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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5v8f | |||||||||||||||
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タイトル | Structural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1 | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() CDC6 association with the ORC:origin complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Orc1 removal from chromatin / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding ...CDC6 association with the ORC:origin complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / Orc1 removal from chromatin / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / mitotic DNA replication checkpoint signaling / single-stranded DNA helicase activity / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Yuan, Z. / Riera, A. / Bai, L. / Sun, J. / Spanos, C. / Chen, Z.A. / Barbon, M. / Rappsilber, J. / Stillman, B. / Speck, C. / Li, H. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of Mcm2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1. 著者: Zuanning Yuan / Alberto Riera / Lin Bai / Jingchuan Sun / Saikat Nandi / Christos Spanos / Zhuo Angel Chen / Marta Barbon / Juri Rappsilber / Bruce Stillman / Christian Speck / Huilin Li / ![]() ![]() ![]() 要旨: To initiate DNA replication, the origin recognition complex (ORC) and Cdc6 load an Mcm2-7 double hexamer onto DNA. Without ATP hydrolysis, ORC-Cdc6 recruits one Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer, thus ...To initiate DNA replication, the origin recognition complex (ORC) and Cdc6 load an Mcm2-7 double hexamer onto DNA. Without ATP hydrolysis, ORC-Cdc6 recruits one Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer, thus forming an ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 (OCCM) helicase-loading intermediate. Here we report a 3.9-Å structure of Saccharomyces cerevisiae OCCM on DNA. Flexible Mcm2-7 winged-helix domains (WHDs) engage ORC-Cdc6. A three-domain Cdt1 configuration embraces Mcm2, Mcm4, and Mcm6, thus comprising nearly half of the hexamer. The Cdt1 C-terminal domain extends to the Mcm6 WHD, which binds the Orc4 WHD. DNA passes through the ORC-Cdc6 and Mcm2-7 rings. Origin DNA interaction is mediated by an α-helix within Orc4 and positively charged loops within Orc2 and Cdc6. The Mcm2-7 C-tier AAA+ ring is topologically closed by an Mcm5 loop that embraces Mcm2, but the N-tier-ring Mcm2-Mcm5 interface remains open. This structure suggests a loading mechanism of the first Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer by ORC-Cdc6. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467
#1: タンパク質 | 分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 90310.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Cell division ... , 2種, 2分子 89
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 68486.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: TAH11, CDT1, SID2, YJR046W, J1641 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 58112.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC6, YJL194W, J0347 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-Origin recognition complex subunit ... , 6種, 6分子 ABCEDF
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 104433.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC1, YML065W / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 71342.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC2, RRR1, SIR5, YBR060C, YBR0523 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 72161.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC3, OAF1, OIF1, YLL004W, L1365 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 55347.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC5, YNL261W, N0834 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | ![]() 分子量: 60772.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC4, YPR162C, P9325.5 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | ![]() 分子量: 50369.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ORC6, AAP1, YHR118C / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 MN
#15: DNA鎖 | 分子量: 11967.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#16: DNA鎖 | 分子量: 12035.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 5![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/AGS.gif)
#17: 化合物 | ChemComp-AGS / #4: タンパク質 | | ![]() 分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: OCCM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 10 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 304288 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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