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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zsu | ||||||
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タイトル | Structure of the human homo-hexameric LRRC8A channel at 4.25 Angstroms | ||||||
要素 | Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Pannexin-like TM region of LRRC8 / Leucine rich repeat / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å | ||||||
データ登録者 | Kasuya, G. / Nakane, T. / Yokoyama, T. / Shirouzu, M. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structures of the human volume-regulated anion channel LRRC8. 著者: Go Kasuya / Takanori Nakane / Takeshi Yokoyama / Yanyan Jia / Masato Inoue / Kengo Watanabe / Ryoki Nakamura / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Akihisa Tsutsumi / Haruaki Yanagisawa ...著者: Go Kasuya / Takanori Nakane / Takeshi Yokoyama / Yanyan Jia / Masato Inoue / Kengo Watanabe / Ryoki Nakamura / Tomohiro Nishizawa / Tsukasa Kusakizako / Akihisa Tsutsumi / Haruaki Yanagisawa / Naoshi Dohmae / Motoyuki Hattori / Hidenori Ichijo / Zhiqiang Yan / Masahide Kikkawa / Mikako Shirouzu / Ryuichiro Ishitani / Osamu Nureki / 要旨: Maintenance of cell volume against osmotic change is crucial for proper cell functions. Leucine-rich repeat-containing 8 proteins are anion-selective channels that extrude anions to decrease the cell ...Maintenance of cell volume against osmotic change is crucial for proper cell functions. Leucine-rich repeat-containing 8 proteins are anion-selective channels that extrude anions to decrease the cell volume on cellular swelling. Here, we present the structure of human leucine-rich repeat-containing 8A, determined by single-particle cryo-electron microscopy. The structure shows a hexameric assembly, and the transmembrane region features a topology similar to gap junction channels. The LRR region, with 15 leucine-rich repeats, forms a long, twisted arc. The channel pore is located along the central axis and constricted on the extracellular side, where highly conserved polar and charged residues at the tip of the extracellular helix contribute to permeability to anions and other osmolytes. Two structural populations were identified, corresponding to compact and relaxed conformations. Comparing the two conformations suggests that the LRR region is flexible and mobile, with rigid-body motions, which might be implicated in structural transitions on pore opening. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zsu.cif.gz | 738 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zsu.ent.gz | 633.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zsu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5zsu_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5zsu_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5zsu_validation.xml.gz | 122.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5zsu_validation.cif.gz | 184.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/5zsu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6952MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10196 (タイトル: CryoEM structure of human LRRC8A / Data size: 2.9 TB Data #1: Unaligned movies of human LRRC8A [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95271.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRRC8A, KIAA1437, LRRC8, SWELL1, UNQ221/PRO247 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): Embryonic kidney / 参照: UniProt: Q8IWT6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Hexameric channel of LRC8A_HUMAN / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: Solution was freshly prepared to avoid digitonin precipitation. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted for 12 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA 詳細: Specimen holder is FEI Talos Arctica autogrid holder. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 23500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER / 最高温度: 79.55 K / 最低温度: 79.55 K |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 5305 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 164749 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |