PDB-6a01: The crystal structure of Mandelate oxidase Y128F with 3,3-difluor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a01

タイトル

The crystal structure of Mandelate oxidase Y128F with 3,3-difluoro-2,2-dihydroxy-3-phenylpropionic acid

要素

4-hydroxymandelate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.868 Å

データ登録者

Li, T.L. / Lin, K.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural and chemical trapping of flavin-oxide intermediates reveals substrate-directed reaction multiplicity.
著者: Lin, K.H. / Lyu, S.Y. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Wang, Z.C. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2018年6月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a01.cif.gz	89.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a01.ent.gz	64.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a0/6a01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zztC 6a0bC 6a1bC 6a1nC 6a1wC 6a24C 6a36C 6a3dC 6a4gC 6a4hC 7bsrC 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a0m-1 6a21-1 6a13-1 6a1b-1 6a1r-1 6a1m-1 6a1p-1 5zzx-1 6a1l-1 6m74-1 6a1n-1 5zzs-1 5zzy-1 6a3t-1 6a0d-1 6a36-1 6a0g-1 6a39-1 6a1w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

40.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
163 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.204, 138.204, 111.807
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	4-hydroxymandelate oxidase 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-9NO / 3,3-difluoro-2,2-dihydroxy-3-phenylpropanoic acid 分子量: 218.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈F₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 44882 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 10.2 % / R_merge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4415 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz

解像度: 1.868→28.145 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1996	2187	5.01 %
R_work	0.168	-	-
obs	0.1695	43647	97.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.868→28.145 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2486	0	46	287	2819

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2696
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.917	3694
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.662	991
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	423
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8679-1.9085	0.2649	109	0.2246	2030	X-RAY DIFFRACTION	77
1.9085-1.9529	0.2763	135	0.2095	2221	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9529-2.0017	0.2214	128	0.2025	2487	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0017-2.0558	0.2404	130	0.2015	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0558-2.1163	0.2707	136	0.1937	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1163-2.1845	0.2087	142	0.191	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1845-2.2626	0.2295	148	0.1869	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2626-2.3531	0.2257	138	0.1832	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3531-2.4602	0.226	158	0.1794	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4602-2.5898	0.204	140	0.1785	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5898-2.7519	0.1756	120	0.1733	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7519-2.9642	0.2356	128	0.1734	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9642-3.2621	0.1793	130	0.1597	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2621-3.7332	0.1797	149	0.148	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7332-4.6999	0.1713	146	0.1358	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6999-28.1485	0.1635	150	0.1556	2816	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)