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- PDB-4v7r: Yeast 80S ribosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7r
タイトルYeast 80S ribosome.
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 19
  • (60S ribosomal protein ...) x 32
  • (Unassigned secondary ...) x 16
  • 18S ribosomal RNA
  • 25S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • 60S acidic ribosomal protein P0
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein; RACK-1
キーワードRIBOSOME / Ribosomal rRNA and proteins / Translating the genetic code to proteins / eukaryotic / yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...: / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 ...60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / : / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
osmium (III) hexammine / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...osmium (III) hexammine / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / 60S ribosomal protein L42-A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / 60S ribosomal protein L23-B / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / 60S ribosomal protein L19-A / 60S ribosomal protein L2-A / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / 60S ribosomal protein L18-A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL43B / Large ribosomal subunit protein eL42B / Small ribosomal subunit protein uS12B / Large ribosomal subunit protein uL14B / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2B / Small ribosomal subunit protein uS17B / Large ribosomal subunit protein eL18B / Small ribosomal subunit protein uS9B / Large ribosomal subunit protein uL11A / Small ribosomal subunit protein uS13B / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / 60S ribosomal protein L12-A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / 40S ribosomal protein S11-B / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / 40S ribosomal protein S23-A / Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S18-A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 60S ribosomal protein L35-A / 40S ribosomal protein S16-B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / 60S ribosomal protein L43-A / 60S ribosomal protein L1-B / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 4 Å
データ登録者Ben-Shem, A. / Jenner, L. / Yusupova, G. / Yusupov, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the eukaryotic ribosome.
著者: Ben-Shem, A. / Jenner, L. / Yusupova, G. / Yusupov, M.
履歴
登録2010年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3O2Z, 3O30, 3O58, 3O5H
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A1: 18S ribosomal RNA
AA: 40S ribosomal protein S0-A
AB: 40S ribosomal protein S2
AC: 40S ribosomal protein S3
AD: 40S ribosomal protein S5
AE: 40S ribosomal protein S9-A
AF: 40S ribosomal protein S11
AG: 40S ribosomal protein S13
AH: 40S ribosomal protein S14-A
AI: 40S ribosomal protein S15
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AO: 40S ribosomal protein S22-A
AP: 40S ribosomal protein S23
AQ: 40S ribosomal protein S25-A
AR: 40S ribosomal protein S28-A
AS: 40S ribosomal protein S29-A
AT: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein; RACK-1
Aa: Unassigned secondary structure
Ab: Unassigned secondary structure
Ac: Unassigned secondary structure
Ad: Unassigned secondary structure
Ae: Unassigned secondary structure
Af: Unassigned secondary structure
Ah: Unassigned secondary structure
B1: 25S ribosomal RNA
B2: 5S ribosomal RNA
B3: 5.8S ribosomal RNA
BA: 60S ribosomal protein L1
BB: 60S ribosomal protein L2
BC: 60S ribosomal protein L3
BD: 60S ribosomal protein L4-A
BE: 60S ribosomal protein L5
BF: 60S ribosomal protein L6-A
BG: 60S ribosomal protein L7-A
BH: 60S ribosomal protein L8-A
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BJ: 60S ribosomal protein L10
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BN: 60S ribosomal protein L14-A
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BP: 60S ribosomal protein L16-A
BQ: 60S ribosomal protein L17-A
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BT: 60S ribosomal protein L21-A
BU: 60S ribosomal protein L23
BV: 60S ribosomal protein L24-A
BW: 60S ribosomal protein L25
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BY: 60S ribosomal protein L28
BZ: 60S ribosomal protein L30
Ba: 60S ribosomal protein L31-A
Bb: 60S ribosomal protein L32
Bc: 60S ribosomal protein L35
Bd: 60S ribosomal protein L37-A
Be: 60S ribosomal protein L39
Bf: 60S ribosomal protein L42
Bg: 60S ribosomal protein L43
Bh: Unassigned secondary structure
Bi: Unassigned secondary structure
Bj: Unassigned secondary structure
Bk: Unassigned secondary structure
Bl: Unassigned secondary structure
Bm: Unassigned secondary structure
Bn: Unassigned secondary structure
Bo: Unassigned secondary structure
Bp: Unassigned secondary structure
Bq: Unassigned secondary structure
Br: Unassigned secondary structure
C1: 18S ribosomal RNA
CA: 40S ribosomal protein S0-A
CB: 40S ribosomal protein S2
CC: 40S ribosomal protein S3
CD: 40S ribosomal protein S5
CE: 40S ribosomal protein S9-A
CF: 40S ribosomal protein S11
CG: 40S ribosomal protein S13
CH: 40S ribosomal protein S14-A
CI: 40S ribosomal protein S15
CJ: 40S ribosomal protein S16
CK: 40S ribosomal protein S17-A
CL: 40S ribosomal protein S18
CM: 40S ribosomal protein S19-A
CN: 40S ribosomal protein S20
CO: 40S ribosomal protein S22-A
CP: 40S ribosomal protein S23
CQ: 40S ribosomal protein S25-A
CR: 40S ribosomal protein S28-A
CS: 40S ribosomal protein S29-A
CT: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein; RACK-1
Ca: Unassigned secondary structure
Cb: Unassigned secondary structure
Cc: Unassigned secondary structure
Cd: Unassigned secondary structure
Ch: Unassigned secondary structure
D1: 25S ribosomal RNA
D2: 5S ribosomal RNA
D3: 5.8S ribosomal RNA
DA: 60S ribosomal protein L1
DB: 60S ribosomal protein L2
DC: 60S ribosomal protein L3
DD: 60S ribosomal protein L4-A
DE: 60S ribosomal protein L5
DF: 60S ribosomal protein L6-A
DG: 60S ribosomal protein L7-A
DH: 60S ribosomal protein L8-A
DI: 60S ribosomal protein L9-A
DJ: 60S ribosomal protein L10
DK: 60S ribosomal protein L11-A
DL: 60S ribosomal protein L12
DM: 60S acidic ribosomal protein P0
DN: 60S ribosomal protein L14-A
DO: 60S ribosomal protein L15-A
DP: 60S ribosomal protein L16-A
DQ: 60S ribosomal protein L17-A
DR: 60S ribosomal protein L18
DS: 60S ribosomal protein L19
DT: 60S ribosomal protein L21-A
DU: 60S ribosomal protein L23
DV: 60S ribosomal protein L24-A
DW: 60S ribosomal protein L25
DX: 60S ribosomal protein L26-A
DY: 60S ribosomal protein L28
DZ: 60S ribosomal protein L30
Da: 60S ribosomal protein L31-A
Db: 60S ribosomal protein L32
Dc: 60S ribosomal protein L35
Dd: 60S ribosomal protein L37-A
De: 60S ribosomal protein L39
Df: 60S ribosomal protein L42
Dg: 60S ribosomal protein L43
Dh: Unassigned secondary structure
Di: Unassigned secondary structure
Dj: Unassigned secondary structure
Dk: Unassigned secondary structure
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,851,649854
ポリマ－5,646,898139
非ポリマー204,751715
水00
1
A1: 18S ribosomal RNA
AA: 40S ribosomal protein S0-A
AB: 40S ribosomal protein S2
AC: 40S ribosomal protein S3
AD: 40S ribosomal protein S5
AE: 40S ribosomal protein S9-A
AF: 40S ribosomal protein S11
AG: 40S ribosomal protein S13
AH: 40S ribosomal protein S14-A
AI: 40S ribosomal protein S15
AJ: 40S ribosomal protein S16
AK: 40S ribosomal protein S17-A
AL: 40S ribosomal protein S18
AM: 40S ribosomal protein S19-A
AN: 40S ribosomal protein S20
AO: 40S ribosomal protein S22-A
AP: 40S ribosomal protein S23
AQ: 40S ribosomal protein S25-A
AR: 40S ribosomal protein S28-A
AS: 40S ribosomal protein S29-A
AT: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein; RACK-1
Aa: Unassigned secondary structure
Ab: Unassigned secondary structure
Ac: Unassigned secondary structure
Ad: Unassigned secondary structure
Ae: Unassigned secondary structure
Af: Unassigned secondary structure
Ah: Unassigned secondary structure
B1: 25S ribosomal RNA
B2: 5S ribosomal RNA
B3: 5.8S ribosomal RNA
BA: 60S ribosomal protein L1
BB: 60S ribosomal protein L2
BC: 60S ribosomal protein L3
BD: 60S ribosomal protein L4-A
BE: 60S ribosomal protein L5
BF: 60S ribosomal protein L6-A
BG: 60S ribosomal protein L7-A
BH: 60S ribosomal protein L8-A
BI: 60S ribosomal protein L9-A
BJ: 60S ribosomal protein L10
BK: 60S ribosomal protein L11-A
BN: 60S ribosomal protein L14-A
BO: 60S ribosomal protein L15-A
BP: 60S ribosomal protein L16-A
BQ: 60S ribosomal protein L17-A
BR: 60S ribosomal protein L18
BS: 60S ribosomal protein L19
BT: 60S ribosomal protein L21-A
BU: 60S ribosomal protein L23
BV: 60S ribosomal protein L24-A
BW: 60S ribosomal protein L25
BX: 60S ribosomal protein L26-A
BY: 60S ribosomal protein L28
BZ: 60S ribosomal protein L30
Ba: 60S ribosomal protein L31-A
Bb: 60S ribosomal protein L32
Bc: 60S ribosomal protein L35
Bd: 60S ribosomal protein L37-A
Be: 60S ribosomal protein L39
Bf: 60S ribosomal protein L42
Bg: 60S ribosomal protein L43
Bh: Unassigned secondary structure
Bi: Unassigned secondary structure
Bj: Unassigned secondary structure
Bk: Unassigned secondary structure
Bl: Unassigned secondary structure
Bm: Unassigned secondary structure
Bn: Unassigned secondary structure
Bo: Unassigned secondary structure
Bp: Unassigned secondary structure
Bq: Unassigned secondary structure
Br: Unassigned secondary structure
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,905,961428
ポリマ－2,804,30273
非ポリマー101,660355
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C1: 18S ribosomal RNA
CA: 40S ribosomal protein S0-A
CB: 40S ribosomal protein S2
CC: 40S ribosomal protein S3
CD: 40S ribosomal protein S5
CE: 40S ribosomal protein S9-A
CF: 40S ribosomal protein S11
CG: 40S ribosomal protein S13
CH: 40S ribosomal protein S14-A
CI: 40S ribosomal protein S15
CJ: 40S ribosomal protein S16
CK: 40S ribosomal protein S17-A
CL: 40S ribosomal protein S18
CM: 40S ribosomal protein S19-A
CN: 40S ribosomal protein S20
CO: 40S ribosomal protein S22-A
CP: 40S ribosomal protein S23
CQ: 40S ribosomal protein S25-A
CR: 40S ribosomal protein S28-A
CS: 40S ribosomal protein S29-A
CT: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein; RACK-1
Ca: Unassigned secondary structure
Cb: Unassigned secondary structure
Cc: Unassigned secondary structure
Cd: Unassigned secondary structure
Ch: Unassigned secondary structure
D1: 25S ribosomal RNA
D2: 5S ribosomal RNA
D3: 5.8S ribosomal RNA
DA: 60S ribosomal protein L1
DB: 60S ribosomal protein L2
DC: 60S ribosomal protein L3
DD: 60S ribosomal protein L4-A
DE: 60S ribosomal protein L5
DF: 60S ribosomal protein L6-A
DG: 60S ribosomal protein L7-A
DH: 60S ribosomal protein L8-A
DI: 60S ribosomal protein L9-A
DJ: 60S ribosomal protein L10
DK: 60S ribosomal protein L11-A
DL: 60S ribosomal protein L12
DM: 60S acidic ribosomal protein P0
DN: 60S ribosomal protein L14-A
DO: 60S ribosomal protein L15-A
DP: 60S ribosomal protein L16-A
DQ: 60S ribosomal protein L17-A
DR: 60S ribosomal protein L18
DS: 60S ribosomal protein L19
DT: 60S ribosomal protein L21-A
DU: 60S ribosomal protein L23
DV: 60S ribosomal protein L24-A
DW: 60S ribosomal protein L25
DX: 60S ribosomal protein L26-A
DY: 60S ribosomal protein L28
DZ: 60S ribosomal protein L30
Da: 60S ribosomal protein L31-A
Db: 60S ribosomal protein L32
Dc: 60S ribosomal protein L35
Dd: 60S ribosomal protein L37-A
De: 60S ribosomal protein L39
Df: 60S ribosomal protein L42
Dg: 60S ribosomal protein L43
Dh: Unassigned secondary structure
Di: Unassigned secondary structure
Dj: Unassigned secondary structure
Dk: Unassigned secondary structure
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,945,688426
ポリマ－2,842,59766
非ポリマー103,091360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)437.110, 288.380, 306.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 8分子 A1C1B1D1B2D2B3D3

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: Z75578
#29: RNA鎖 25S ribosomal RNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
参照: GenBank: BK006945.1
#30: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: J01360.1, GenBank: AE016820.4
#31: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: HQ026735.1

-
40S ribosomal protein ... , 19種, 38分子 AACAABCBACCCADCDAECEAFCFAGCGAHCHAICIAJCJAKCKALCLAMCMANCNAOCO...

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05750
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26781, UniProt: P0CX48*PLUS
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01855
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40213, UniProt: P0CX52*PLUS
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02407
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35271, UniProt: P0CX56*PLUS
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07280
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38701
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32827, UniProt: P0CX30*PLUS
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E792
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S29-A


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41057

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ATCTDM

#21: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein; RACK-1 / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Receptor for activated C kinase


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38011
#73: タンパク質 60S acidic ribosomal protein P0 / A0 / L10E


分子量: 33798.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05317

-
Unassigned secondary ... , 16種, 27分子 AaBoCaAbCbAcCcAdCdAeBjDjAfAhChBhDhBiDiBkDkBlBmBnBpBqBr

#22: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1720.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#23: タンパク質 Unassigned secondary structure


分子量: 8954.028 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#24: タンパク質 Unassigned secondary structure


分子量: 7932.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#25: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 2996.685 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#26: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#27: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#28: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 3507.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#63: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 3762.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#64: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#65: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#66: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#67: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#68: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#69: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 698.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#70: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#71: タンパク質・ペプチド Unassigned secondary structure


分子量: 1975.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 63分子 BADABBDBBCDCBDDDBEDEBFDFBGDGBHDHBIDIBJDJBKDKBNDNBODOBPDPBQDQ...

#32: タンパク質 60S ribosomal protein L1 / L10a


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53030, UniProt: P0CX43*PLUS
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L2 / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05736, UniProt: P0CX46*PLUS
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 33792.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L6-A / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 /


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41805
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P07279, UniProt: P0CX50*PLUS
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05735, UniProt: P0CX83*PLUS
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / L17a / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04451, UniProt: P0CX42*PLUS
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / L30 / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04449
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16762.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39741, UniProt: P0CX84*PLUS
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L42


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02405, UniProt: P0CX28*PLUS
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L43 / L37a / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49631, UniProt: P0CX26*PLUS
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / L15 / YL23


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17079, UniProt: P0CX53*PLUS

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非ポリマー , 1種, 715分子

#74: 化合物...
ChemComp-OHX / osmium (III) hexammine / osmium(6+) hexaazanide


分子量: 286.365 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 合成 / 式: H12N6Os

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年11月16日
放射モノクロメーター: 0.999 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→268 Å / Num. all: 630832 / Num. obs: 619044 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
4-4.151184.5
4.15-4.352197.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法モデル構築
DMMultiモデル構築
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
直接法位相決定
DMMulti位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 単波長異常分散 / 解像度: 4→268 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.341 12352 RANDOM 2%
Rwork0.278 --
obs0.28 605235 -
all-619044 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14656 38107 2485 0 55248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfhenix bond distance0.011
X-RAY DIFFRACTIONfhenix bond angle degree1.4

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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