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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a31 | ||||||
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タイトル | Structure of the human APC-Cdh1-Hsl1-UbcH10 complex. | ||||||
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![]() | CELL CYCLE / UBIQUITINATION / APC/C | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of exit from mitosis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint ...negative regulation of mitotic spindle pole body separation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / positive regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of exit from mitosis / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / free ubiquitin chain polymerization / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of synaptic plasticity / regulation of exit from mitosis / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin ligase activator activity / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K11-linked ubiquitination / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of dendrite morphogenesis / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / cell cycle / exit from mitosis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / mitotic metaphase chromosome alignment / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin-like protein ligase binding / regulation of mitotic cell cycle / cullin family protein binding / ubiquitin conjugating enzyme activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cyclin binding / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / heterochromatin / ubiquitin ligase complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / nuclear periphery / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / brain development / mitotic spindle / kinetochore / spindle / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Separation of Sister Chromatids / ubiquitin-protein transferase activity / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / mitotic cell cycle / nervous system development / protein phosphatase binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cell differentiation / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / cell division / negative regulation of gene expression / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
![]() | Chang, L. / Zhang, Z. / Yang, J. / Mclaughlin, S.H. / Barford, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Atomic structure of the APC/C and its mechanism of protein ubiquitination. 著者: Leifu Chang / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / David Barford / ![]() 要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is a multimeric RING E3 ubiquitin ligase that controls chromosome segregation and mitotic exit. Its regulation by coactivator subunits, phosphorylation, the mitotic checkpoint complex and interphase early mitotic inhibitor 1 (Emi1) ensures the correct order and timing of distinct cell-cycle transitions. Here we use cryo-electron microscopy to determine atomic structures of APC/C-coactivator complexes with either Emi1 or a UbcH10-ubiquitin conjugate. These structures define the architecture of all APC/C subunits, the position of the catalytic module and explain how Emi1 mediates inhibition of the two E2s UbcH10 and Ube2S. Definition of Cdh1 interactions with the APC/C indicates how they are antagonized by Cdh1 phosphorylation. The structure of the APC/C with UbcH10-ubiquitin reveals insights into the initiating ubiquitination reaction. Our results provide a quantitative framework for the design of future experiments to investigate APC/C functions in vivo. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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要素
-ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX SUBUNIT ... , 14種, 17分子 ABDEFHGWIJKLMNOXY
#1: タンパク質 | 分子量: 159616.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 9866.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 14302.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 92005.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 92205.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #9: タンパク質 | | 分子量: 71631.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 71806.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 79116.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #14: タンパク質 | | 分子量: 85087.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 66832.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 3分子 CPQ
#3: タンパク質 | 分子量: 68905.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #15: タンパク質 | | 分子量: 17793.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: O00762*PLUS, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme, E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
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-THE ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX CHAIN ... , 4種, 4分子 RTUV
#16: タンパク質 | 分子量: 42944.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1876.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#19: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1421.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#21: 化合物 |
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-詳細
配列の詳細 | THE CHAINS A AND N CORRESPOND TO UNIPROT Q9H1A4 AND Q9UJX6 RESPECTIVELY. CHAIN Q RESIDUES 1-179 AND ...THE CHAINS A AND N CORRESPOND |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: HUMAN ANAPHASE-PROMOTING COMPLEX / タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年7月12日 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 78000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 16 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 粒子像の数: 19939 / ピクセルサイズ(公称値): 1.36 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.36 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.3 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 4.3 Å
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