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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6491 | |||||||||
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タイトル | Cryo-electron microscopy structure from the combined data of RAG SEC and PC (C2 symmetry) | |||||||||
マップデータ | Reconstruction from combined RAG SEC and PC data sets (C2 symmetry) | |||||||||
試料 |
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キーワード | RAG1 / RAG2 / V(D)J recombination / Paired complex / Signal end complex / Antigen receptor recombination / T and B cell development | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / protein binding / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / B cell differentiation / RING-type E3 ubiquitin transferase ...somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / protein binding / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / B cell differentiation / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / histone binding / T cell differentiation in thymus / endonuclease activity / adaptive immune response / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Ru H / Chambers MG / Fu T / Tong AB / Liao M / Wu H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Molecular Mechanism of V(D)J Recombination from Synaptic RAG1-RAG2 Complex Structures. 著者: Heng Ru / Melissa G Chambers / Tian-Min Fu / Alexander B Tong / Maofu Liao / Hao Wu / 要旨: Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) ...Diverse repertoires of antigen-receptor genes that result from combinatorial splicing of coding segments by V(D)J recombination are hallmarks of vertebrate immunity. The (RAG1-RAG2)2 recombinase (RAG) recognizes recombination signal sequences (RSSs) containing a heptamer, a spacer of 12 or 23 base pairs, and a nonamer (12-RSS or 23-RSS) and introduces precise breaks at RSS-coding segment junctions. RAG forms synaptic complexes only with one 12-RSS and one 23-RSS, a dogma known as the 12/23 rule that governs the recombination fidelity. We report cryo-electron microscopy structures of synaptic RAG complexes at up to 3.4 Å resolution, which reveal a closed conformation with base flipping and base-specific recognition of RSSs. Distortion at RSS-coding segment junctions and base flipping in coding segments uncover the two-metal-ion catalytic mechanism. Induced asymmetry involving tilting of the nonamer-binding domain dimer of RAG1 upon binding of HMGB1-bent 12-RSS or 23-RSS underlies the molecular mechanism for the 12/23 rule. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6491.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6491-v30.xml emd-6491.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6491_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6491.png | 543.9 KB | ||
マスクデータ | emd_6491_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6491 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6491 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction from combined RAG SEC and PC data sets (C2 symmetry) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: This mask represents the whole molecule
注釈 | This mask represents the whole molecule | ||||||||||||
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ファイル | emd_6491_msk_1.map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Combined RAG SEC and PC
全体 | 名称: Combined RAG SEC and PC |
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要素 |
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-超分子 #1000: Combined RAG SEC and PC
超分子 | 名称: Combined RAG SEC and PC / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse 集合状態: Dimer of RAG1-RAG2 binds to 12-RSS and 23-RSS DNA with HMGB1 Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa / 手法: Size exclusion chromatography |
-分子 #1: Recombination Activating Gene 1 and 2
分子 | 名称: Recombination Activating Gene 1 and 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RAG1 and RAG2 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer of RAG1-RAG2 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 株: AB / 別称: Zebrafish / 細胞: B and T lymphocytes / Organelle: Nucleus |
分子量 | 実験値: 400 KDa / 理論値: 400 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac1 |
配列 | UniProtKB: V(D)J recombination-activating protein 1 GO: DNA binding, endonuclease activity, ubiquitin-protein transferase activity, protein binding, zinc ion binding, DNA binding, chromatin binding, protein binding, phosphatidylinositol-4,5- ...GO: DNA binding, endonuclease activity, ubiquitin-protein transferase activity, protein binding, zinc ion binding, DNA binding, chromatin binding, protein binding, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding, phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding InterPro: V(D)J recombination-activating protein 1, RAG nonamer-binding domain, Zinc finger, C3HC4 RING-type, Zinc finger, RING-type, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc finger, RING-type, ...InterPro: V(D)J recombination-activating protein 1, RAG nonamer-binding domain, Zinc finger, C3HC4 RING-type, Zinc finger, RING-type, Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type, Zinc finger, RING-type, conserved site, Galactose oxidase/kelch, beta-propeller, Kelch-type beta propeller, V-D-J recombination activating protein 2, Recombination activating protein 2, PHD domain, Zinc finger, FYVE/PHD-type |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 10 mM CaCl2, 1 mM TCEP |
グリッド | 詳細: 400 mesh Quantifoil holey carbon grid, glow discharged |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification |
日付 | 2015年3月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 1200 / 平均電子線量: 41 e/Å2 詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector. ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 40607 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 31000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |