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- PDB-5a31: Structure of the human APC-Cdh1-Hsl1-UbcH10 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a31
タイトルStructure of the human APC-Cdh1-Hsl1-UbcH10 complex.
要素
  • (ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ...) x 14
  • (THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN ...) x 4
  • CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
  • FUSION PROTEIN - UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 C, UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 S
キーワードCELL CYCLE / UBIQUITINATION / APC/C
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of exit from mitosis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint ...negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of exit from mitosis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / cell cycle / exit from mitosis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin-like protein ligase binding / regulation of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cyclin binding / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / ubiquitin ligase complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / mitotic spindle / kinetochore / spindle / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / mitotic cell cycle / nervous system development / protein phosphatase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / cell division / negative regulation of gene expression / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : ...Anaphase-promoting complex subunit 15 / The WD repeat Cdc20/Fizzy family / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Anaphase-promoting complex subunit 4, metazoa / : / Anaphase-promoting complex subunit 5, N-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 1, middle domain / : / : / Anaphase-promoting complex subunit 1 WD40 beta-propeller domain / Anaphase-promoting complex sub unit 1 C-terminal domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 middle domain / APC1 beta sandwich domain / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex, subunit 16 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / : / Tetratricopeptide repeat / : / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / Cell division cycle protein 27 homolog / APC/C activator protein CDH1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 ...Ubiquitin-conjugating enzyme E2 C / Cell division cycle protein 27 homolog / APC/C activator protein CDH1 / Anaphase-promoting complex subunit 15 / Cell division cycle protein 16 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 16 / Anaphase-promoting complex subunit 13 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Cell division cycle protein 23 homolog / Anaphase-promoting complex subunit 7 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase-promoting complex subunit 10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / Mclaughlin, S.H. / Barford, D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of the APC/C and its mechanism of protein ubiquitination.
著者: Leifu Chang / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the mitotic checkpoint complex and interphase early mitotic inhibitor 1 (Emi1) ensures the correct order and timing of distinct cell-cycle transitions. Here we use cryo-electron microscopy to determine atomic structures of APC/C-coactivator complexes with either Emi1 or a UbcH10-ubiquitin conjugate. These structures define the architecture of all APC/C subunits, the position of the catalytic module and explain how Emi1 mediates inhibition of the two E2s UbcH10 and Ube2S. Definition of Cdh1 interactions with the APC/C indicates how they are antagonized by Cdh1 phosphorylation. The structure of the APC/C with UbcH10-ubiquitin reveals insights into the initiating ubiquitination reaction. Our results provide a quantitative framework for the design of future experiments to investigate APC/C functions in vivo.
履歴
登録2015年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年11月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_site
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2925
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 1
B: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 11
C: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
D: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 15
E: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 16
F: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3
G: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26
H: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3
I: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 4
J: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6
K: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6
L: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 10
M: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 13
N: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 2
O: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 5
P: CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG
Q: FUSION PROTEIN - UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 C, UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 S
R: THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN R
T: THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN T
U: THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN U
V: THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN V
W: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26
X: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7
Y: ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,166,48727
ポリマ－1,166,29124
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ... , 14種, 17分子 ABDEFHGWIJKLMNOXY

#1: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 1 / APC1 / CYCLOSOME SUBUNIT 1 / MITOTIC CHECKPOINT REGULATOR / TESTIS-SPECIFIC GENE 24 PROTEIN


分子量: 159616.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4*PLUS
#2: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 11 / APC11 / CYCLOSOME SUBUNIT 11 / HEPATOCELLULAR CARCINOMA-ASSOC IATED RING FINGER PROTEIN


分子量: 9866.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5
#4: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 15 / APC15


分子量: 14302.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006
#5: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 16 / APC16 / CYCLOSOME SUBUNIT 16


分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5
#6: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 3 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 27 HOMOLOG / APC3 / CDC27 HOMOLOG / CDC27HS / H-NUC


分子量: 92005.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260
#7: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT CDC26 / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 12 / APC12 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 26 HOMOLOG


分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8
#8: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 4 / APC4 / CYCLOSOME SUBUNIT 4


分子量: 92205.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5
#9: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6


分子量: 71631.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042
#10: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 6 / CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 16 HOMOLOG / APC6 / CDC16 HOMOLOG / CDC16HS / CYCLOSOME SUBUNIT 6


分子量: 71806.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042
#11: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 10 / APC10 / CYCLOSOME SUBUNIT 10


分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13
#12: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 13 / APC13 / CYCLOSOME SUBUNIT 13


分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2NKV2, UniProt: Q9BS18*PLUS
#13: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 2 / APC2 / CYCLOSOME SUBUNIT 2


分子量: 79116.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6*PLUS
#14: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 5 / APC5 / CYCLOSOME SUBUNIT 5


分子量: 85087.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4
#20: タンパク質 ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 7 / APC7 / CYCLOSOME SUBUNIT 7 / THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX


分子量: 66832.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3

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タンパク質 , 2種, 3分子 CPQ

#3: タンパク質 CELL DIVISION CYCLE PROTEIN 23 HOMOLOG / ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT 8 / APC8 / CYCLOSOME SUBUNIT 8 / THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX


分子量: 68905.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2
#15: タンパク質 FUSION PROTEIN - UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 C, UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2 S / (E3-INDEPENDENT) E2 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME C / E2 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME C / UBCH10 / ...(E3-INDEPENDENT) E2 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME C / E2 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME C / UBCH10 / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN C / UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE C / UBIQUITIN CARRIER PROTEIN S / E2 UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME S / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-24 KDA / E2-EPF / UBIQUITIN-CONJUGATING ENZYME E2-EPF5 / UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE S


分子量: 17793.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O00762*PLUS, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme, E2 ubiquitin-conjugating enzyme

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THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN ... , 4種, 4分子 RTUV

#16: タンパク質 THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN R


分子量: 42944.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53197*PLUS
#17: タンパク質・ペプチド THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN T


分子量: 1876.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
#18: タンパク質・ペプチド THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN U


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
#19: タンパク質・ペプチド THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN V


分子量: 1421.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)

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非ポリマー , 1種, 3分子

#21: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

配列の詳細THE CHAINS A AND N CORRESPOND TO UNIPROT Q9H1A4 AND Q9UJX6 RESPECTIVELY. CHAIN Q RESIDUES 1-179 AND ...THE CHAINS A AND N CORRESPOND TO UNIPROT Q9H1A4 AND Q9UJX6 RESPECTIVELY. CHAIN Q RESIDUES 1-179 AND RESIDUES 183-329 CAN BE MAPPED TO UNIPROT O00762 AND Q16763 RESPECTIVELY. THE RESIDUES 180-182 IN CHAIN Q SERVE AS A LINKER BETWEEN THE SAMPLE SEQUENCE FOR UNP O00762 AND UNP Q16763. THERE ARE STRETCHES OF UNK RESIDUES BUILT INTO THESE CHAINS BECUASE THE REGISTER OF THESE AMINO ACIDS TO THE SEQUENCE REMAINS UNKNOWN. THE SAME IS TRUE CHAINS T AND U

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX / タイプ: COMPLEX
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年7月12日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 78000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
撮影電子線照射量: 16 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 粒子像の数: 19939 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.36 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.36 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数67667 0 3 0 67670

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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