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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lw7 | ||||||
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タイトル | S. solfataricus ABCE1 post-splitting state | ||||||
要素 | ABC transporter ATP-binding protein | ||||||
キーワード | RIBOSOME / ABCE1 / recycling / 30S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17 Å | ||||||
データ登録者 | Heuer, A. / Gerovac, M. / Beckmann, R. / Tampe, R. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structure of the ribosome post-recycling complex probed by chemical cross-linking and mass spectrometry. 著者: Kristin Kiosze-Becker / Alessandro Ori / Milan Gerovac / André Heuer / Elina Nürenberg-Goloub / Umar Jan Rashid / Thomas Becker / Roland Beckmann / Martin Beck / Robert Tampé / 要旨: Ribosome recycling orchestrated by the ATP binding cassette (ABC) protein ABCE1 can be considered as the final-or the first-step within the cyclic process of protein synthesis, connecting translation ...Ribosome recycling orchestrated by the ATP binding cassette (ABC) protein ABCE1 can be considered as the final-or the first-step within the cyclic process of protein synthesis, connecting translation termination and mRNA surveillance with re-initiation. An ATP-dependent tweezer-like motion of the nucleotide-binding domains in ABCE1 transfers mechanical energy to the ribosome and tears the ribosome subunits apart. The post-recycling complex (PRC) then re-initiates mRNA translation. Here, we probed the so far unknown architecture of the 1-MDa PRC (40S/30S·ABCE1) by chemical cross-linking and mass spectrometry (XL-MS). Our study reveals ABCE1 bound to the translational factor-binding (GTPase) site with multiple cross-link contacts of the helix-loop-helix motif to the S24e ribosomal protein. Cross-linking of the FeS cluster domain to the ribosomal protein S12 substantiates an extreme lever-arm movement of the FeS cluster domain during ribosome recycling. We were thus able to reconstitute and structurally analyse a key complex in the translational cycle, resembling the link between translation initiation and ribosome recycling. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lw7.cif.gz | 113 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lw7.ent.gz | 88.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5lw7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5lw7_validation.pdf.gz | 663.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5lw7_full_validation.pdf.gz | 690.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5lw7_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5lw7_validation.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lw/5lw7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67286.273 Da / 分子数: 1 / 変異: E238A E485A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌) 遺伝子: PAB0824 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UZA4 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: S. solfataricus ABCE1 post-splitting state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.067 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/PALLADIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI SPIRIT |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 35000 nm / Calibrated defocus min: 10000 nm / Cs: 2.2 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 19500 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |