribo, A.R. / Pasternak, G.W. / Carroll, F.I. / Stevens, R.C. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Wacker, D. / Roth, B.L.
履歴
登録2017年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor
B: Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor
C: Nanobody
D: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,0519
ポリマ－123,8874
非ポリマー2,1655
水00
1
A: Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor
D: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1675
ポリマ－61,9432
非ポリマー1,2243
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19360 Å2
手法PISA
2
B: Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor
C: Nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8844
ポリマ－61,9432
非ポリマー9412
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.310, 150.750, 100.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562, kappa-type opioid receptor / Cytochrome b-562 / KOR-1


分子量: 47030.043 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 23-128; unp residues 54-358 / 変異: M29W, H124I, L51R, I135L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, OPRK1, OPRK / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P41145
#2: 抗体 Nanobody


分子量: 14913.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Lama glama (ラマ)
#3: 化合物 ChemComp-CVV / N-[(5alpha,6beta)-17-(cyclopropylmethyl)-3-hydroxy-7,8-didehydro-4,5-epoxymorphinan-6-yl]-3-iodobenzamide


分子量: 554.419 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H27IN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Bis-tris pH 6.5-7.0, 140-200 mM magnesium sulfate hydrate, 100 mM sodium citrate tribasic dehydrate, 10 mM Manganese(II) chloride tetrahydrate, 28-30% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.94 Å / Num. obs: 30278 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 78.82 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.961 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4159 / CC1/2: 0.537 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 4DJH, 5C1M, 1M6T

4djh

5c1m

1m6t


解像度: 3.1→46.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.867 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.834 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.714 / SU Rfree Blow DPI: 0.374 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.391
詳細: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES LOCATED ABOVE THE LIGAND BINDING SITE AND NEAR THE TRP222 ON BOTH A AND B CHAINS. THEY HAVE NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1505 4.97 %RANDOM
Rwork0.254 ---
obs0.255 30255 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 85.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.6548 Å20 Å2-3.2357 Å2
2--21.5032 Å20 Å2
3---8.1516 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.6 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→46.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6006 0 136 0 6142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016307HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.958661HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2728SINUSOIDAL15
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes81HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes931HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6307HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.57
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion901SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7781SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 138 5.1 %
Rwork0.245 2570 -
all0.247 2708 -
obs--85.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6808-0.1949-0.33772.56820.97591.69360.0929-0.1566-0.0532-0.17170.00230.02080.0122-0.0852-0.09520.0608-0.0397-0.0984-0.15670.0077-0.190861.2141-21.98665.1559
20.7626-0.37080.11392.12480.64491.00440.04180.1213-0.06410.286-0.0921-0.029-0.0033-0.10520.05030.1822-0.0208-0.0436-0.16970.0206-0.237856.746513.9345-5.7761
34.81171.64141.12.9341.09744.7865-0.0681-0.07280.3412-0.09630.04420.1442-0.2113-0.01970.02390.05410.06-0.0929-0.17860.0343-0.225149.95343.0159-40.5571
42.7839-2.0803-2.09083.41031.88076.155-0.01910.0475-0.27380.25290.14270.0658-0.0334-0.0208-0.12370.1137-0.0409-0.0531-0.22780.0609-0.244253.6609-9.703539.7407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|51 - A|339 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|54 - B|334 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|4 - C|129 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|4 - D|129 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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