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- PDB-5a9z: Complex of Thermous thermophilus ribosome bound to BipA-GDPCP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9z
タイトルComplex of Thermous thermophilus ribosome bound to BipA-GDPCP
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • BipA
  • Unknown peptide
キーワードRIBOSOME / BIPA / TRANSLATIONAL GTPASE FACTORS / X-RAY CRYSTALLOGRAPHY AND CRYO-ELECTRON MICROSCOPY
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / protein folding chaperone / response to cold / large ribosomal subunit / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding ...guanosine tetraphosphate binding / protein folding chaperone / response to cold / large ribosomal subunit / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / response to heat / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein TypA / BipA, domain V / GTP-binding protein TypA/BipA, C-terminal / : / : / : / : / TypA/BipA C-terminal domain / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx ...GTP-binding protein TypA / BipA, domain V / GTP-binding protein TypA/BipA, C-terminal / : / : / : / : / TypA/BipA C-terminal domain / Ribosomal protein L1, bacterial-type / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L10 / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / : / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / : / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / NEOMYCIN / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein Thx ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / NEOMYCIN / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein Thx / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit assembly factor BipA / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL10
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Kumar, V. / Chen, Y. / Ahmed, T. / Tan, J. / Ero, R. / Bhushan, S. / Gao, Y.-G.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Structure of BipA in GTP form bound to the ratcheted ribosome.
著者: Veerendra Kumar / Yun Chen / Rya Ero / Tofayel Ahmed / Jackie Tan / Zhe Li / Andrew See Weng Wong / Shashi Bhushan / Yong-Gui Gao /
要旨: BPI-inducible protein A (BipA) is a member of the family of ribosome-dependent translational GTPase (trGTPase) factors along with elongation factors G and 4 (EF-G and EF4). Despite being highly ...BPI-inducible protein A (BipA) is a member of the family of ribosome-dependent translational GTPase (trGTPase) factors along with elongation factors G and 4 (EF-G and EF4). Despite being highly conserved in bacteria and playing a critical role in coordinating cellular responses to environmental changes, its structures (isolated and ribosome bound) remain elusive. Here, we present the crystal structures of apo form and GTP analog, GDP, and guanosine-3',5'-bisdiphosphate (ppGpp)-bound BipA. In addition to having a distinctive domain arrangement, the C-terminal domain of BipA has a unique fold. Furthermore, we report the cryo-electron microscopy structure of BipA bound to the ribosome in its active GTP form and elucidate the unique structural attributes of BipA interactions with the ribosome and A-site tRNA in the light of its possible function in regulating translation.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Database references / Other
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging / Item: _em_imaging.nominal_defocus_max
改定 2.02018年10月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation ...atom_site / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _struct_asym.entity_id
改定 2.12019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "LA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6396
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 23S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AC: 50S ribosomal protein L1
AD: 50S ribosomal protein L2
AE: 50S ribosomal protein L3
AF: 50S ribosomal protein L4
AG: 50S ribosomal protein L5
AH: 50S ribosomal protein L6
AI: 50S ribosomal protein L10
AJ: 50S ribosomal protein L11
AK: 50S ribosomal protein L13
AL: 50S ribosomal protein L14
AM: 50S ribosomal protein L15
AN: 50S ribosomal protein L16
AO: 50S ribosomal protein L17
AP: 50S ribosomal protein L18
AQ: 50S ribosomal protein L19
AR: 50S ribosomal protein L20
AS: 50S ribosomal protein L21
AT: 50S ribosomal protein L22
AU: 50S ribosomal protein L23
AV: 50S ribosomal protein L24
AW: 50S ribosomal protein L25
AX: 50S ribosomal protein L27
AY: 50S ribosomal protein L29
AZ: 50S ribosomal protein L30
Aa: 50S ribosomal protein L31
Ab: 50S ribosomal protein L32
Ac: 50S ribosomal protein L33
Ad: 50S ribosomal protein L34
Ae: 50S ribosomal protein L35
Af: 50S ribosomal protein L36
Ag: Unknown peptide
BA: 16S ribosomal RNA
BF: 30S ribosomal protein S2
BG: 30S ribosomal protein S3
BH: 30S ribosomal protein S4
BI: 30S ribosomal protein S5
BJ: 30S ribosomal protein S6
BK: 30S ribosomal protein S7
BL: 30S ribosomal protein S8
BM: 30S ribosomal protein S9
BN: 30S ribosomal protein S10
BO: 30S ribosomal protein S11
BP: 30S ribosomal protein S12
BQ: 30S ribosomal protein S13
BR: 30S ribosomal protein S14 type Z
BS: 30S ribosomal protein S15
BT: 30S ribosomal protein S16
BU: 30S ribosomal protein S17
BV: 30S ribosomal protein S18
BW: 30S ribosomal protein S19
BX: 30S ribosomal protein S20
BY: 30S ribosomal protein Thx
CA: BipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,236,38858
ポリマ－2,234,63755
非ポリマー1,7503
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 AAABBA

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 939567.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 37223181
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 39846.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 55771382
#34: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 491777.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 155076

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 ACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAdAeAf

#3: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24736.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72GV9, UniProt: Q5SLP7*PLUS
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30101.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I07, UniProt: P60405*PLUS
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I04, UniProt: Q5SHN8*PLUS
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23011.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN9
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18864.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I19, UniProt: P0DOY8*PLUS
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 16427.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72GS1, UniProt: Q8VVE3*PLUS
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14169.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62442, UniProt: Q5SLP6*PLUS
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15796.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72IN1, UniProt: P60488*PLUS
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13309.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I14, UniProt: Q5SHP8*PLUS
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15743.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I23, UniProt: Q5SHQ7*PLUS
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15364.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60489
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13618.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I33, UniProt: Q9Z9H5*PLUS
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12437.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I20, UniProt: Q5SHQ4*PLUS
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13860.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72JU9, UniProt: P60490*PLUS
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13648.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72L76, UniProt: P60491*PLUS
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72HR2, UniProt: P60492*PLUS
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12483.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I09, UniProt: Q5SHP3*PLUS
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10499.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I06, UniProt: Q5SHP0*PLUS
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I15, UniProt: Q5SHP9*PLUS
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 20367.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72IA7, UniProt: Q5SHZ1*PLUS
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P60493
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8112.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9LCY4, UniProt: Q5SHP6*PLUS
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6667.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I22, UniProt: Q5SHQ6*PLUS
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72JR0, UniProt: Q5SJE1*PLUS
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6390.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80339
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 6115.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72GW3, UniProt: P35871*PLUS
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80340
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7377.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72L77, UniProt: Q5SKU1*PLUS
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q72I28, UniProt: Q5SHR2*PLUS

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AgCA

#33: タンパク質 Unknown peptide


分子量: 10911.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
#55: タンパク質 BipA


分子量: 65979.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DTT0*PLUS

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BFBGBHBIBJBKBLBMBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBY

#35: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26987.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62662, UniProt: P80371*PLUS
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62663, UniProt: P80372*PLUS
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62664, UniProt: P80373*PLUS
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16331.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62665, UniProt: Q5SHQ5*PLUS
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62666, UniProt: Q5SLP8*PLUS
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62667, UniProt: P17291*PLUS
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62668, UniProt: P0DOY9*PLUS
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14279.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11299.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62653, UniProt: Q5SHN7*PLUS
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12606.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62654, UniProt: P80376*PLUS
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13804.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P61941, UniProt: Q5SHN3*PLUS
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13037.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62655, UniProt: P80377*PLUS
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62656, UniProt: P0DOY6*PLUS
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62657, UniProt: Q5SJ76*PLUS
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9924.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62238, UniProt: Q5SJH3*PLUS
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12193.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62658, UniProt: P0DOY7*PLUS
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 8483.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80382, UniProt: Q5SLQ0*PLUS
#52: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9203.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P62660, UniProt: Q5SHP2*PLUS
#53: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380
#54: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx


分子量: 2960.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: F6DII0, UniProt: Q5SIH3*PLUS

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非ポリマー , 2種, 3分子

#56: 化合物 ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / コメント: 抗生剤*YM
#57: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RIBOSOME / タイプ: RIBOSOME / 詳細: RIBOSOME AND BIPA
緩衝液名称: 5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
pH: 7.5
詳細: 5 MM HEPES PH 7.5, 10 MM MGAC, 50 MM KCL, 10 MM NH4CL, AND 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
試料濃度: 0.17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2015年2月5日
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 53000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ温度: 100 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 658

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: CTFFIND3
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 粒子像の数: 61165 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29342 64859 42 0 94243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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