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- PDB-5yyd: DNA polymerase IV - ternary complex 15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yyd
タイトルDNA polymerase IV - ternary complex 15
要素
  • DNA polymerase IV
  • DTN2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA POLYMERASE / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA polymerase-iota, thumb domain / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain ...: / DNA polymerase-iota, thumb domain / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TTW / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kottur, J. / Nair, D.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Pyrophosphate hydrolysis is an intrinsic and critical step of the DNA synthesis reaction
著者: Kottur, J. / Nair, D.T.
履歴
登録2017年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: DNA polymerase IV
A: DNA polymerase IV
G: DTN2
H: DTN2
B: DTN2
C: DTN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,15810
ポリマ－101,1506
非ポリマー1,0084
水7,116395
1
F: DNA polymerase IV
G: DTN2
H: DTN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0795
ポリマ－50,5753
非ポリマー5042
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
2
A: DNA polymerase IV
B: DTN2
C: DTN2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0795
ポリマ－50,5753
非ポリマー5042
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.650, 57.050, 110.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV / Translesion synthesis polymerase IV / TSL polymerase IV


分子量: 39589.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dinB, dinP, b0231, JW0221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47155, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖
DTN2


分子量: 5492.554 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-TTW / 5'-O-[hydroxy{[hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]thymidine / 5′-O-[[(ホスホノアミノ)ホスホニルオキシ]ホスホニル]チミジン


分子量: 481.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N3O13P3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 15% MPD , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97264 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97264 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→86.33 Å / Num. obs: 67838 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 9744 / CC1/2: 0.725 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IR1

4ir1


解像度: 2.05→70.924 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 27.84
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 6488 5.13 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1975 67314 95.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→70.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5374 1287 60 395 7116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0749702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7644046
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061027
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.07330.39072320.32254009X-RAY DIFFRACTION96
2.0733-2.09770.3881930.3283958X-RAY DIFFRACTION95
2.0977-2.12330.34952210.31923968X-RAY DIFFRACTION95
2.1233-2.15020.32992290.29333871X-RAY DIFFRACTION94
2.1502-2.17840.33582380.2813944X-RAY DIFFRACTION93
2.1784-2.20830.27712260.27173831X-RAY DIFFRACTION92
2.2083-2.23980.32892070.27283915X-RAY DIFFRACTION95
2.2398-2.27330.3141990.27224042X-RAY DIFFRACTION96
2.2733-2.30880.30792070.26383975X-RAY DIFFRACTION96
2.3088-2.34670.30942040.26734113X-RAY DIFFRACTION96
2.3467-2.38710.3132290.25613987X-RAY DIFFRACTION96
2.3871-2.43050.2962410.24743962X-RAY DIFFRACTION97
2.4305-2.47730.25042150.24234093X-RAY DIFFRACTION96
2.4773-2.52790.28312090.24363952X-RAY DIFFRACTION96
2.5279-2.58280.32292210.24363934X-RAY DIFFRACTION95
2.5828-2.64290.33641970.25513910X-RAY DIFFRACTION94
2.6429-2.7090.2872240.23543898X-RAY DIFFRACTION93
2.709-2.78220.25312380.21943986X-RAY DIFFRACTION97
2.7822-2.86410.24572160.2314076X-RAY DIFFRACTION97
2.8641-2.95660.29712000.2184088X-RAY DIFFRACTION98
2.9566-3.06220.26452000.21484064X-RAY DIFFRACTION97
3.0622-3.18480.25412310.20964108X-RAY DIFFRACTION97
3.1848-3.32980.23771840.19274092X-RAY DIFFRACTION97
3.3298-3.50530.18541950.18143871X-RAY DIFFRACTION93
3.5053-3.72490.23082200.18194094X-RAY DIFFRACTION98
3.7249-4.01250.23972570.1724093X-RAY DIFFRACTION99
4.0125-4.41630.21711640.15014154X-RAY DIFFRACTION98
4.4163-5.05520.20132280.14863962X-RAY DIFFRACTION95
5.0552-6.36830.19442180.16294065X-RAY DIFFRACTION97
6.3683-70.96670.16042450.14913996X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66640.06521.08622.859-0.50844.0514-0.08670.3591-0.1521-0.3205-0.0414-0.7560.21340.20150.13440.2478-0.01780.07280.2983-0.04730.56165.1187-14.8662-70.2172
21.6941-0.63950.30473.57720.44031.6121-0.14080.16250.6194-0.3766-0.20540.2372-0.4248-0.26580.30490.38860.0474-0.17420.3631-0.03760.5924-12.36292.3854-69.2799
33.0001-1.6768-0.44552.1419-0.08762.2331-0.2874-0.30930.02730.61380.0643-0.3065-0.1602-0.0410.230.3670.0385-0.17910.3176-0.04440.61811.6151-15.5876-44.4198
43.85910.29710.95563.0368-0.29132.019-0.3289-0.6890.5244-0.37930.26650.30740.4135-0.87760.06090.1919-0.12090.04480.8087-0.24530.4571-30.5014-19.9733-64.0611
52.2082-0.0877-0.13741.99050.09021.84190.0508-0.2436-0.23110.45620.0884-0.39320.40640.5358-0.09320.66740.1533-0.17340.5772-0.03810.4162-28.0974-9.22553.4613
62.45250.4377-1.05714.26960.5752.27880.2173-0.03760.229-0.01790.0874-0.4775-0.64720.5476-0.29860.555-0.03150.04430.4595-0.06060.3492-25.80097.6268-14.469
72.42280.48210.25733.2104-0.89982.65230.03360.00860.1205-0.130.05840.27690.1431-0.5378-0.05390.62590.01860.00380.55350.04420.3415-52.8332-10.1328-4.5624
82.3151-0.4107-0.07683.3610.04744.5938-0.12950.0745-0.23970.1979-0.0024-0.28020.70010.61950.13320.50750.22470.03520.56090.010.3319-27.651-15.8981-32.4429
93.4421.18740.2832.5332-1.25521.6887-0.1062-0.5495-0.50170.173-0.0961-0.00750.1391-0.42240.20710.3147-0.00730.10040.5013-0.06870.4526-18.4003-24.6362-53.0259
102.13142.42830.99442.87061.72430.2840.1515-0.0016-0.22870.0797-0.1849-0.12730.3531-0.39590.01890.6926-0.0295-0.07140.5188-0.04810.381-42.2855-21.1503-23.7156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'F' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'F' and (resid 11 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 165 through 229 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resid 241 through 341 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 0 through 10 or resid 76 through 164 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 11 through 75 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 165 through 229 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 241 through 341 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 861 through 873 ) or chain 'G' and (resid 838 through 854) or chain 'F' and (resid 900 through 901)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 838 through 854 ) or chain 'C' and (resid 858 through 873) or chain 'A' and (resid 900 through 901)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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