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万見
- PDB-5wj9: Human TRPML1 channel structure in agonist-bound open conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wj9
タイトルHuman TRPML1 channel structure in agonist-bound open conformation
要素Mucolipin-1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / human TRPML1
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / transferrin transport / iron ion transmembrane transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH ...calcium ion export / positive regulation of lysosome organization / intracellularly phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate-gated monatomic cation channel activity / phagosome maturation / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / transferrin transport / iron ion transmembrane transport / Transferrin endocytosis and recycling / cellular response to pH / monoatomic anion channel activity / ligand-gated calcium channel activity / TRP channels / sodium channel activity / monoatomic cation transport / phagocytic cup / potassium channel activity / autophagosome maturation / monoatomic cation channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol / cellular response to calcium ion / cell projection / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / phagocytic vesicle membrane / late endosome / late endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / lysosome / receptor complex / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / Golgi apparatus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin / : / Mucolipin, extracytosolic domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AQV / Mucolipin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Schmiege, P. / Li, X.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Human TRPML1 channel structures in open and closed conformations.
著者: Philip Schmiege / Michael Fine / Günter Blobel / Xiaochun Li /
要旨: Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a Ca-releasing cation channel that mediates the calcium signalling and homeostasis of lysosomes. Mutations in TRPML1 lead to mucolipidosis type ...Transient receptor potential mucolipin 1 (TRPML1) is a Ca-releasing cation channel that mediates the calcium signalling and homeostasis of lysosomes. Mutations in TRPML1 lead to mucolipidosis type IV, a severe lysosomal storage disorder. Here we report two electron cryo-microscopy structures of full-length human TRPML1: a 3.72-Å apo structure at pH 7.0 in the closed state, and a 3.49-Å agonist-bound structure at pH 6.0 in an open state. Several aromatic and hydrophobic residues in pore helix 1, helices S5 and S6, and helix S6 of a neighbouring subunit, form a hydrophobic cavity to house the agonist, suggesting a distinct agonist-binding site from that found in TRPV1, a TRP channel from a different subfamily. The opening of TRPML1 is associated with distinct dilations of its lower gate together with a slight structural movement of pore helix 1. Our work reveals the regulatory mechanism of TRPML channels, facilitates better understanding of TRP channel activation, and provides insights into the molecular basis of mucolipidosis type IV pathogenesis.
履歴
登録2017年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Data processing / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_3d_reconstruction / struct
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_3d_reconstruction.resolution / _struct.title
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.title
改定 1.32017年11月8日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_assembly
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details
改定 1.42018年10月3日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: cell / refine
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.52019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 1.62024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8841
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucolipin-1
B: Mucolipin-1
C: Mucolipin-1
D: Mucolipin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,7908
ポリマ－260,3404
非ポリマー1,4504
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28200 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area91200 Å2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 38 - 526 / Label seq-ID: 38 - 526

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Mucolipin-1 / MG-2 / Mucolipidin


分子量: 65084.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN1, ML4, MSTP080 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZU1
#2: 化合物
ChemComp-AQV / 2-{2-oxo-2-[(4S)-2,2,4-trimethyl-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethyl}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione


分子量: 362.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N2O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRPML1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0158 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFIND4CTF補正
13FREALIGN３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56105 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.49→77.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / SU B: 39.679 / SU ML: 0.544 / ESU R: 4.205
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.30687 --
obs0.30687 63111 99.99 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 253.524 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20.04 Å20.03 Å2
2--1.28 Å2-0 Å2
3----2.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 15526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01915940
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0214945
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.1371.96321676
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.929334411
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.58151908
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg34.07322.575699
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.769152637
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg8.90415108
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0690.22453
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.0217462
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.023598
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it9.11725.8847648
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other9.11725.8847648
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it15.16838.7969548
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other15.16738.7979549
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it8.76526.1788292
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other8.76426.1778293
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other15.06339.08112129
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined24.40919929
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other24.40819930
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A302080.05
12B302080.05
21A302620.06
22C302620.06
31A303000.05
32D303000.05
41B303800.04
42C303800.04
51B304720.04
52D304720.04
61C305480.04
62D305480.04
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.93 4656 -
Rfree-0 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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