PDB-5t2c: CryoEM structure of the human ribosome at 3.6 Angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t2c

タイトル

CryoEM structure of the human ribosome at 3.6 Angstrom resolution

要素

(40S ribosomal protein ...) x 31
(60S ribosomal protein ...) x 42
18S rRNA
28S rRNA
5.8S rRNA
5S rRNA
Receptor of activated protein C kinase 1
Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
tRNA

キーワード

RIBOSOME

機能・相同性

機能・相同性情報

translation at presynapse / exit from mitosis / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / response to insecticide / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist ...translation at presynapse / exit from mitosis / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / response to insecticide / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / regulation of G1 to G0 transition / ribosomal protein import into nucleus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of gastrulation / protein tyrosine kinase inhibitor activity / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / IRE1-RACK1-PP2A complex / nucleolus organization / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / 90S preribosome assembly / retinal ganglion cell axon guidance / TNFR1-mediated ceramide production / negative regulation of DNA repair / negative regulation of RNA splicing / GAIT complex / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / supercoiled DNA binding / TORC2 complex binding / neural crest cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / G1 to G0 transition / NF-kappaB complex / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / oxidized purine DNA binding / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of bicellular tight junction assembly / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / middle ear morphogenesis / negative regulation of phagocytosis / rRNA modification in the nucleus and cytosol / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / erythrocyte homeostasis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / protein kinase A binding / ion channel inhibitor activity / Ribosomal scanning and start codon recognition / homeostatic process / Translation initiation complex formation / pigmentation / positive regulation of mitochondrial depolarization / macrophage chemotaxis / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of Wnt signaling pathway / fibroblast growth factor binding / lung morphogenesis / monocyte chemotaxis / male meiosis I / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of translational frameshifting / TOR signaling / Protein hydroxylation / BH3 domain binding / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / iron-sulfur cluster binding / regulation of cell division / cellular response to ethanol / mTORC1-mediated signalling / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / positive regulation of GTPase activity / cellular response to actinomycin D / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / blastocyst development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / protein localization to nucleus / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression
類似検索 - 分子機能

40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 ...40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ubiquitin-like protein FUBI / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L1 / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / S27a-like superfamily / Ribosomal L38e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L19, eukaryotic / : / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L6e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein L24e, conserved site / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / : / Ribosomal protein L19e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A
類似検索 - ドメイン・相同性

RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS17 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS10 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS4, X isoform / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS26 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-like FUBI-ribosomal protein eS30 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Ribosomal protein uL16-like / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Zhang, X. / Lai, M. / Zhou, Z.H.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structures and stabilization of kinetoplastid-specific split rRNAs revealed by comparing leishmanial and human ribosomes.
著者: Xing Zhang / Mason Lai / Winston Chang / Iris Yu / Ke Ding / Jan Mrazek / Hwee L Ng / Otto O Yang / Dmitri A Maslov / Z Hong Zhou /

要旨: The recent success in ribosome structure determination by cryoEM has opened the door to defining structural differences between ribosomes of pathogenic organisms and humans and to understand ribosome- ...

履歴

登録	2016年8月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年7月18日	Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name
改定 1.2	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-8345 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t2c.cif.gz	5.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t2c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t2c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t2c_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t2c_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	5t2c_validation.xml.gz	345.5 KB	表示
CIF形式データ	5t2c_validation.cif.gz	598.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/5t2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/5t2c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8345MC 8343C 5t2aC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ek0-d 6om0-d 6mtc-d 6ip6-d 6om7-d 6ip5-d 4ug0-d 6r6p-d 4uje-d 6oli-d 6r5q-d 6rm3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (90) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (84) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (2) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (10) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (8) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (3) #181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1) #229 - 2019年1月蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (233) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (83) #210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (112) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (3) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (3) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (3) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (2) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (79) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (5) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (5) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (7) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (6) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (8) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (3) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (3) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (3) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (90)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (84)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (2)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (10)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (8)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (233)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (3)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (83)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (112)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (3)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (3)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (3)
#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
類似性 (2)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (79)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (8)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (5)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (5)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (2)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (7)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (6)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (5)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (8)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (3)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (3)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (3)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#86 - 2007年2月
エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#91 - 2007年7月
チミン２量体 (Thymine Dimers)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)

登録構造単位

B: 5S rRNA

C: 5.8S rRNA

D: 60S ribosomal protein L8

E: 60S ribosomal protein L3

F: 60S ribosomal protein L4

G: 60S ribosomal protein L5

I: 60S ribosomal protein L13a

J: 60S ribosomal protein L17

L: 60S ribosomal protein L19

N: 60S ribosomal protein L21

O: 60S ribosomal protein L22

P: 60S ribosomal protein L23

Q: 60S ribosomal protein L24

S: 60S ribosomal protein L26

T: 60S ribosomal protein L27

U: 60S ribosomal protein L27a

V: 60S ribosomal protein L29

X: 60S ribosomal protein L31

Y: 60S ribosomal protein L32

Z: 60S ribosomal protein L35a

a: 60S ribosomal protein L34

b: 60S ribosomal protein L35

c: 60S ribosomal protein L36

d: 60S ribosomal protein L37

e: 60S ribosomal protein L38

f: 60S ribosomal protein L39

g: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

j: 60S ribosomal protein L37a

k: 60S ribosomal protein L28

m: 60S ribosomal protein L7

n: 60S ribosomal protein L7a

o: 60S ribosomal protein L9

s: 60S ribosomal protein L14

t: 60S ribosomal protein L15

h: 60S Ribosomal protein L41

r: 60S ribosomal protein L13

A: 28S rRNA

H: 60S ribosomal protein L6

i: 60S ribosomal protein L36a

K: 60S ribosomal protein L18

l: 60S ribosomal protein L10a

M: 60S ribosomal protein L18a

p: 60S ribosomal protein L10-like

q: 60S ribosomal protein L11

R: 60S ribosomal protein L23a

W: 60S ribosomal protein L30

AA: 18S rRNA

AC: 40S ribosomal protein S21

AD: 40S ribosomal protein S23

AE: 40S ribosomal protein S26

AF: 40S ribosomal protein S28

AH: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

AJ: 40S ribosomal protein S2

AK: 40S ribosomal protein S6

AL: 40S ribosomal protein S9

AN: 40S ribosomal protein S13

AP: 40S ribosomal protein S15a

AQ: 40S ribosomal protein S24

AR: 40S ribosomal protein S25

AT: 40S ribosomal protein S30

AV: 40S ribosomal protein S27

An: tRNA

Ap: 40S ribosomal protein S3a

Aq: 40S ribosomal protein S3

Ar: 40S ribosomal protein S4, X isoform

At: 40S ribosomal protein S7

Au: 40S ribosomal protein S8

Av: 40S ribosomal protein S10

Ay: 40S ribosomal protein S16

A0: 40S ribosomal protein S18

Ao: 40S ribosomal protein SA

As: 40S ribosomal protein S5

Aw: 40S ribosomal protein S11

Ax: 40S ribosomal protein S15

Az: 40S ribosomal protein S17

AB: 40S ribosomal protein S20

AG: 40S ribosomal protein S29

AI: Receptor of activated protein C kinase 1

AM: 40S ribosomal protein S12

AO: 40S ribosomal protein S14

AU: 40S ribosomal protein S19

3.83 MDa, 81 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BCAAAAn

#1: RNA鎖	5S rRNA 分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat
#2: RNA鎖	5.8S rRNA 分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat
#37: RNA鎖	28S rRNA 分子量: 1640238.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat
#47: RNA鎖	18S rRNA 分子量: 602752.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat
#62: RNA鎖	tRNA 分子量: 24231.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 DEFGIJLNOPQSTUVXYZabcdefjkmnos...

#3: タンパク質	60S ribosomal protein L8 分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62917
#4: タンパク質	60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B 分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P39023
#5: タンパク質	60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P36578
#6: タンパク質	60S ribosomal protein L5 分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46777
#7: タンパク質	60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein 分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P40429
#8: タンパク質	60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / PD-1 分子量: 18552.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P18621
#9: タンパク質	60S ribosomal protein L19 分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P84098
#10: タンパク質	60S ribosomal protein L21 分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46778
#11: タンパク質	60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P35268
#12: タンパク質	60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62829
#13: タンパク質	60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P83731
#14: タンパク質	60S ribosomal protein L26 分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P61254
#15: タンパク質	60S ribosomal protein L27 分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P61353
#16: タンパク質	60S ribosomal protein L27a 分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46776
#17: タンパク質	60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP 分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P47914
#18: タンパク質	60S ribosomal protein L31 分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62899
#19: タンパク質	60S ribosomal protein L32 分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62910
#20: タンパク質	60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein 分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P18077
#21: タンパク質	60S ribosomal protein L34 分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P49207
#22: タンパク質	60S ribosomal protein L35 分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P42766
#23: タンパク質	60S ribosomal protein L36 分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#24: タンパク質	60S ribosomal protein L37 / G1.16 分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P61927
#25: タンパク質	60S ribosomal protein L38 分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P63173
#26: タンパク質	60S ribosomal protein L39 分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62891
#28: タンパク質	60S ribosomal protein L37a 分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P61513
#29: タンパク質	60S ribosomal protein L28 分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46779
#30: タンパク質	60S ribosomal protein L7 分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P18124
#31: タンパク質	60S ribosomal protein L7a / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3 分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62424
#32: タンパク質	60S ribosomal protein L9 分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P32969
#33: タンパク質	60S ribosomal protein L14 / CAG-ISL 7 分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P50914
#34: タンパク質	60S ribosomal protein L15 分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P61313
#35: タンパク質・ペプチド	60S Ribosomal protein L41 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat
#36: タンパク質	60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P26373
#38: タンパク質	60S ribosomal protein L6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107 分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: Q02878
#39: タンパク質	60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein 分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P83881
#40: タンパク質	60S ribosomal protein L18 分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: Q07020
#41: タンパク質	60S ribosomal protein L10a / CSA-19 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 6 / NEDD-6 分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62906
#42: タンパク質	60S ribosomal protein L18a 分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: Q02543
#43: タンパク質	60S ribosomal protein L10-like 分子量: 24570.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: Q96L21
#44: タンパク質	60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62913
#45: タンパク質	60S ribosomal protein L23a 分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62750
#46: タンパク質	60S ribosomal protein L30 分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62888

-
タンパク質 , 3種, 3分子 gAHAI

#27: タンパク質	Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1 分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62987
#52: タンパク質	Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80 分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62979
#78: タンパク質	Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase 分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P63244

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ACADAEAFAJAKALANAPAQARATAVApAqArAtAuAvAyA0AoAsAwAxAzABAGAMAOAU

#48: タンパク質	40S ribosomal protein S21 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P63220
#49: タンパク質	40S ribosomal protein S23 分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62266
#50: タンパク質	40S ribosomal protein S26 分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62854
#51: タンパク質	40S ribosomal protein S28 分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62857
#53: タンパク質	40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P15880
#54: タンパク質	40S ribosomal protein S6 / Phosphoprotein NP33 分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62753
#55: タンパク質	40S ribosomal protein S9 分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46781
#56: タンパク質	40S ribosomal protein S13 分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62277
#57: タンパク質	40S ribosomal protein S15a 分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62244
#58: タンパク質	40S ribosomal protein S24 分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62847
#59: タンパク質	40S ribosomal protein S25 分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62851
#60: タンパク質	40S ribosomal protein S30 分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62861
#61: タンパク質	40S ribosomal protein S27 / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P42677
#63: タンパク質	40S ribosomal protein S3a / v-fos transformation effector protein / Fte-1 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P61247
#64: タンパク質	40S ribosomal protein S3 分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat 参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#65: タンパク質	40S ribosomal protein S4, X isoform / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62701
#66: タンパク質	40S ribosomal protein S7 分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62081
#67: タンパク質	40S ribosomal protein S8 分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62241
#68: タンパク質	40S ribosomal protein S10 分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46783
#69: タンパク質	40S ribosomal protein S16 分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62249
#70: タンパク質	40S ribosomal protein S18 / Ke-3 / Ke3 分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62269
#71: タンパク質	40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P08865
#72: タンパク質	40S ribosomal protein S5 分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P46782
#73: タンパク質	40S ribosomal protein S11 分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62280
#74: タンパク質	40S ribosomal protein S15 / RIG protein 分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62841
#75: タンパク質	40S ribosomal protein S17 分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P08708
#76: タンパク質	40S ribosomal protein S20 分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P60866
#77: タンパク質	40S ribosomal protein S29 分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62273
#79: タンパク質	40S ribosomal protein S12 分子量: 14548.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P25398
#80: タンパク質	40S ribosomal protein S14 分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P62263
#81: タンパク質	40S ribosomal protein S19 分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Jurkat / 参照: UniProt: P39019

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Human ribosome (Jurkat) / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.6
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 25 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
1	DoG Picker	粒子像選択
2	Leginon	画像取得
4	CTFFIND	CTF補正
12	RELION	３次元再構成
13	PHENIX	モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

3次元再構成

解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 175708 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	151629
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.512	224076
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	15.279	96761
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.03	27964
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	13377

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BCAAAAn

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 DEFGIJLNOPQSTUVXYZabcdefjkmnos...

-
タンパク質 , 3種, 3分子 gAHAI

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ACADAEAFAJAKALANAPAQARATAVApAqArAtAuAvAyA0AoAsAwAxAzABAGAMAOAU

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-RNA鎖 , 5種, 5分子 BCAAAAn

+60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 DEFGIJLNOPQSTUVXYZabcdefjkmnos...

-タンパク質 , 3種, 3分子 gAHAI

+40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ACADAEAFAJAKALANAPAQARATAVApAqArAtAuAvAyA0AoAsAwAxAzABAGAMAOAU

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BCAAAAn

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 DEFGIJLNOPQSTUVXYZabcdefjkmnos...

-
タンパク質 , 3種, 3分子 gAHAI

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 ACADAEAFAJAKALANAPAQARATAVApAqArAtAuAvAyA0AoAsAwAxAzABAGAMAOAU

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)