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- PDB-5zkp: Crystal structure of the human platelet-activating factor recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zkp
タイトルCrystal structure of the human platelet-activating factor receptor in complex with SR 27417
要素Platelet-activating factor receptor,Flavodoxin,Platelet-activating factor receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / Platelet-activating factor receptor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to gravity / positive regulation of maternal process involved in parturition / cellular response to 2-O-acetyl-1-O-hexadecyl-sn-glycero-3-phosphocholine / positive regulation of gastro-intestinal system smooth muscle contraction / positive regulation of transcytosis / platelet activating factor receptor activity / inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of cellular extravasation / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / response to symbiotic bacterium ...cellular response to gravity / positive regulation of maternal process involved in parturition / cellular response to 2-O-acetyl-1-O-hexadecyl-sn-glycero-3-phosphocholine / positive regulation of gastro-intestinal system smooth muscle contraction / positive regulation of transcytosis / platelet activating factor receptor activity / inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of cellular extravasation / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / response to symbiotic bacterium / positive regulation of neutrophil degranulation / lipopolysaccharide immune receptor activity / parturition / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / transcytosis / mitogen-activated protein kinase binding / cellular response to fatty acid / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / response to dexamethasone / Interleukin-10 signaling / tertiary granule membrane / cellular response to cAMP / negative regulation of blood pressure / secretory granule membrane / positive regulation of translation / G protein-coupled receptor activity / lipopolysaccharide binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / phospholipid binding / positive regulation of interleukin-6 production / chemotaxis / Interferon gamma signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / FMN binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / electron transfer activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor receptor / Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily ...Platelet-activating factor receptor / Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9ER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin / Platelet-activating factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Cao, C. / Zhao, Q. / Zhang, X.C. / Wu, B.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)81525024 中国
Ministry of Education (China)B08029 中国
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for signal recognition and transduction by platelet-activating-factor receptor.
著者: Cao, C. / Tan, Q. / Xu, C. / He, L. / Yang, L. / Zhou, Y. / Zhou, Y. / Qiao, A. / Lu, M. / Yi, C. / Han, G.W. / Wang, X. / Li, X. / Yang, H. / Rao, Z. / Jiang, H. / Zhao, Y. / Liu, J. / ...著者: Cao, C. / Tan, Q. / Xu, C. / He, L. / Yang, L. / Zhou, Y. / Zhou, Y. / Qiao, A. / Lu, M. / Yi, C. / Han, G.W. / Wang, X. / Li, X. / Yang, H. / Rao, Z. / Jiang, H. / Zhao, Y. / Liu, J. / Stevens, R.C. / Zhao, Q. / Zhang, X.C. / Wu, B.
履歴
登録2018年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-activating factor receptor,Flavodoxin,Platelet-activating factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3523
ポリマ－52,4301
非ポリマー9212
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)67.050, 67.050, 280.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Platelet-activating factor receptor,Flavodoxin,Platelet-activating factor receptor / PAFr / PAFr


分子量: 52430.477 Da / 分子数: 1 / 変異: F116Y, N169D,P2A, Y98W,A230D, V234A, D289N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of Platelet-activating factor receptor (UNP residues 2-216), Flavodoxin (UNP residues 2-148), Platelet-activating factor receptor (UNP residues 224-316), and tags
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Desulfovibrio vulgaris (バクテリア)
遺伝子: PTAFR, PAFR, DVU_2680 / 株: Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25105, UniProt: P00323
#2: 化合物 ChemComp-9ER / N1,N1-dimethyl-N2-[(pyridin-3-yl)methyl]-N2-{4-[2,4,6-tri(propan-2-yl)phenyl]-1,3-thiazol-2-yl}ethane-1,2-diamine / SR-27417


分子量: 464.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H40N4S
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: HEPES, PEG 400, NaSCN, Na citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18902 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 78.45 Å2 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rpim(I) all: 0.622

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XNV, 1F4P

4xnv

1f4p


解像度: 2.81→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU R Cruickshank DPI: 0.617 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.628 / SU Rfree Blow DPI: 0.326 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 887 5.07 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 17489 93.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 105.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1151 Å20 Å20 Å2
2--2.1151 Å20 Å2
3----4.2302 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.81→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 64 0 3450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013546HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084844HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1143SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes524HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3546HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.41
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion469SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4129SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.98 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 -4.72 %
Rwork0.2271 1756 -
all0.2303 1843 -
obs--62.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.1429 Å / Origin y: -10.5284 Å / Origin z: -16.3195 Å
111213212223313233
T0.0161 Å2-0.3182 Å2-0.022 Å2-0.0325 Å2-0.0042 Å2---0.304 Å2
L0.4856 °2-0.1872 °2-0.6358 °2-2.3774 °22.0032 °2--6.0666 °2
S0.3252 Å °0.0616 Å °-0.0851 Å °0.1469 Å °-0.4022 Å °-0.1049 Å °0.0147 Å °0.4768 Å °0.077 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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