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- EMDB-6709: Structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6709
タイトルStructure of the 70S chloroplast ribosome from spinach
マップデータ
試料
  • 複合体: Chloroplast 70S ribosome from spinach
    • 複合体: chloroplast ribosome 50S large subunit
      • タンパク質・ペプチド: x 30種
      • RNA: x 2種
    • 複合体: chloroplast ribosome 30S small subunit
      • RNA: x 2種
      • タンパク質・ペプチド: x 24種
キーワードCryo-EM / ribosome / chloroplast ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


plastid small ribosomal subunit / plastid translation / chloroplast rRNA processing / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation ...plastid small ribosomal subunit / plastid translation / chloroplast rRNA processing / negative regulation of translational elongation / mitochondrial large ribosomal subunit / chloroplast envelope / mitochondrial small ribosomal subunit / plastid / chloroplast stroma / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / chloroplast thylakoid membrane / chloroplast / DNA-templated transcription termination / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type ...: / Ribosomal protein PSRP-3/Ycf65 / PSRP-3/Ycf65 superfamily / Plastid and cyanobacterial ribosomal protein (PSRP-3 / Ycf65) / 30S ribosomal protein S31, plant / Ribosomal protein S31e / Ribosomal protein L6, chloroplast / 50S ribosomal protein 5, chloroplastic / Family of unknown function (DUF5323) / Ribosomal protein L32p, plant/cyanobacteria type / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S1-like / 30S ribosomal protein / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein cL38 ...Large ribosomal subunit protein uL3c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein cL38 / Large ribosomal subunit protein bL28c / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein cS23 / Large ribosomal subunit protein bL17c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Large ribosomal subunit protein bL9c / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein uL4c / Small ribosomal subunit protein uS11c / Small ribosomal subunit protein uS14c / Small ribosomal subunit protein uS19c / Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy / Small ribosomal subunit protein uS2c / Large ribosomal subunit protein uL22c / Small ribosomal subunit protein uS3c / Large ribosomal subunit protein uL14c / Small ribosomal subunit protein uS8c / Large ribosomal subunit protein bL36c / Large ribosomal subunit protein uL13c / Small ribosomal subunit protein uS4c / Large ribosomal subunit protein uL16c / Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic / Large ribosomal subunit protein uL15c / Large ribosomal subunit protein bL35c / Large ribosomal subunit protein bL21c / Large ribosomal subunit protein uL24c / Large ribosomal subunit protein cL37 alpha / Large ribosomal subunit protein bL20c / Large ribosomal subunit protein bL32c / Large ribosomal subunit protein bL33c / Small ribosomal subunit protein bS16c / Small ribosomal subunit protein bS1c / Small ribosomal subunit protein bTHXc / Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy / Small ribosomal subunit protein bS21c / Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy / Small ribosomal subunit protein uS17c / Small ribosomal subunit protein uS10c / Small ribosomal subunit protein uS13c / Large ribosomal subunit protein bL9c / Large ribosomal subunit protein bL27c / Large ribosomal subunit protein uL3c / Large ribosomal subunit protein uL5c / Large ribosomal subunit protein uL6c / Large ribosomal subunit protein bL17c / Large ribosomal subunit protein uL18c / Large ribosomal subunit protein bL34c / Large ribosomal subunit protein bL28c / Large ribosomal subunit protein uL29c / Large ribosomal subunit protein bL31c / Small ribosomal subunit protein cS22 / Small ribosomal subunit protein uS9c / Small ribosomal subunit protein bS6c alpha / Large ribosomal subunit protein cL38 / Small ribosomal subunit protein cS23 / Large ribosomal subunit protein bL19c / Large ribosomal subunit protein uL23c / Small ribosomal subunit protein uS15c / Small ribosomal subunit protein bS18c / Small ribosomal subunit protein uS5c
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ahmed T / Shi J
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
MOEAcRF Tier 1, 2014-T1-001-019 (RG32/14) シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Unique localization of the plastid-specific ribosomal proteins in the chloroplast ribosome small subunit provides mechanistic insights into the chloroplastic translation.
著者: Tofayel Ahmed / Jian Shi / Shashi Bhushan /
要旨: Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, ...Chloroplastic translation is mediated by a bacterial-type 70S chloroplast ribosome. During the evolution, chloroplast ribosomes have acquired five plastid-specific ribosomal proteins or PSRPs (cS22, cS23, bTHXc, cL37 and cL38) which have been suggested to play important regulatory roles in translation. However, their exact locations on the chloroplast ribosome remain elusive due to lack of a high-resolution structure, hindering our progress to understand their possible roles. Here we present a cryo-EM structure of the 70S chloroplast ribosome from spinach resolved to 3.4 Å and focus our discussion mainly on the architecture of the 30S small subunit (SSU) which is resolved to 3.7 Å. cS22 localizes at the SSU foot where it seems to compensate for the deletions in 16S rRNA. The mRNA exit site is highly remodeled due to the presence of cS23 suggesting an alternative mode of translation initiation. bTHXc is positioned at the SSU head and appears to stabilize the intersubunit bridge B1b during thermal fluctuations. The translation factor plastid pY binds to the SSU on the intersubunit side and interacts with the conserved nucleotide bases involved in decoding. Most of the intersubunit bridges are conserved compared to the bacteria, except for a new bridge involving uL2c and bS6c.
履歴
登録2017年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月14日-
マップ公開2017年6月14日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5x8p
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6709.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6709.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 403.2 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 403.2 Å		1.05 Å/pix.
x 384 pix.
= 403.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.30330205 - 0.47512025
平均 (標準偏差)0.0017467819 (±0.015941085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 403.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.200403.200403.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.3030.4750.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chloroplast 70S ribosome from spinach

全体名称: Chloroplast 70S ribosome from spinach
要素
  • 複合体: Chloroplast 70S ribosome from spinach
    • 複合体: chloroplast ribosome 50S large subunit
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein cL37
      • タンパク質・ペプチド: protein cL38
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein L6
      • タンパク質・ペプチド: protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein L17
      • タンパク質・ペプチド: protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic
      • RNA: 4.8S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: protein L27
      • タンパク質・ペプチド: protein L28
      • タンパク質・ペプチド: protein L29
      • タンパク質・ペプチド: protein bTHXc
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic
    • 複合体: chloroplast ribosome 30S small subunit
      • RNA: 23S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein S20
      • タンパク質・ペプチド: protein S21
      • タンパク質・ペプチド: protein plastid pY
      • RNA: 16S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: protein cS23
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic
      • タンパク質・ペプチド: protein cS22
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic

+
超分子 #1: Chloroplast 70S ribosome from spinach

超分子名称: Chloroplast 70S ribosome from spinach / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#58
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 1.7 MDa

+
超分子 #2: chloroplast ribosome 50S large subunit

超分子名称: chloroplast ribosome 50S large subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#30, #57-#58

+
超分子 #3: chloroplast ribosome 30S small subunit

超分子名称: chloroplast ribosome 30S small subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #31-#56

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L32, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.519773 KDa
配列文字列:
AVPKKRTSIY KKRIRKNIWK KKGYWAALKA FSLAKSLSTG NSKSFFVRKI SNQTLE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32c

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L33, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 7.536926 KDa
配列文字列:
AKGKDVRVKV ILECTGCVRK SVNKGSRGVS RYITQKNRHN TPSRLELRKF CPYCYKHTIH GEIKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33c

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L34, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 6.789144 KDa
配列文字列:
GKAALCLTKR SRSRKSLART HGFRLRMSTT SGRALLKRRR AKGRKILCTK TNPSSGKRAS P

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34c

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L35, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 8.459163 KDa
配列文字列:
AKGYKMKTHK ASAKRFRVTG KGKIVRRRAG KQHLLAKKNT KRKNRLSKLI QVDRSDYDNV IGALPYLKVN RKV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35c

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L36, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 4.414462 KDa
配列文字列:
MKIRASVRPI CEKCRLIRRR GRIIVICSNP KHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36c

+
分子 #6: protein cL37

分子名称: protein cL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.694817 KDa
配列文字列:
MALLSPLLSL SSVPPITSIA VSSSSFPIKL QNVSVALLPT LGQRLMTHGP VIAQKRGTVV AMVSAAADET AGEDGDQSKV EEANISVQN LPLESKLQLK LEQKMKMKMA KKIRLRRNRL MRKRKLRKRG AWPPSKMKKL KNV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein cL37 alpha

+
分子 #7: protein cL38

分子名称: protein cL38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.080688 KDa
配列文字列:
MSVSAIFGAR VVTIPSVLRT SSVDGRTVKL QPSTGGSCGG GVITIECSSR PQKKGTAHHM KTRPKKTARW DIKRGPAVYP PLPPLPAEW TIVSSAVDEA DSSSSTTSSS AEIAQSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein cL38

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 29.722424 KDa
配列文字列: AIHLYKTSTS STRNGAVQVK SNPRNNLISG QRRCGKGRNA RGIITARHRG GGHKRLYRKI DFRRNEKDIY GKIVTIEYDP NRNAYICLI HYGDGEKRYI LHPRGAIIGD TIVSGTEVPI KMGNALPLTD MPLGTAIHNI EITLGRGGQL ARAAGAVAKL I AKEGKSAT ...文字列:
AIHLYKTSTS STRNGAVQVK SNPRNNLISG QRRCGKGRNA RGIITARHRG GGHKRLYRKI DFRRNEKDIY GKIVTIEYDP NRNAYICLI HYGDGEKRYI LHPRGAIIGD TIVSGTEVPI KMGNALPLTD MPLGTAIHNI EITLGRGGQL ARAAGAVAKL I AKEGKSAT LKLPSGEVRL ISKNCSATVG QVGNVGVNQK RLGRAGSKRW LGKRPVVRGV VMNPVDHPHG GGEGRAPIGR KS PTTPWGY PALGRRSRKR NKYSDNFIIR RRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2cz/uL2cy

+
分子 #10: protein L3

分子名称: protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.117328 KDa
配列文字列: SVDAGIGVMG TKLGMMSFFE EDGTVVPVTV IGFKEGNIVT QVKTESTDGY NAVQVGYERL RDRKLTMPER GHLNKAGVIP MRHLQEFRL VSVDDFTPSQ KLLFEELFKE GDMVDISGTT IGKGFQGGIK RHNFKRGLMT HGSKSHRALG SIGAGTTPGH V YKGKKMPG ...文字列:
SVDAGIGVMG TKLGMMSFFE EDGTVVPVTV IGFKEGNIVT QVKTESTDGY NAVQVGYERL RDRKLTMPER GHLNKAGVIP MRHLQEFRL VSVDDFTPSQ KLLFEELFKE GDMVDISGTT IGKGFQGGIK RHNFKRGLMT HGSKSHRALG SIGAGTTPGH V YKGKKMPG RMGGTKTKIR KLKIMKIDTD LRVVMIKGAV PGKPGNLLRL APAKIVGKNI PKN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3c

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.202697 KDa
配列文字列: ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPPEKA RAVVHRGLIT HLQNKRRGTA STLTRAEVRG GGRKPYPQKK TGRARRGSQG SPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL ALSTAIASAV GNSFVVEEFA ENFEKPKTKD FIAAMQRWGL DPAEKSLFFL M DLVENVEK ...文字列:
ELIPLPILNF SGEKVGETFL NLKTAPPEKA RAVVHRGLIT HLQNKRRGTA STLTRAEVRG GGRKPYPQKK TGRARRGSQG SPLRPGGGV IFGPKPRDWT IKMNKKERRL ALSTAIASAV GNSFVVEEFA ENFEKPKTKD FIAAMQRWGL DPAEKSLFFL M DLVENVEK SGRNIRTLKL LTPRSLNLFD VLNAEKLVFT EGTIQYLNQR YGVDTLEDED EEEEEEEEGE EVDDGVEDGT PE PAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4c

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分子 #12: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.248189 KDa
配列文字列: AAGTAVFVDK AEAETINRLK TNYIEKMVPL LKEEFSYSNI LEVPKVVKIV VNCGIGDASQ NAKGLDAAIN ELALITGQRP VKTKAKTSI AGFKVREGMT LGIAVTLRGN LMYSFLDRLI NLALPRTRDF QGVNPNSFDG HGNYSVGFRE QSVFPEIKPE I VGKARGMD ...文字列:
AAGTAVFVDK AEAETINRLK TNYIEKMVPL LKEEFSYSNI LEVPKVVKIV VNCGIGDASQ NAKGLDAAIN ELALITGQRP VKTKAKTSI AGFKVREGMT LGIAVTLRGN LMYSFLDRLI NLALPRTRDF QGVNPNSFDG HGNYSVGFRE QSVFPEIKPE I VGKARGMD VCITTTAKTD KEAYKLLSLM GMPFREGSGP STLVRKKKLK SHHFDAKKGR RY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5c

+
分子 #13: protein L6

分子名称: protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.263604 KDa
配列文字列:
KESRIGKQPI TVPANVAIAM EGQDLKVKGP LGELSITYPR EVLVEKQESG FLRVRKAVET RRANQMHGLF RTLTDNMVVG VSKGFEKKL QLVGVGYRAT VEGKDLILSL GFSHPVRMAI PDELQVKVEE NTKVTVSGRD KSVVGQFAAT IRSWRPPEPY K GKGVRYVD EVVRRKEGKA GKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6c

+
分子 #14: protein L9

分子名称: protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.669951 KDa
配列文字列:
QKKVKKIRKI ILKEDIPDLG KKGQLLDVRA GFLRNFLLPL GKAEVVTPLL LKEMKMEDER IEAEKKRVKE EAQQLARMFE TVGAFKVKR KGGKGKQIFG SVTAQDLVDI IKAQLQRDVD KKVVFLPDIR ETGEYIAELK LHPDVTAQVR VTVFAN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9c

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.774363 KDa
配列文字列: STKCTEEWRQ LKEAVKKEFA IPHVPLDQRW MFTLEEATGP DIWNTTWYPK SADHVPTDKK WYVVDATDLI LGRMASTIAI HIRGKNLAS YTPSVDMGAF VIVVNADKVA VSGKKRTQKL YRRHSGRPGG LKEETFDQLQ KRIPERIIEH AVRGMLPKGR L GRYLFNHL ...文字列:
STKCTEEWRQ LKEAVKKEFA IPHVPLDQRW MFTLEEATGP DIWNTTWYPK SADHVPTDKK WYVVDATDLI LGRMASTIAI HIRGKNLAS YTPSVDMGAF VIVVNADKVA VSGKKRTQKL YRRHSGRPGG LKEETFDQLQ KRIPERIIEH AVRGMLPKGR L GRYLFNHL KVYKGAEHPH QAQQPIDLPL RDKRIRVEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13c

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.484741 KDa
配列文字列:
MIQPQTHLNV ADNSGARELM CIRIIGASNR RYARIGDVIV AVIKEAIPNT PLERSEVIRA VVVRTCKELK RDNGMIIRYD DNAAVIIDQ EGNPKGTRIF GAIARELRQK FAKIVSLAPE VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14c

+
分子 #17: protein L15

分子名称: protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 20.680062 KDa
配列文字列: FRLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP INLRDIEVA GFKEGEEVSL ESLKAKGIIN PSGRERRLPL KILGEGELST KLQIKARAFS GSAKEKLEAA GCSVTVLPGR K KYIKESVR ...文字列:
FRLDNLGPQP GSRKKGKRKG RGHAAGQGGS CGFGMRGQKS RSGPGIMRGF EGGQMPLYRR IPKLRGIAGG MRAGLPKYVP INLRDIEVA GFKEGEEVSL ESLKAKGIIN PSGRERRLPL KILGEGELST KLQIKARAFS GSAKEKLEAA GCSVTVLPGR K KYIKESVR KNLARADEYF AKKRAASASE AESA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15c

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.328068 KDa
配列文字列:
MLSPKRTRFR KQHRGRMKGI SYRGNRICFG RYALQALEPA WITSRQIEAG RRAMTRNARR GGKIWVRIFP DKPVTVRPAE TRMGSGKGS PEYWVAVVKP GRILYEISGV AENIARRAVA IAASKMPIRT QFIISG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16c

+
分子 #19: protein L17

分子名称: protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.466902 KDa
配列文字列:
MKHGRKIHRL SRPADQRRAL LRGLTTQLLK HGRIKTTRAK ASAMRKYVDK MITLAKEGSL HKRRQALGFI YEKQIVHALF AEVPERYGD RNGGYTRIIR TLPRRGDNAP MAYIELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17c

+
分子 #20: protein L18

分子名称: protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.801939 KDa
配列文字列:
AKAHTRREDR TARHVRIRKK VEGTPERPRL CVFRSNKHLY VQVIDDTKMH TLAAASTMQK AISENIDYSA GPTVEVAQKI GEMIAKSCL EKGITKVAFD RGGYPYHGRV KALADAAREH GLVF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18c

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L19, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.597373 KDa
配列文字列:
SEAEDSSDAP AESVAVVAEE ELPVESEAEA EERPPRQQRV KLGDIMGILN KKAVHAAEEL RPVPGIRTGD IVQIRLEVPE NKRRLSVYK GIVISRQNAG IHTTIRIRRI IAGVGVEIVF PLYSPNIKEI KVVSHRKVRK ARLYYLRDKL PRLSTFK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19c

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L20, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.594491 KDa
配列文字列:
TRVKRGYIAR RRRKKIRFFA SSFRGAHSRL TRTIAQQKIR ALVSAHRDRD RQKRDFRRLW ITRINAAIRE RGVYYNYSKF IHDLYKRQL LLNRKILAQI AILNPNCIYM IYNEIIKKED CKKYLEII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20c

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L21, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 22.793986 KDa
配列文字列: AKRRRFQEIP EELKAEFEEF QRPPNQKPQL SDVLPDDFQA PEPGTPEYND IINQFLPKKG PPPPREEIFA VVVIGSRQYI VIPGRWIYT QRLKGATVND KIVLNKVLLV GTKASTYIGT PIVTNAAVHA VVEEQLLDDK VIVFKYKKKK NYRRNIGHRQ P ITRIKITG ...文字列:
AKRRRFQEIP EELKAEFEEF QRPPNQKPQL SDVLPDDFQA PEPGTPEYND IINQFLPKKG PPPPREEIFA VVVIGSRQYI VIPGRWIYT QRLKGATVND KIVLNKVLLV GTKASTYIGT PIVTNAAVHA VVEEQLLDDK VIVFKYKKKK NYRRNIGHRQ P ITRIKITG ITGYEDYPAS TLEAEVEAKE EAEAEAEAEA VPV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21c

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.292676 KDa
配列文字列: MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR ...文字列:
MGFFKKKEKK AEFDVFRLYG LHHPEPGKCD EITTRGYSIS MSVDKARRVI DQIRGRSYAE TLMILELMPY RACYPIFKLI YSAAANASH NKQFNKANLI ISKAEVNKGI TLKKVKPRAR GRSYMIKRPT CHITIVLRDI THFDSYDKFL ESLTPKKLIA L LGLMSTGR RRELLCGRFR ENHKIKSFLY KIALFKRYEV M

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22c

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L23, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.575806 KDa
配列文字列:
ATEAVAPTTE EAATSQPKTS KKAKKLKYPR RILDVYQILQ SPIITEAAIK NIADENSLLF TVDVRADKKM IREAISNFFG VKVRKVNTL IRPDGTKKAY IMLNKEYNAS ELAKKIGIFP GGN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23c

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic

分子名称: 50S ribosomal protein L24, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.552316 KDa
配列文字列:
RIKRWERKDC KPNSLPKLHK RHVKVGDTVK VISGGEKGKI GEISKIHKHN STVIIKDLNF KTKHVKSKEE GEQGQIIKIE AAIHSSNVM LILKEQEVAD RVGHKILEDV RKVRYLIKTG EIVDTPDRWK EIQNKKESET AVAVAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24c

+
分子 #28: protein L27

分子名称: protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.326538 KDa
配列文字列:
AHKKGAGSTK NGRDSKGQRL GVKIYGDQVA KPGAIIIRQR GTKFHPGKNV GIGKDHTIFA LIDGLVKFEK YGPDKKKVSV YPREIQPEN PNSYRARKRE NFRLQREKKK ARREGYSFQP QLILASAATD NADESAVC

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27c

+
分子 #29: protein L28

分子名称: protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 9.016668 KDa
配列文字列:
RRICPFTGKK SNKANRVSHS NHKTKRLQFV NLQYKRVWWE AGKRFVKLRL STKALKTIEK NGLDAVAKKA GIDLRKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28c

+
分子 #30: protein L29

分子名称: protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.903116 KDa
配列文字列:
KKEDELKELR TKTNEQLNEE ILQLKGELFM LRLQRSAREN FKPSDFGRMR KRVARMLTVK REREIEQGVG KRLSRKLDKA WKRSIVVRP PPSLKKLQEK ATAEAEAEKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29c

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.801521 KDa
配列文字列:
RKSDIHPEFR EDAKVYCNGE LVMTTGGTQK DYTVEVWSGN HPFYLGNRSA LLLDADQVEK FRKKYGELTQ IMEIPVLKGE IILPPKKKS KAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31c

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.736141 KDa
配列文字列: MTRRYWNINL EEMMEAGVHF GHGTRKWNPR MSPYISAKCK GIHIINLTRT ARFLSEACDL VFDASSRGKQ FLIVGTKNKA ADSVARAAI RARCHYVNKK WLGGMLTNWS TTETRLHKFR DLRMEQTAGR LARLPKRDAA VVKRQLSHLQ TYLGGIKYMT G LPDIVIIV ...文字列:
MTRRYWNINL EEMMEAGVHF GHGTRKWNPR MSPYISAKCK GIHIINLTRT ARFLSEACDL VFDASSRGKQ FLIVGTKNKA ADSVARAAI RARCHYVNKK WLGGMLTNWS TTETRLHKFR DLRMEQTAGR LARLPKRDAA VVKRQLSHLQ TYLGGIKYMT G LPDIVIIV DQQEEYTALR ECITLGIPTI CLIDTNCNPD LADISIPAND DAIASIRLIL TKLVFAICEG RSSYIRNP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2c

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 24.965156 KDa
配列文字列: MGQKINPLGF RLGTTQSHYS LWFSQPKNYA EGLQEDQKIR DCIKNYVQKN TKTSSGVEGI ARIEIQKRID LIQVIIHMGF PKLLIENRP QGVEDLKINV QKELNCVNRK LNIAITRIAK PYGDPNILAE FIAGQLKSRV SFRKAMKKAI ELTEQADTKG I QIQIAGRI ...文字列:
MGQKINPLGF RLGTTQSHYS LWFSQPKNYA EGLQEDQKIR DCIKNYVQKN TKTSSGVEGI ARIEIQKRID LIQVIIHMGF PKLLIENRP QGVEDLKINV QKELNCVNRK LNIAITRIAK PYGDPNILAE FIAGQLKSRV SFRKAMKKAI ELTEQADTKG I QIQIAGRI DGKEIARIEW IREGRVPLQT IRAKIDYCAY TVRTIYGVLG IKIWIFMGEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3c

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S5, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 27.69658 KDa
配列文字列: CIKKDDIDIT FFEQDNPDEE ITFDPPEKPE GYIPPRAVDE PPFESEEEIA LAYEELYGAA YSGESLLGND VYAMDSKIKK ATGFGSKSK KEKIRDGFEE NVVQVRRVTK VVKGGKHMRF RAIVVVGDKK GQVGVGVGKA KEVVSAVQKA AVDARRNIIT V PMTKYLTF ...文字列:
CIKKDDIDIT FFEQDNPDEE ITFDPPEKPE GYIPPRAVDE PPFESEEEIA LAYEELYGAA YSGESLLGND VYAMDSKIKK ATGFGSKSK KEKIRDGFEE NVVQVRRVTK VVKGGKHMRF RAIVVVGDKK GQVGVGVGKA KEVVSAVQKA AVDARRNIIT V PMTKYLTF PHRNEADYGA ARVMLRPAAP GTGVIAGGAV RTVLEMAGVE NALGKQLGSN NALNNARATI VAVQTMRQFS DV ARDRGIP MEELWK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5c

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S6 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.341423 KDa
配列文字列:
DFSGSFFEGG FGGLDEDPPS TPPAGLAVEE KPEPQCPPGL RQYETMAVLR PDMTEDERLT LTQKYEELLV AGGAMYVEVF NRGVIPLAY SIKRKNKAGE TNNYLDGIYL LFTYFTKPES ISPLEAALVT DDDVIRSSSF KIRKRKY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6c alpha

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S7, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.378309 KDa
配列文字列:
MSRRGTVEEK TAKSDPIYRN RLVNMLVNRI LKHGKKSLAY QILYRAVKKI QQKTETNPLS VLRQAIRGVT PDIAVKARRV GGSTHQVPI EIGSTQGKAL AIRWLLGAAR KRPGRNMAFK LSSELVDAAK GSGDAVRKKE ETHRMAEANR AFAHFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7cz/uS7cy

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 15.527256 KDa
配列文字列:
MGKDTIADII TCIRNADMNR KGTVRIVSTN ITENIVKILL REGFIENARK HQERNKYFLV LTLRHRRNKK GPYLNTFHLK RVSRPGLRI YSNYQRIPRI LGGMGIAILS TSRGIMTDRE ARLEGIGGEI LCYIW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8c

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S9, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 17.092791 KDa
配列文字列:
TSATAPVEVA ETADLEKFVK SRLPGGFAAQ TVIGTGRRKC AIARVVLQEG TGKFIINYRD AKEYLQGNPL WLQYVKTPLA TLGYETNYD VFVKAHGGGL SGQAQAISLG VARALLKVSA SHRAPLKQEG LLTRDSRIVE RKKPGLKKAR KAPQFSKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9c

+
分子 #40: protein S10

分子名称: protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.882167 KDa
配列文字列:
SFEDGSETSK ISIAADSDQM APKQKIRIKL RSYWVPLIED SCKQIMDAAR TTNAKIMGPV PLPTKKRIYC VLKSPHVHKD ARFHFEIRT HQRLIDILYP TAQTIDSLMQ LDLPAGVDVE VKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10c

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S11, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.927551 KDa
配列文字列:
MAKPIPKIGS RRNGRISSRK SARKIPKGVI HVQASFNNTI VTVTDVRGRV VSWASAGTCG FRGTKRGTPF AAQTAAGNAI RTVVEQGMQ RAEVMIKGPG LGRDAALRAI RRSGILLSFV RDVTPMPHNG CRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11c

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.794261 KDa
配列文字列:
MPTIKQLIRN TRQPIRNVTK SPALRGCPQR RGTCTRVYTI TPKKPNSALR KVARVRLTSG FEITAYIPGI GHNLQEHSVV LVRGGRVKD LPGVRYHIVR GTLDAVGVKD RQQGRSKYGV KKPK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12cz/uS12cy

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S13, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 14.418822 KDa
配列文字列:
ARGRSSSVSF PAPKKGGIGH GGLQIECIRI GGVEIPNHKR VEYSLQYIHG IGRSRSRQIL LDLNFDNKVT KDLSEEEVII LRKEKRFNR VAIERLKEIR CYRGIRHKLG LPVRGQRTKN NCRTLKG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13c

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.778763 KDa
配列文字列:
MKKNSFISVI SDEKKEENKG SVEFQVFCFT NKIRRLTLHL ELHKKDYSSQ RGLRKTLGKR QRLLAYLLKI NGVRYKELIS KLNIRELKT R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15c

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S16, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.454237 KDa
配列文字列:
MVKLRLKRCG RKQRAVYRIV AIDVRSRREG RDLQKVGFYD PIKSQTYLNV PAILDFLEKG AQPTETVYDI LKRAEVFKEF RLNQTKFN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16c

+
分子 #46: protein S17

分子名称: protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.195099 KDa
配列文字列:
MRSMQGKVIC ATNDKTVNVE VVRLAPHPKY KRRVRKKKKY QAHDPDNQFK VGDWVQLDKC RPISKTKTFL AVAPEGRQSS ATRPKPIQA ASDELGIPLE SQVEGDKTV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17c

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S18, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.079137 KDa
配列文字列:
MDKSKRPFIK SKRSFRRRLP PIQSGDRIDY RNMSLISRFI SEQGKILSRR VNRLTLKQQR LITSAIKQAR ILSLLPFLNN EKQFERTES TTRTANFRTK NK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18c

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S19 alpha, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 10.6325 KDa
配列文字列:
MTRSLKKNPF VANHLLRKIE KLNKKAEKEI IVTWSRASTI IPTMIGHTIA IHNGREHLPI YITDRMVGHK LGEFAPTLNF RGHAKNDNK SRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19c

+
分子 #49: protein S20

分子名称: protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 12.17809 KDa
配列文字列:
ADSAAKRTRQ AETRRLRNKA RKSEVKTRMR KVFEALDALK KKSGASTEEL VPIDNLIAEA YSAIDKAVVK GTLHRNTAAR RKSRLARNK KVVEIHHGWY TPSLAPTNV

+
分子 #50: protein S21

分子名称: protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 16.096171 KDa
配列文字列:
ISSKKHENAA IAKKEEYPGD LMAVVCPSLA FSNTLYFRSA YNVQVLVDDN ENEERLLNRF RREVMRAGVI QECKRRRYFE NKQEEKKRK HREAAKRNSR RRRGPFRGPF PGKEEATKVD KKEDDGDNWD MPEGGAPF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21c

+
分子 #51: protein plastid pY

分子名称: protein plastid pY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 26.85133 KDa
配列文字列: SWDGPLSSVK LILQGRNLEV SDNVRSHVED KVGKSVAKHS HLVREVDVRL SARGGDLSKG PKLRRCEVTL FTKRHGVIRA EEDAESLYS SIDLVSSIIQ RKLRKIKDKV SDHGRHMKGF NRSKVRDPEP VRITREEVLE EVESAPAPVS VEDDDFIEEV V RTKYFDMP ...文字列:
SWDGPLSSVK LILQGRNLEV SDNVRSHVED KVGKSVAKHS HLVREVDVRL SARGGDLSKG PKLRRCEVTL FTKRHGVIRA EEDAESLYS SIDLVSSIIQ RKLRKIKDKV SDHGRHMKGF NRSKVRDPEP VRITREEVLE EVESAPAPVS VEDDDFIEEV V RTKYFDMP PLTITEAVEQ LENVDHDFYA FRNEETGDIN ILYKRKEGGY GLIIPKDGKT EKLESLPVQT DKQPSFAE

UniProtKB: Ribosome-binding factor PSRP1, chloroplastic

+
分子 #53: protein cS23

分子名称: protein cS23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 13.808066 KDa
配列文字列:
VAPETISDVA IMGNEVDIDD DLLVNKEKLK VLVKPMDKPR LVLKFIWMEK NIGLALDQTI PGHGTVPLSP YYFWPRKDAW EELKVLLEN KPWISQKQMI ILLNQATDII NLWQQSGGNL AS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein cS23

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 23.454531 KDa
配列文字列: MSRYRGPRFK KIRRLGALPG LTNKRPRAGS DLRNQSRSGK RSQYRIRLEE KQKLRFHYGI TERQLLKYVR IARKAKGSTG QVLLQLLEM RLDNILFRLG MAPTIPGARQ LVNHRHILVN GRIVDIPSYR CKPQDTIMAR DEQKSIALIQ NSLDLSPREE L PKHLTLNP ...文字列:
MSRYRGPRFK KIRRLGALPG LTNKRPRAGS DLRNQSRSGK RSQYRIRLEE KQKLRFHYGI TERQLLKYVR IARKAKGSTG QVLLQLLEM RLDNILFRLG MAPTIPGARQ LVNHRHILVN GRIVDIPSYR CKPQDTIMAR DEQKSIALIQ NSLDLSPREE L PKHLTLNP FPYKGLVNQI IDSKWVGLKI NELLVVEYYS RQT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4c

+
分子 #55: protein cS22

分子名称: protein cS22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 21.691145 KDa
配列文字列: VVTEETSSSS TASSSSDGEG ARRLYVGNIP RNLNNDELRT IVEEHGAIEI AEVMYDKYSG RSRRFGFVTM KTVEDANAVI EKLNDTEIG GRKIKVNITE KPLEGMDIAT TQAEDSQFVE SPYKVYIGNL AKTVTNELLK DFFSEKGKVL GAKVQRTPGT S KSNGFGFV ...文字列:
VVTEETSSSS TASSSSDGEG ARRLYVGNIP RNLNNDELRT IVEEHGAIEI AEVMYDKYSG RSRRFGFVTM KTVEDANAVI EKLNDTEIG GRKIKVNITE KPLEGMDIAT TQAEDSQFVE SPYKVYIGNL AKTVTNELLK DFFSEKGKVL GAKVQRTPGT S KSNGFGFV SFSSEEEVEA AIQALNNSVL EGQKIRVNKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein cS22

+
分子 #56: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S14, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 11.809832 KDa
配列文字列:
MARKSLIQRE KKRRNLEQKY HLIRRSSKQE IRKVTSLSDK WEIHGKLQSP PRNSAPARLH RRCFLTGRPR ANIRDFGLSG HILREMVHT CLLPGATRSS W

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14c

+
分子 #57: protein bTHXc

分子名称: protein bTHXc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 5.188887 KDa
配列文字列:
GRGDRKTAKG KRFNHSFGNA RPKNKNKGRG PPKAPIFPKG DPSQKED

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bTHXc

+
分子 #58: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic

分子名称: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 58 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 40.472961 KDa
配列文字列: AVAVSNAQTR ERQKLKQLFE DAYERCRNAP MEGVSFTIDD FHTALDKYDF NSEMGSRVKG TVFCTDANGA LVDITAKSSA YLPLAEACI YRIKNVEEAG IIPGVREEFV IIGENEADDS LILSLRQIQY ELAWERCRQL QAEDVVVKGK IVGANKGGVV A LVEGLRGF ...文字列:
AVAVSNAQTR ERQKLKQLFE DAYERCRNAP MEGVSFTIDD FHTALDKYDF NSEMGSRVKG TVFCTDANGA LVDITAKSSA YLPLAEACI YRIKNVEEAG IIPGVREEFV IIGENEADDS LILSLRQIQY ELAWERCRQL QAEDVVVKGK IVGANKGGVV A LVEGLRGF VPFSQISSKS SAEELLEKEI PLKFVEVDEE QSRLVMSNRK AMADSQAQLG IGSVVTGTVQ SLKPYGAFID IG GINGLLH VSQISHDRVS DIATVLQPGD TLKVMILSHD RERGRVSLST KKLEPTPGDM IRNPKLVFEK AEEMAQTFRQ RIA QAEAMA RADMLRFQPE SGLTLSSDGI LGPLTSDLPA EGLDLSVVPP AVES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1c

+
分子 #8: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 39.014184 KDa
配列文字列:
UAUUCUGGUG UCCUAGGCGU AGAGGAACCA CACCAAUCCA UCCCGAACUU GGUGGUUAAA CUCUACUGCG GUGACGAUAC UGUAGGGGA GGUCCUGCGG AAAAAUAGCU CGACGCCAGG AU

+
分子 #27: 4.8S rRNA

分子名称: 4.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 34.334488 KDa
配列文字列:
AGAGAAGGUC ACGGCGAGAC GAGCCGUUUA UCAUUACGAU AGGUGUCAAG UGGAAGUGCA GUGAUGUAUG CAGCUGAGGC AUCCUAACA GACCCACAGA CUUGAAC

GENBANK: GENBANK: X04977.1

+
分子 #31: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 911.34425 KDa
配列文字列: UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC ...文字列:
UUCAAACGAG GAAAGGCUUA CGGUGGAUAC CUAGGCACCC AGAGACGAGG AAGGGCGUAU UAAUCGACGA AAUGCUUCGG GGAGUUGAA AAUAAGCAGA GAUCCGGAGA UUCCCGAAUA GGUCAACCUU UCGAACUUCU GCUGAAUCCA UGGGCAGGCA A GAGACAAC CUGGCGAACU GAAACAUCUU AGUAGCCAGA GGAAAAGAAA GCAAAAGCGA UUCCCGUAGU AGCGGCGAGC GA AAUGGGA GCAGCCUAAA CCGUGAAAAC GGGGUUGUGG GAGAGCAAUA CAAGCGUCGU GCUGCUAGGC GAAUCAGUGG AGU GCGGAA CCCUAGAUGG UGAAAGUCCA GUAGCCGAAA GCAUCACUAG CUUAUGCUCU GACCCGAGUA GCAUGGGGCA CGUG GAAUC CCGUGUGAAU CAGCAAGGAC CACCUUGCAA GGCUAAAUAC UCCUGGGUGA CCGAUAGCGA AGUAGUACCG UGAGG GAAG GGUGAAAAGA ACCCCCAUCG GGGAGUGAAA UAGAACAUGA AACCGUAAGC UCUCAAGCAG UGGGAGGGGG ACCAGA CCC UGACCGCGUG CCUGUUGAAG AAUGAGCCGG CGACUCAUAG GCAGUGGCUU GGUUAAGGGA ACCCACCGGA GCCGUAG CG AAAGCGAGUC UUCAUAGGGC AAUUGUCACU GCUUAUGGAC CCGAACCUGG GUGAUCUAUC CAUGACCAGG AUGAAGCU U GGGUGAAACU AAGUGGAGGU CCGAACCGAC UGAUGUUGAA GAAUCAGCGG AUGAGUUGUG GUUAGGGGUG AAAUGCCAC UCGAACCCAG AGCUAGCUGG UUCUCCCCGA AAUGCGUUGA GGCGCAGCAG UUGACUGGAC AUCUAGGGGU AAAGCACUGU UUCGGUGCG GGCCGCGAGA GCGGUACCAA AUCGAGGCAA ACUCUGAAUA CUAGAUAUGA CCUCCAAAUA ACAGGGGUCA A GGUCGGCC AGUGAGACGA UGGGGGAUAA GCUUCAUCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCGGA UCACCAGCUA AGGCCCCUAA AU GACCGCU CAGUGAUAAA GGAGGUAGGG GUGCAGAGAC AGCCAGGAGG UUUGCCUAGA AGCAGCCACC CUUGAAAGAG UGC GUAAUA GCUCACUGAU CGAGCGCUCU UGCGCCGAAG AUGAACGGGG CUAAGCGGUC UGCCGAAGCU GUGGGAUGUA AAAA AACAU CGGUAGGGGA GCGUUCCGUG UUAGGGAGAA ACGCGUGCGU GAGCCGCGUU GGACGAAGCG GAAGCGAGAA UGUCG GCUU GAGUAACGCA AACAUUGGUG AGAAUCCAAU GCCCCGAAAA CCUAAGGGUU CCUCCGCAAG GUUCGUCCAC GGAGGG UGA GUCAGGGCCU AAGAUCAGGC CGAAAGGCGU AGUCGAUGGA CAACAGGUGA AUAUUCCUGU ACUACCCCUU GUUGGUC CC GAGGGACGGA GGAGGCUAGG UUAGCCGAAA GAUGGUUAUC GGUUCAAGGA CGCAAGGUGA CCCUGUUUUU CAGGGUAA G AAGGGGUAGA GAAAAUGCCU CGAGCCAAUG UUCGAGUACC AGGCGCUACG GCGCUGAAGU AACCGAUGCC AUACUCCCA GGAAAAGCUC GAACGACCUU CAACAAAAGG GUACCUGUAC CCGAAACCGA CACAGGUAGG UAGGUAGAGA AUACCUAGGG GCGCGAGAC AACUCUCUCU AAGGAACUCG GCAAAAUAGC CCCGUAACUU CGGGAGAAGG GGUGCCCCCU CACAAAGGGG G UCGAAGUG ACCAGGCCCG GGCGACUGUU UACCAAAAAC ACAGGUCUCC GCAAAGUCGU AAGACCAUGU AUGGGGGCUG AC GCCUGCC CAGUGCCGGA AGGUCAAGGA AGUUGGUGAC CUGAUGACAG GGGAGCCGGC GACCGAAGCC CCGGUGAACG GCG GCCGUA ACUAUAACGG UCCUAAGGUA GCGAAAUUCC UUGUCGGGUA AGUUCCGACC CGCACGAAAG GCGUAACGAU CUGG GCACU GUCUCGGAGA GAGGCUCGGU GAAAUAGACA UGUCUGUGAA GAUGCGGACU ACCUGCACCU GGACAGAAAG ACCCU AUGA AGCUUUACUG UUCCCUGGGA UUGGCUUUGG GCUUUUCCUG CGCAGCUUAG GUGGAAGGCG AAGAAGGCCC CCUUCC GGG GGGGCCCGAG CCAUCAGUGA GAUACCACUC UGGAAGAGCU AGAAUUCUAA CCUUGUGUCA GGACCUACGG GCCAAGG GA CAUUCUCAGG UAGACAGUUU CUAUGGGGCG UAGGCCUCCC AAAAGGUAAC GGAGGCGUGC AAAGGUUUCC UCGGGCCG G ACGGAGAUUG GCCCUCGAGU GCAAAGGCAG AAGGGAGCUU GACUGCAAGA CCCACCCGUC GAGCAGGGAC GAAAGUCGG CCUUAGUGAU CCGACGGUGC CGAGUGGAAG GGCCGUCGCU CAACGGAUAA AAGUUACUCU AGGGAUAACA GGCUGAUCUU CCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGAAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC UUCGCCACCU GGGGCUGUAG UAUGUUCCAA G GGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGUGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC AUAUCCGGUG UG GGCGUUA GAGCAUUGAG AGGACCUUUC CCUAGUACGA GAGGACCGGG AAGGACGCAC CUCUGGUGUA CCAGUUAUCG UGC CCACGG UAAACGCUGG GUAGCCAAGU GCGGAGCGGA UAACUGCUGA AAGCAUCUAA GUAGUAAGCC CACCCCAAGA UGAG UGCUC UCCUA

GENBANK: GENBANK: AJ400848.1

+
分子 #52: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
分子量理論値: 483.4665 KDa
配列文字列: UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC ...文字列:
UCUCAUGGAG AGUUCGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCAUGCUU AACACAUGCA AGUCGGACGG GAAGUGGUGU UUCCAGUGG CGGACGGGUG AGUAACGCGU AAGAACCUGC CCUUGGGAGG GGAACAACAG CUGGAAACGG CUGCUAAUAC C CCGUAGGC UGAGAAGCAA AAGGAGGAAU CCGCCCGAGG AGGGGCUCGC GUCUGAUUAG CUAGUUGGUG AGGUAAUAGC UU ACCAAGG CGAUGAUCAG UAGCUGGUCC GAGAGGAUGA UCAGCCACAC UGGGACUGAG ACACGGCCCA GACUCCUACG GGA GGCAGC AGUGGGGAAU UUUCCGCAAU GGGCGAAAGC CUGACGGAGC AAUGCCGCGU GGAGGCAGAA GGCCCACGGG UCGU GAACU UCUUUUCCCG GAGAAGAAGC AAUGACGGUA UCCGGGGAAU AAGCAUCGGC UAACUCUGUG CCAGCAGCCG CGGUA AGAC AGAGGAUGCA AGCGUUAUCC GGAAUGAUUG GGCGUAAAGC GUCUGUAGGU GGCUUUUUAA GUCCGCCGUC AAAUCC CAG GGCUCAACCC UGGACAGGCG GUGGAAACUA CCAAGCUGGA GUACGGUAGG GGCAGAGGGA AUUUCCGGUG GAGCGGU GA AAUGCGUAGA GAUCGGAAAG AACACCAACG GCGAAAGCAC UCUGCUGGGC CGACACUGAC ACUGAGAGAC GAAAGCUA G GGGAGCGAAU GGGAUUAGAU ACCCCAGUAG UCCUAGCCGU AAACGAUGGA UACUAGGCGC UGUGCGUAUC GACCCGUGC AGUGUUGUAG CUAACGCGUU AAGUAUCCCG CCUGGGGAGU ACGUUCGCAA GAAUGAAACU CAAAGGAAUU GACGGGGGCC CGCACAAGC GGUGGAGCAU GUGGUUUAAU UCGAUGCAAA GCGAAGAACC UUACCAGGGC UUGACAUGCC GCGAAUCCUC U UGAAAGAG AGGGGUGCCU UCGGGAACGC GGACACAGGU GGUGCAUGGC UGUCGUCAGC UCGUGCCGUA AGGUGUUGGG UU AAGUCCC GCAACGAGCG CAACCCUCGU GUUUAGUUGC CAACGUUGAG UUUGGAACCC UGAACAGACU GCCGGUGAUA AGC CGGAGG AAGGUGAGGA UGACGUCAAG UCAUCAUGCC CCUUAUGCCC UGGGCGACAC ACGUGCUACA AUGGCCGGGA CAAA GGGUC GCGAUCCCGC GAGGGUGAGC UAACCCCAAA AACCCGUCCU CAGUUCGGAU UGCAGGCUGC AACUCGCCUG CAUGA AGCC GGAAUCGCUA GUAAUCGCCG GUCAGCCAUA CGGCGGUGAA UUCGUUCCCG GGCCUUGUAC ACACCGCCCG UCACAC UAU GGGAGCUGGC CAUGCCCGAA GUCGUUACCU UAACCGCAAG GAGGGGGAUG CCGAAGGCAG GGCUAGUGAC UGGAGUG AA GUCGUAACAA GGUAGCCGUA CUGGAAGGUG CGGCUGGAUC ACCUCCUUU

GENBANK: GENBANK: AJ400848.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Tris HCl, pH 7.6, 100 mM KCl, 10 mM MgOAc, 100 mM sucrose, 7 mM 2-mercaptoethanol, 1 unit/ml RNase inhibitor, 0.1% protease inhibitor
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3161 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 倍率（補正後）: 133333 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 187946
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 81305
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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