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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5w3f | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Yeast tubulin polymerized with GTP in vitro | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Cytoskeleton / tubulin | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / mitotic spindle elongation / nuclear division / nuclear migration along microtubule / homologous chromosome segregation / Platelet degranulation / positive regulation of intracellular protein transport / tubulin complex / mitotic sister chromatid segregation / microtubule-based process ...nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / mitotic spindle elongation / nuclear division / nuclear migration along microtubule / homologous chromosome segregation / Platelet degranulation / positive regulation of intracellular protein transport / tubulin complex / mitotic sister chromatid segregation / microtubule-based process / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / cytoskeleton organization / nuclear periphery / structural constituent of cytoskeleton / spindle / microtubule cytoskeleton organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Howes, S.C. / Geyer, E.A. / LaFrance, B. / Zhang, R. / Kellogg, E.H. / Westermann, S. / Rice, L.M. / Nogales, E. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2017 タイトル: Structural differences between yeast and mammalian microtubules revealed by cryo-EM. 著者: Stuart C Howes / Elisabeth A Geyer / Benjamin LaFrance / Rui Zhang / Elizabeth H Kellogg / Stefan Westermann / Luke M Rice / Eva Nogales / 要旨: Microtubules are polymers of αβ-tubulin heterodimers essential for all eukaryotes. Despite sequence conservation, there are significant structural differences between microtubules assembled in ...Microtubules are polymers of αβ-tubulin heterodimers essential for all eukaryotes. Despite sequence conservation, there are significant structural differences between microtubules assembled in vitro from mammalian or budding yeast tubulin. Yeast MTs were not observed to undergo compaction at the interdimer interface as seen for mammalian microtubules upon GTP hydrolysis. Lack of compaction might reflect slower GTP hydrolysis or a different degree of allosteric coupling in the lattice. The microtubule plus end-tracking protein Bim1 binds yeast microtubules both between αβ-tubulin heterodimers, as seen for other organisms, and within tubulin dimers, but binds mammalian tubulin only at interdimer contacts. At the concentrations used in cryo-electron microscopy, Bim1 causes the compaction of yeast microtubules and induces their rapid disassembly. Our studies demonstrate structural differences between yeast and mammalian microtubules that likely underlie their differing polymerization dynamics. These differences may reflect adaptations to the demands of different cell size or range of physiological growth temperatures. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5w3f.cif.gz | 323.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5w3f.ent.gz | 265.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5w3f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5w3f_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5w3f_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5w3f_validation.xml.gz | 33.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5w3f_validation.cif.gz | 47.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/5w3f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49853.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P09733 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 50967.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02557 |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dynamic microtubule lattice / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 6.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 303 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 20 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -29.85 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10.4 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42871 / 対称性のタイプ: HELICAL |