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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wgm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Danio rerio histone deacetylase 6 catalytic domain 2 in complex with ACY-1083 | ||||||
要素 | Hdac6 protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / histone deacetylase (ヒストン脱アセチル化酵素) / hydrolase inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation ...Aggrephagy / tubulin deacetylase activity / swimming behavior / definitive hemopoiesis / protein lysine deacetylase activity / histone deacetylase activity / regulation of tubulin deacetylation / potassium ion binding / histone deacetylase complex / hematopoietic progenitor cell differentiation / 血管新生 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Porter, N.J. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017 タイトル: Unusual zinc-binding mode of HDAC6-selective hydroxamate inhibitors. 著者: Porter, N.J. / Mahendran, A. / Breslow, R. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wgm.cif.gz | 260.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wgm.ent.gz | 205.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wgm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/5wgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/5wgm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40285.484 Da / 分子数: 3 / 断片: catalytic domain 2 (UNP residues 288-646) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: hdac6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7YT55, UniProt: F8W4B7*PLUS |
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-非ポリマー , 7種, 1015分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium acetate, sodium cacodylate, PEG8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→49.953 Å / Num. obs: 127773 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.75 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5EEM 解像度: 1.75→49.953 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.75
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.953 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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