+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wpt | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of mammalian endolysosomal TRPML1 channel in nanodiscs in closed II conformation at 3.75 Angstrom resolution | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Mucolipin-1 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Ion channel | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transferrin endocytosis and recycling / calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity ...Transferrin endocytosis and recycling / calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transport / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / endosomal transport / intracellular vesicle / monoatomic cation transmembrane transport / phagocytic cup / autophagosome maturation / potassium channel activity / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / receptor complex / lysosome / lysosomal membrane / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen, Q. / She, J. / Guo, J. / Bai, X. / Jiang, Y. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2017 タイトル: Structure of mammalian endolysosomal TRPML1 channel in nanodiscs. 著者: Qingfeng Chen / Ji She / Weizhong Zeng / Jiangtao Guo / Haoxing Xu / Xiao-Chen Bai / Youxing Jiang / 要旨: Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a cation channel located within endosomal and lysosomal membranes. Ubiquitously expressed in mammalian cells, its loss-of-function mutations are ...Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a cation channel located within endosomal and lysosomal membranes. Ubiquitously expressed in mammalian cells, its loss-of-function mutations are the direct cause of type IV mucolipidosis, an autosomal recessive lysosomal storage disease. Here we present the single-particle electron cryo-microscopy structure of the mouse TRPML1 channel embedded in nanodiscs. Combined with mutagenesis analysis, the TRPML1 structure reveals that phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate (PtdIns(3,5)P) binds to the N terminus of the channel-distal from the pore-and the helix-turn-helix extension between segments S2 and S3 probably couples ligand binding to pore opening. The tightly packed selectivity filter contains multiple ion-binding sites, and the conserved acidic residues form the luminal Ca-blocking site that confers luminal pH and Ca modulation on channel conductance. A luminal linker domain forms a fenestrated canopy atop the channel, providing several luminal ion passages to the pore and creating a negative electrostatic trap, with a preference for divalent cations, at the luminal entrance. The structure also reveals two equally distributed S4-S5 linker conformations in the closed channel, suggesting an S4-S5 linker-mediated PtdInsP gating mechanism among TRPML channels. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wpt.cif.gz | 329.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5wpt.ent.gz | 270.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wpt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wpt_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5wpt_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5wpt_validation.xml.gz | 48.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wpt_validation.cif.gz | 75 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/5wpt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66656.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mcoln1 / プラスミド: pEZT / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99J21 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-NA / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homotetramer of mouse TRPML1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.066 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F / プラスミド: pEZT |
緩衝液 | pH: 8 詳細: Solutions were made fresh from stock solutions and filtered. |
緩衝液成分 | 濃度: 150 mM / 名称: sodium chloride / 式: NaCl |
試料 | 濃度: 1.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 46730 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIFQuantum / エネルギーフィルター 上限: 10 eV / エネルギーフィルター 下限: -10 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
画像処理 | 詳細: 30 frames per movie stack were saved for motion correction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: The CTF correction was performed during the map refinement in RELION. タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1433949 / 詳細: The particles were auto-picked in RELION. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|