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- PDB-5t2a: CryoEM structure of the Leishmania donovani 80S ribosome at 2.9 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t2a
タイトルCryoEM structure of the Leishmania donovani 80S ribosome at 2.9 Angstrom resolution
要素
  • 18S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • LSU-alpha
  • LSU-beta
  • RACK1
  • eL13
  • eL14
  • eL15
  • eL18
  • eL19
  • eL20
  • eL21
  • eL22
  • eL24
  • eL27
  • eL28
  • eL29
  • eL30
  • eL31
  • eL32
  • eL33
  • eL34
  • eL36
  • eL37
  • eL38
  • eL39
  • eL40
  • eL42
  • eL43
  • eL6
  • eL8
  • eS1
  • eS10
  • eS17
  • eS19
  • eS21
  • eS24
  • eS26
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • srRNA1
  • srRNA2
  • srRNA3
  • srRNA4
  • uL13
  • uL14
  • uL15
  • uL16
  • uL18
  • uL2
  • uL22
  • uL23
  • uL24
  • uL29
  • uL3
  • uL30
  • uL4
  • uL5
  • uL6
  • uS10
  • uS11
  • uS12
  • uS13
  • uS14
  • uS15
  • uS17
  • uS19
  • uS2
  • uS3
  • uS4
  • uS5
  • uS7
  • uS8
  • uS9
キーワードRIBOSOME / Leishmania donovani
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...protein-RNA complex assembly / translation regulator activity / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L14, KOW motif / : / Ribosomal protein L28e / : / : / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 ...Ribosomal protein L14, KOW motif / : / Ribosomal protein L28e / : / : / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein S8e, conserved site / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal_L19e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L23a ...: / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein eL38 / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L19, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L28, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein uL5 / 60S ribosomal protein L17, putative / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L7, putative / 40S ribosomal protein S16, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / Ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein L1a, putative / 40S ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L15 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Ribosomal L27e family protein / Ribosomal protein L35Ae family protein / 40S ribosomal protein S19 protein, putative / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L30 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal protein L36, Putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L34, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL14 / 40S ribosomal protein S5 / Antigen LACK
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhang, X. / Lai, M. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structures and stabilization of kinetoplastid-specific split rRNAs revealed by comparing leishmanial and human ribosomes.
著者: Xing Zhang / Mason Lai / Winston Chang / Iris Yu / Ke Ding / Jan Mrazek / Hwee L Ng / Otto O Yang / Dmitri A Maslov / Z Hong Zhou /
要旨: The recent success in ribosome structure determination by cryoEM has opened the door to defining structural differences between ribosomes of pathogenic organisms and humans and to understand ribosome- ...The recent success in ribosome structure determination by cryoEM has opened the door to defining structural differences between ribosomes of pathogenic organisms and humans and to understand ribosome-targeting antibiotics. Here, by direct electron-counting cryoEM, we have determined the structures of the Leishmania donovani and human ribosomes at 2.9 Å and 3.6 Å, respectively. Our structure of the leishmanial ribosome elucidates the organization of the six fragments of its large subunit rRNA (as opposed to a single 28S rRNA in most eukaryotes, including humans) and reveals atomic details of a unique 20 amino acid extension of the uL13 protein that pins down the ends of three of the rRNA fragments. The structure also fashions many large rRNA expansion segments. Direct comparison of our human and leishmanial ribosome structures at the decoding A-site sheds light on how the bacterial ribosome-targeting drug paromomycin selectively inhibits the eukaryotic L. donovani, but not human, ribosome.
履歴
登録2016年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8343
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LSU-alpha
B: LSU-beta
C: 5.8S rRNA
D: 5S rRNA
E: srRNA1
F: srRNA3
G: srRNA2
H: srRNA4
I: eL18
J: uL16
K: uL5
L: eL13
M: uL13
N: eL14
O: eL15
P: uL22
Q: eL20
R: eL19
S: eL21
T: eL22
U: uL14
V: uL23
W: eL24
X: uL24
Y: eL27
Z: uL15
a: eL28
b: eL29
c: uL2
d: uL3
e: eL30
f: eL31
g: eL32
h: eL34
i: uL29
j: eL33
k: eL36
l: eL37
m: eL43
n: eL38
o: eL39
p: uL4
q: eL40
r: eL42
s: uL18
t: eL6
u: uL30
v: eL8
w: uL6
0: eS1
1: eS4
2: 18S rRNA
3: eS6
4: eS7
5: eS8
6: uS4
7: RACK1
8: uS14
AC: uS2
AD: eS10
AE: uS17
AG: uS15
AH: uS11
AI: uS19
AJ: uS8
AK: uS9
AL: eS17
AM: uS13
AN: uS7
AO: eS19
AP: uS5
AQ: uS10
AR: eS21
AS: uS12
AT: eS24
AV: eS26
AW: eS27
AX: uS3
AY: eS30
AZ: eS28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,469,65280
ポリマ－3,469,65280
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 9種, 9分子 ABCDEFGH2

#1: RNA鎖 LSU-alpha


分子量: 576313.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 322500086
#2: RNA鎖 LSU-beta


分子量: 471465.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#3: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 84351.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 79677111
#4: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38532.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 361050153
#5: RNA鎖 srRNA1


分子量: 68191.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 322500086
#6: RNA鎖 srRNA3


分子量: 23360.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#7: RNA鎖 srRNA2


分子量: 59084.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 5019758
#8: RNA鎖 srRNA4


分子量: 40965.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 5019758
#52: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 710272.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 9504

+
タンパク質 , 71種, 71分子 IJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijkl...

#9: タンパク質 eL18 / 60S ribosomal protein L18


分子量: 22071.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BUI1
#10: タンパク質 uL16 / 60S ribosomal protein L10


分子量: 24607.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B840
#11: タンパク質 uL5 / 60S ribosomal protein L11 (L5 / L16)


分子量: 21710.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFL1
#12: タンパク質 eL13


分子量: 24831.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#13: タンパク質 uL13


分子量: 25479.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#14: タンパク質 eL14 / 60S ribosomal protein L14 / 23 kDa cell surface protein / LDP 23


分子量: 19935.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: Q25278
#15: タンパク質 eL15 / Ribosomal protein L15


分子量: 24497.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BMB4
#16: タンパク質 uL22 / 60S ribosomal protein L17


分子量: 19154.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BGL6
#17: タンパク質 eL20 / 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20834.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRT7
#18: タンパク質 eL19 / 60S ribosomal protein L19


分子量: 28142.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B8Q2
#19: タンパク質 eL21 / 60S ribosomal protein L21


分子量: 18059.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRE2
#20: タンパク質 eL22 / 60S ribosomal protein L22


分子量: 15030.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BU52
#21: タンパク質 uL14 / 60S ribosomal protein L23


分子量: 14982.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BSQ4
#22: タンパク質 uL23 / 60S ribosomal protein L23a


分子量: 16306.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: D1M863
#23: タンパク質 eL24


分子量: 14608.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#24: タンパク質 uL24


分子量: 16224.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#25: タンパク質 eL27 / Ribosomal protein L27


分子量: 15455.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BP34
#26: タンパク質 uL15 / 60S ribosomal protein L27A/L29


分子量: 16165.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BSQ2
#27: タンパク質 eL28 / 60S ribosomal protein L28


分子量: 16409.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BAU9
#28: タンパク質 eL29 / Ribosomal protein L29


分子量: 8001.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#29: タンパク質 uL2


分子量: 28321.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#30: タンパク質 uL3


分子量: 47593.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#31: タンパク質 eL30 / 60S ribosomal protein L30


分子量: 11400.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRQ6
#32: タンパク質 eL31 / 60S ribosomal subunit protein L31


分子量: 20886.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BSK4
#33: タンパク質 eL32 / 60S ribosomal protein L32


分子量: 15397.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BS76
#34: タンパク質 eL34 / 60S ribosomal protein L34


分子量: 19307.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BUA1
#35: タンパク質 uL29 / 60S ribosomal protein L35


分子量: 15232.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BIP6
#36: タンパク質 eL33 / Ribosomal protein l35a


分子量: 16492.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BR22
#37: タンパク質 eL36 / 60S Ribosomal protein L36


分子量: 11959.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BS63
#38: タンパク質 eL37 / 60S ribosomal protein L37


分子量: 9862.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: P62885
#39: タンパク質 eL43 / 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10337.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFK4
#40: タンパク質 eL38 / Ribosomal protein L38


分子量: 9479.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B7P2
#41: タンパク質 eL39 / 60S ribosomal protein L39


分子量: 6504.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BCX6
#42: タンパク質 uL4 / Ribosomal protein L1a


分子量: 41228.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BKR3
#43: タンパク質 eL40


分子量: 14711.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BMW6
#44: タンパク質 eL42 / 60S ribosomal protein L44


分子量: 12302.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BBL5
#45: タンパク質 uL18 / 60S ribosomal protein L5


分子量: 34100.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BS61
#46: タンパク質 eL6


分子量: 21088.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#47: タンパク質 uL30 / 60S ribosomal protein L7


分子量: 28915.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BI29
#48: タンパク質 eL8 / 60S ribosomal protein L7a


分子量: 39175.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9B949
#49: タンパク質 uL6 / 60S ribosomal protein L9


分子量: 21567.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BFB5
#50: タンパク質 eS1 / 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30062.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BRS2
#51: タンパク質 eS4 / 40S ribosomal protein S4


分子量: 30711.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BBI6
#53: タンパク質 eS6


分子量: 28370.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#54: タンパク質 eS7


分子量: 23765.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#55: タンパク質 eS8 / 40S ribosomal protein S8


分子量: 25066.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BH78
#56: タンパク質 uS4 / 40S ribosomal protein S9


分子量: 22184.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTJ0
#57: タンパク質 RACK1 / LACK protective antigen


分子量: 34459.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: Q9BIJ5
#58: タンパク質 uS14 / Ribosomal protein S29


分子量: 6696.929 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BJV7
#59: タンパク質 uS2


分子量: 27536.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#60: タンパク質 eS10 / 40S ribosomal protein S10


分子量: 17432.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTG4
#61: タンパク質 uS17


分子量: 19981.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#62: タンパク質 uS15 / 40S ribosomal protein S13


分子量: 17482.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#63: タンパク質 uS11 / 40S ribosomal protein S14


分子量: 15623.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#64: タンパク質 uS19


分子量: 17472.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#65: タンパク質 uS8 / 40S ribosomal protein S15A


分子量: 14719.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BAV6
#66: タンパク質 uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 16718.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BI96
#67: タンパク質 eS17


分子量: 16447.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#68: タンパク質 uS13 / 40S ribosomal protein S18


分子量: 17443.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BTF9
#69: タンパク質 uS7


分子量: 21336.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: Q868B1
#70: タンパク質 eS19 / 40S ribosomal protein S19 protein


分子量: 20188.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BR60
#71: タンパク質 uS5


分子量: 28851.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#72: タンパク質 uS10 / Ribosomal protein S20


分子量: 13031.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BJI2
#73: タンパク質 eS21


分子量: 17102.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#74: タンパク質 uS12


分子量: 15952.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#75: タンパク質 eS24


分子量: 15910.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#76: タンパク質 eS26 / Ribosomal protein S26


分子量: 12752.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#77: タンパク質 eS27 / 40S ribosomal protein S27-1


分子量: 9803.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#78: タンパク質 uS3


分子量: 24541.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#79: タンパク質 eS30 / 40S ribosomal protein S30


分子量: 7394.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: E9BLG3
#80: タンパク質 eS28 / 40S ribosomal protein S33


分子量: 9705.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Leishmania donovani 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
4CTFFINDCTF補正
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213108 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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