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- PDB-5wip: TraE protein in complex with 2-(2-furyl)isonicotinic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wip
タイトルTraE protein in complex with 2-(2-furyl)isonicotinic acid
要素Conjugal transfer protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IV Secretion System / Fragment-Based Drug Design / Complex / Inhibitor / Antimicrobial Resistance / Bacterial secretion / VirB
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type IV secretion system / membrane
類似検索 - 分子機能
VirB8 protein / Type IV secretion system protein VirB8/PtlE / Bacterial virulence protein VirB8 / VirB8 protein / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(furan-2-yl)pyridine-4-carboxylic acid / Conjugal transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Casu, B. / Arya, T. / Bessette, B. / Baron, C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR MOP-84239 カナダ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Fragment-based screening identifies novel targets for inhibitors of conjugative transfer of antimicrobial resistance by plasmid pKM101.
著者: Casu, B. / Arya, T. / Bessette, B. / Baron, C.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conjugal transfer protein
B: Conjugal transfer protein
C: Conjugal transfer protein
D: Conjugal transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4625
ポリマ－75,2724
非ポリマー1891
水2,630146
1
A: Conjugal transfer protein
D: Conjugal transfer protein
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Bacterial two-hybrid assay corroborates the dimer form, cross-linking, Crosslinking experiments with DSS show formation of homomultimeric forms, gel filtration, ...根拠: assay for oligomerization, Bacterial two-hybrid assay corroborates the dimer form, cross-linking, Crosslinking experiments with DSS show formation of homomultimeric forms, gel filtration, Analytic gel filtration corroborates the dimeric form
  • 37.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8253
ポリマ－37,6362
非ポリマー1891
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Conjugal transfer protein
C: Conjugal transfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6362
ポリマ－37,6362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.390, 124.089, 109.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Conjugal transfer protein / Conjugal transfer protein TraE / TraE / TraE protein / Inner membrane protein forms channel for ...Conjugal transfer protein TraE / TraE / TraE protein / Inner membrane protein forms channel for type IV secretion of T-DNA complex / VirB8 / Type IV secretion of T-DNA VirB8 / Type IV secretion system protein VirB8


分子量: 18818.104 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 70-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: traE, B634_00049, BE957_00530, ECONIH1_27615, pec386IL_00125, pEcNDM0_00049, pHKU1_33, pKC394-028, pKC396-021, pMUR050_041, pN3_023
プラスミド: PHT / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)STAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q17U16
#2: 化合物 ChemComp-XXO / 2-(furan-2-yl)pyridine-4-carboxylic acid / 2-(2-フリル)ピリジン-4-カルボン酸


分子量: 189.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 16% (w/v) PEG 10,000, 50 mM Bis-Tris (pH 5.5), 100 mM ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.619→41.651 Å / Num. obs: 23012 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.172 / Net I/σ(I): 5.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I97

5i97


解像度: 2.62→41.65 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 1546 6.72 %
Rwork0.217 --
obs0.221 23012 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→41.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4484 0 14 146 4644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0014610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3896260
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.9852740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.619-2.70350.33111360.24971854X-RAY DIFFRACTION94
2.7035-2.80010.3421280.26021860X-RAY DIFFRACTION95
2.8001-2.91220.34051350.25891881X-RAY DIFFRACTION96
2.9122-3.04470.33431380.25291925X-RAY DIFFRACTION98
3.0447-3.20520.30021420.261949X-RAY DIFFRACTION98
3.2052-3.40590.34961410.23861935X-RAY DIFFRACTION99
3.4059-3.66870.27611430.21681990X-RAY DIFFRACTION99
3.6687-4.03770.30541430.21281972X-RAY DIFFRACTION100
4.0377-4.62130.23861450.17692007X-RAY DIFFRACTION100
4.6213-5.81980.22851460.18482005X-RAY DIFFRACTION100
5.8198-41.6560.22371490.22072088X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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