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- PDB-5aj3: Structure of the small subunit of the mammalian mitoribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aj3
タイトルStructure of the small subunit of the mammalian mitoribosome
要素
  • (MITORIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • (UNASSIGNED HELICES) x 2
  • MITORIBOSOMAL 12S RRNA
  • MRNA
  • P-SITE AND A-SITE TRNA
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / MITOCHONDRIA / MAMMALIAN 55S MITORIBOSOME / MAMMALIAN 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME / 28S SMALL SUBUNIT / MRNA / TRNA / DECODING CENTER / CRYO-EM / SINGLE PARTICLE ANALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / small ribosomal subunit rRNA binding / regulation of translation ...Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / mitochondrial ribosome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / ribosomal small subunit binding / small ribosomal subunit rRNA binding / regulation of translation / small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / apoptotic process / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1480 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial ...Helix Hairpins - #1480 / S16 Ribosomal Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S16 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Ribosomal protein S6/Translation elongation factor EF1B / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Ribosomal protein S11/S14 / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Nucleic acid-binding proteins / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Thioredoxin-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS38 / Mitoribosomal protein us9m, mrps9 / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS10m / : / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS33 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / : / Mitochondrial ribosomal protein S24 / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / : / : / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Greber, B.J. / Bieri, P. / Leibundgut, M. / Leitner, A. / Aebersold, R. / Boehringer, D. / Ban, N.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Ribosome. The complete structure of the 55S mammalian mitochondrial ribosome.
著者: Basil J Greber / Philipp Bieri / Marc Leibundgut / Alexander Leitner / Ruedi Aebersold / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of ...Mammalian mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize mitochondrially encoded membrane proteins that are critical for mitochondrial function. Here we present the complete atomic structure of the porcine 55S mitoribosome at 3.8 angstrom resolution by cryo-electron microscopy and chemical cross-linking/mass spectrometry. The structure of the 28S subunit in the complex was resolved at 3.6 angstrom resolution by focused alignment, which allowed building of a detailed atomic structure including all of its 15 mitoribosomal-specific proteins. The structure reveals the intersubunit contacts in the 55S mitoribosome, the molecular architecture of the mitoribosomal messenger RNA (mRNA) binding channel and its interaction with transfer RNAs, and provides insight into the highly specialized mechanism of mRNA recruitment to the 28S subunit. Furthermore, the structure contributes to a mechanistic understanding of aminoglycoside ototoxicity.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references / Other
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_image_scans ...atom_site / em_image_scans / em_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1
改定 2.12018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / entity_src_nat
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.src_method / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific
改定 2.22019年12月18日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: atom_sites / struct_conn
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2913
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITORIBOSOMAL 12S RRNA
B: MITORIBOSOMAL PROTEIN US2M, MRPS2
C: MITORIBOSOMAL PROTEIN US3M, MRPS24
E: MITORIBOSOMAL PROTEIN US5M, MRPS5
F: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS6M, MRPS6
G: MITORIBOSOMAL PROTEIN US7M, MRPS7
I: MITORIBOSOMAL PROTEIN US9M, MRPS9
J: MITORIBOSOMAL PROTEIN US10M, MRPS10
K: MITORIBOSOMAL PROTEIN US11M, MRPS11
L: MITORIBOSOMAL PROTEIN US12M, MRPS12
N: MITORIBOSOMAL PROTEIN US14M, MRPS14
O: MITORIBOSOMAL PROTEIN US15M, MRPS15
P: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS16M, MRPS16
Q: MITORIBOSOMAL PROTEIN US17M, MRPS17
R: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS18M, MRPS18C
T: MITORIBOSOMAL PROTEIN BL19M, MRPL19
U: MITORIBOSOMAL PROTEIN BS21M, MRPS21
V: P-SITE AND A-SITE TRNA
X: MRNA
Y: P-SITE AND A-SITE TRNA
a: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS22, MRPS22
b: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS23, MRPS23
c: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS25, MRPS25
d: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS26, MRPS26
e: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS27, MRPS27
f: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS28, MRPS28
g: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS29, MRPS29
h: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS31, MRPS31
i: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS33, MRPS33
j: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS34, MRPS34
k: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS35, MRPS35
m: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS37, MRPS37
n: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS38, MRPS38
o: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS39, MRPS39
p: MITORIBOSOMAL PROTEIN MS40, MRPS18B
s: UNASSIGNED HELICES
z: UNASSIGNED HELICES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,148,327185
ポリマ－1,144,18837
非ポリマー4,139148
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

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RNA鎖 , 3種, 4分子 AVYX

#1: RNA鎖 MITORIBOSOMAL 12S RRNA


分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: GenBank: 223972359
#18: RNA鎖 P-SITE AND A-SITE TRNA


分子量: 17744.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: MIXTURE OF DIFFERENT MITOCHONDRIAL TRNA SPECIES, BUILT AS POLY-PYRIMIDINE AND POLY-PURINE
由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#19: RNA鎖 MRNA


分子量: 3545.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: MIXTURE OF DIFFERENT MITOCHONDRIAL MRNA SPECIES, BUILT AS POLY-PYRIMIDINE
由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER

+
MITORIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 BCEFGIJKLNOPQRTUabcdefghijkmnop

#2: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US2M, MRPS2


分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S001
#3: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US3M, MRPS24


分子量: 19007.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1ST79
#4: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US5M, MRPS5


分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SU66
#5: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS6M, MRPS6


分子量: 14283.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH BS18M / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3LEJ9*PLUS
#6: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US7M, MRPS7


分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RVX4
#7: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US9M, MRPS9


分子量: 45022.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL59*PLUS
#8: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US10M, MRPS10


分子量: 23192.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RUU2*PLUS
#9: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US11M, MRPS11


分子量: 20841.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SRT1
#10: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US12M, MRPS12


分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL52*PLUS
#11: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US14M, MRPS14


分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL53*PLUS
#12: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US15M, MRPS15


分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#13: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS16M, MRPS16


分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH MS25 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SU70
#14: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN US17M, MRPS17


分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RIU0
#15: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS18M, MRPS18C


分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH BS6M / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL54*PLUS
#16: タンパク質・ペプチド MITORIBOSOMAL PROTEIN BL19M, MRPL19


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#17: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN BS21M, MRPS21


分子量: 10682.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: I3L971
#20: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS22, MRPS22


分子量: 39599.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#21: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS23, MRPS23


分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#22: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS25, MRPS25


分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ZINC BINDING MOTIF WITH BS16M / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL55*PLUS
#23: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS26, MRPS26


分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S8A5
#24: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS27, MRPS27


分子量: 28613.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PPR FOLD / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#25: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS28, MRPS28


分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OB-FOLD / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL56*PLUS
#26: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS29, MRPS29


分子量: 44924.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: AAA ATPASE-LIKE FOLD / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RLM4*PLUS
#27: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS31, MRPS31


分子量: 44019.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1RME2
#28: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS33, MRPS33


分子量: 12544.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1S8G3
#29: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS34, MRPS34


分子量: 25681.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SH3-LIKE CORE FOLD / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#30: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS35, MRPS35


分子量: 37104.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEPTIDYL TRNA HYDROLASE FOLD / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SG95
#31: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS37, MRPS37


分子量: 13561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: F1SU49
#32: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS38, MRPS38


分子量: 22872.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: A0A0M3KL57*PLUS
#33: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS39, MRPS39


分子量: 62932.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PPR FOLD / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: K7GKS8
#34: タンパク質 MITORIBOSOMAL PROTEIN MS40, MRPS18B


分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER / 参照: UniProt: Q767K8

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 sz

#35: タンパク質・ペプチド UNASSIGNED HELICES


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER
#36: タンパク質・ペプチド UNASSIGNED HELICES


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa / 器官: LIVER

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非ポリマー , 4種, 266分子

#37: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#38: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#39: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細CHAIN F GB EW168165.2 CHAIN I GB NP_001231482.1 CHAIN J GB AK233895.1 CHAIN L GB AK394439.1 CHAIN N ...CHAIN F GB EW168165.2 CHAIN I GB NP_001231482.1 CHAIN J GB AK233895.1 CHAIN L GB AK394439.1 CHAIN N GB FD598185.1 CHAIN O GB AK343256.1 CHAIN R GB HX217955.1 CHAIN T UNP I3LNJ0 CHAIN a GB AK348087.1 CHAIN b GB XP_005669015.1 CHAIN c GB AK346624.1 CHAIN e GB XP_003134081.1 CHAIN f GB DN116920.1 CHAIN g GB XP_003361167.1 CHAIN j GB NP_001231761.1 CHAIN n GB AK231191.1 RESIDUES 251-266 OF uS9m (CHAIN I) BUILT AS UNK RESIDUES 309-356 OF mS22 (CHAIN a) BUILT AS UNK PPR FOLD OF mS27 (CHAIN e) BUILT AS UNK RESIDUES 52-69 OF mS29 (CHAIN g) BUILT AS UNK RESIDUES 152-158 OF mS34 (CHAIN j) BUILT AS UNK N-TERMINAL SEQUENCE OF mS38 (CHAIN n) IS MISSING PPR FOLD OF mS39 (CHAIN o) BUILT AS UNK ALL RESIDUES OF CHAINS s,z (UNASSIGNED HELICES AND FOLDS) BUILT AS UNK N-TERMINAL RESIDUES 54-67 OF bL19m (CHAIN T) BUILT AS UNK mRNA (CHAIN X) BUILT AS POLY-PYRIMIDINE A- AND P-SITE tRNAs (CHAINS Y,V) BUILT AS POLY-PYRIMIDINE AND POLY-PURINE

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SUS SCROFA 55S MITOCHONDRIAL RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME
詳細: QUANTIFOIL HOLEY CARBON GRIDS WERE COATED WITH A THIN CARBON FILM
緩衝液名称: 20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT / pH: 7.4 / 詳細: 20 MM HEPES-KOH, 50 MM KCL, 40 MM MGCL2, 1 MM DTT
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: MIXTURE OF LIQUID ETHANE AND PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年5月30日
詳細: IMAGES WERE ACQUIRED IN 2 SESSIONS ON A FEI TITAN KRIOS IN MAY 2014
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 85 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1CTFFIND3CTF補正
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3EMAN1.9３次元再構成
4RELION1.2３次元再構成
5RELION1.3３次元再構成
CTF補正詳細: PER DETECTOR FRAME
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MAXIMUM LIKELIHOOD BASED REFINEMENT IMPLEMENTED IN RELION
解像度: 3.6 Å / 粒子像の数: 78783 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.39 Å
詳細: FOR VISUALIZATION PURPOSES THE FINAL MAP WAS FILTERED AND AMPLITUDE CORRECTED IN RELION
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--HIGH RESOLUTION CRYO-EM
精密化最高解像度: 3.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数43112 22958 175 118 66363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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