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万見
- PDB-5y41: Crystal Structure of LIGAND-BOUND NURR1-LBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5y41
タイトルCrystal Structure of LIGAND-BOUND NURR1-LBD
要素Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
キーワードTRANSCRIPTION / Nurr1 / LBD / Prostaglandin / MICHAEL ADDITION
機能・相同性
機能・相同性情報


general adaptation syndrome / habenula development / central nervous system neuron differentiation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of respiratory gaseous exchange ...general adaptation syndrome / habenula development / central nervous system neuron differentiation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / central nervous system projection neuron axonogenesis / regulation of dopamine metabolic process / : / midbrain dopaminergic neuron differentiation / nuclear glucocorticoid receptor binding / regulation of respiratory gaseous exchange / dopaminergic neuron differentiation / neuron maturation / dopamine biosynthetic process / fat cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to amphetamine / adult locomotory behavior / post-embryonic development / neuron migration / SUMOylation of intracellular receptors / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Orphan nuclear receptor, NURR type / Orphan nuclear receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Chem-RPG / Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Sreekanth, R. / Lescar, J. / Yoon, H.S.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: PGE1 and PGA1 bind to Nurr1 and activate its transcriptional function.
著者: Rajan, S. / Jang, Y. / Kim, C.H. / Kim, W. / Toh, H.T. / Jeon, J. / Song, B. / Serra, A. / Lescar, J. / Yoo, J.Y. / Beldar, S. / Ye, H. / Kang, C. / Liu, X.W. / Feitosa, M. / Kim, Y. / Hwang, ...著者: Rajan, S. / Jang, Y. / Kim, C.H. / Kim, W. / Toh, H.T. / Jeon, J. / Song, B. / Serra, A. / Lescar, J. / Yoo, J.Y. / Beldar, S. / Ye, H. / Kang, C. / Liu, X.W. / Feitosa, M. / Kim, Y. / Hwang, D. / Goh, G. / Lim, K.L. / Park, H.M. / Lee, C.H. / Oh, S.F. / Petsko, G.A. / Yoon, H.S. / Kim, K.S.
履歴
登録2017年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1779
ポリマ－61,1532
非ポリマー1,0247
水5,729318
1
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2296
ポリマ－30,5761
非ポリマー6535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9483
ポリマ－30,5761
非ポリマー3722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area21450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.520, 131.460, 47.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-844-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 362 - 598 / Label seq-ID: 35 - 271

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 / Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible ...Immediate-early response protein NOT / Orphan nuclear receptor NURR1 / Transcriptionally-inducible nuclear receptor


分子量: 30576.256 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 328-598 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A2, NOT, NURR1, TINUR / プラスミド: PET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43354

-
非ポリマー , 6種, 325分子

#2: 化合物 ChemComp-RPG / (13E,15S)-15-hydroxy-9-oxoprosta-10,13-dien-1-oic acid / PROSTAGLANDIN A1 (PGA1) / プロスタグランジンA1


分子量: 336.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 3350, MES pH 5.5 and MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→75 Å / Num. obs: 35308 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5050 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OVL

1ovl


解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.609 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25288 1071 3 %RANDOM
Rwork0.20571 ---
obs0.20719 34059 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.897 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å2-0 Å2
2---1.19 Å2-0 Å2
3---1.39 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3696 0 68 318 4082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7861.9915186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2915460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51924.318176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.74315660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2051524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0712.1971852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7383.2842308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9132.4891987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.45932.1155936
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14694 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 83 -
Rwork0.501 2393 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6333-0.0172-0.1353.0283-1.47251.8998-0.006-0.07610.10240.0621-0.0336-0.0528-0.0820.0520.03960.00920.0085-0.02550.0234-0.04590.10311.9655-25.1537-19.7749
22.2033-1.3661-0.73733.71011.19762.5891-0.0195-0.04-0.04680.0790.0324-0.08260.1066-0.1694-0.0130.0121-0.0208-0.02810.05410.06820.127622.8522-55.7218-13.7993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A362 - 598
2X-RAY DIFFRACTION2B360 - 598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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