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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5mei | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Agelastatin A bound to the 80S ribosome | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / 80S ribosome / protein synthesis inhibitor | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtriplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / Platelet degranulation / regulation of translational initiation in response to stress / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity ...triplex DNA binding / ribosome hibernation / translation elongation factor binding / Platelet degranulation / regulation of translational initiation in response to stress / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / telomeric DNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / TOR signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / positive regulation of protein kinase activity / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit export from nucleus / translational elongation / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / translation repressor activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / telomere maintenance / cellular response to amino acid starvation / protein kinase C binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / DNA binding Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.5 Å | |||||||||
Authors | McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Luo, C. ...McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Luo, C. / Dang, Y. / Romo, D. / Yusupov, M. / Green, R. / Liu, J.O. | |||||||||
| Funding support | United States, France, 2items
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Citation | Journal: Cell Chem Biol / Year: 2017Title: Inhibition of Eukaryotic Translation by the Antitumor Natural Product Agelastatin A. Authors: McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Guo, Z. / Ayinde, S. / Luo, C. / Dang, Y. / Romo, D. / ...Authors: McClary, B. / Zinshteyn, B. / Meyer, M. / Jouanneau, M. / Pellegrino, S. / Yusupova, G. / Schuller, A. / Reyes, J.C.P. / Lu, J. / Guo, Z. / Ayinde, S. / Luo, C. / Dang, Y. / Romo, D. / Yusupov, M. / Green, R. / Liu, J.O. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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|---|---|---|---|---|
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-Validation report
| Summary document | 5mei_validation.pdf.gz | 3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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| Full document | 5mei_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
| Data in XML | 5mei_validation.xml.gz | 947.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5mei_validation.cif.gz | 1.4 MB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5mei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/me/5mei | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4v88S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-RNA chain , 4 types, 8 molecules 1AR3AS4AT6A
| #1: RNA chain | Mass: 1097493.875 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #2: RNA chain | Mass: 38951.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #3: RNA chain | Mass: 50682.922 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() #25: RNA chain | Mass: 579761.938 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() |
|---|
+60S ribosomal protein ... , 40 types, 80 molecules jCDkCElCFmCGnCHoCIpCJqCKrCLsCMtCNuCOvCPwCQxCR...
-Protein , 3 types, 5 molecules ANDOp0hsR
| #42: Protein | Mass: 6032.321 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: RPL40A, UBI1, YIL148W / Production host: ![]() #47: Protein | | Mass: 24101.676 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: RPP0, L10E, RPA0, RPL10E, RPLA0, YLR340W, L8300.8 / Production host: ![]() #81: Protein | Mass: 34710.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: ASC1, CPC2, YMR116C, YM9718.15C / Production host: ![]() |
|---|
-Suppressor protein ... , 2 types, 2 molecules isM
| #46: Protein | Mass: 18224.963 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: STM1, MPT4, STO1, YLR150W, L9634.1 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #48: Protein | Mass: 10296.888 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: STM1, MPT4, STO1, YLR150W, L9634.1 / Production host: ![]() |
+40S ribosomal protein ... , 32 types, 62 molecules Bs0Cs1Ds2Es3Fs4Gs5Hs6Is7Js8Ks9Lc0Mc1Nc2Oc3Pc4...
-Ubiquitin-40S ribosomal protein ... , 2 types, 2 molecules ge1
| #80: Protein | Mass: 8101.675 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / Production host: ![]() |
|---|---|
| #83: Protein | Mass: 5704.610 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: RPS31, RPS37, UBI3, YLR167W, L9470.14 / Production host: ![]() |
-Non-polymers , 4 types, 2494 molecules 






| #84: Chemical | ChemComp-OHX / #85: Chemical | ChemComp-MG / #86: Chemical | #87: Chemical | ChemComp-ZN / |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.3 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: PEG 20K, KSCN, Mg Acetate, Tris-Acetate, Glycerol, Spermidine |
-Data collection
| Diffraction |
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| Diffraction source |
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| Detector |
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| Radiation |
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| Radiation wavelength |
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| Reflection | Resolution: 3.5→98.383 Å / Num. obs: 925728 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 10.553 % / Biso Wilson estimate: 71.28 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.567 / Rrim(I) all: 0.597 / Χ2: 0.898 / Net I/σ(I): 5.56 / Num. measured all: 9768849 / Scaling rejects: 1016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4V88 Resolution: 3.5→98.383 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.29 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 320.72 Å2 / Biso mean: 79.7288 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.5→98.383 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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France, 2items
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