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万見
- PDB-6aim: Cab2 mutant H337A complex with phosphopantothenate-cysteine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aim
タイトルCab2 mutant H337A complex with phosphopantothenate-cysteine
要素Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2
キーワードLIGASE / complex / Phosphopantothenate--cysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


CoA-synthesizing protein complex / Coenzyme A biosynthesis / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CoaB-like / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein, C-terminal / CoaB-like superfamily / DNA/pantothenate metabolism flavoprotein C-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9Z3 / Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Zheng, P. / Zhu, Z.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystallographic Analysis of the Catalytic Mechanism of Phosphopantothenoylcysteine Synthetase from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Zheng, P. / Zhang, M. / Khan, M.H. / Liu, H. / Jin, Y. / Yue, J. / Gao, Y. / Teng, M. / Zhu, Z. / Niu, L.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2
B: Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1744
ポリマ－85,3692
非ポリマー8052
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.695, 113.561, 55.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantothenate--cysteine ligase CAB2 / Coenzyme A biosynthesis protein 2 / Phosphopantothenoylcysteine synthetase / PPC synthetase


分子量: 42684.660 Da / 分子数: 2 / 変異: H337A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAB2, YIL083C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P40506, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP)
#2: 化合物 ChemComp-9Z3 / N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl-L-cysteine / N-[3-[[(2R)-2-ヒドロキシ-3,3-ジメチル-4-(ホスホノオキシ)ブチリル]アミノ]プロピオニル]-L-(以下略)


分子量: 402.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H23N2O9PS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200mM ammonium tartrate, 20% PEG 3350,2mM DTT, 2mM MnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→56.78 Å / Num. obs: 40365 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.099 / Net I/σ(I): 18.13
反射 シェル解像度: 2.04→2.09 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Num. unique obs: 2015 / Rpim(I) all: 0.269 / Rrim(I) all: 0.656 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P9O

1p9o


解像度: 2.04→56.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2148 1990 4.9 %RANDOM
Rwork0.1773 ---
obs0.1792 38349 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.97 Å2 / Biso mean: 42.428 Å2 / Biso min: 22.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-1.64 Å2
2---2.37 Å2-0 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.04→56.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5035 0 50 415 5500
Biso mean--41.87 49.88 -
残基数----617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0195195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9727030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.607311547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0985613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06824.321243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49215940
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2341528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021197
LS精密化 シェル解像度: 2.045→2.098 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 134 -
Rwork0.243 2639 -
all-2773 -
obs--93.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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