PDB-5w8l: Crystal Structure of Lactate Dehydrogenase A in complex with inhi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5w8l

タイトル

Crystal Structure of Lactate Dehydrogenase A in complex with inhibitor compound 59 and NADH

要素

L-lactate dehydrogenase A chain

キーワード

OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase complex / Pyruvate metabolism / L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / substantia nigra development / glycolytic process / cadherin binding / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Davies, D.R. / Dranow, D.M.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Discovery and Optimization of Potent, Cell-Active Pyrazole-Based Inhibitors of Lactate Dehydrogenase (LDH).
著者: Rai, G. / Brimacombe, K.R. / Mott, B.T. / Urban, D.J. / Hu, X. / Yang, S.M. / Lee, T.D. / Cheff, D.M. / Kouznetsova, J. / Benavides, G.A. / Pohida, K. / Kuenstner, E.J. / Luci, D.K. / Lukacs, ...

履歴

登録	2017年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5w8l.ent.gz	450.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5w8l_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5w8l_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	5w8l_validation.xml.gz	64.1 KB	表示
CIF形式データ	5w8l_validation.cif.gz	91.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/5w8l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5w8hC 5w8iC 5w8jC 5w8kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r68-d 4qo8-d 6q0d-2 5w8j-d 3h3f-2 4qsm-1 4qt0-1 5zjf-3 6q13-1 4qsm-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (11) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase A chain

B: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase A chain

C: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
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2

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

D: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

B: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

B: L-lactate dehydrogenase A chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.340, 95.340, 121.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-727- HOH
2	1	B-723- HOH
3	1	B-786- HOH

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase A chain / LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma ...LDH-A / Cell proliferation-inducing gene 19 protein / LDH muscle subunit / LDH-M / Renal carcinoma antigen NY-REN-59 分子量: 36734.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDHA, PIG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00338, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-9YA / 2-{3-([1,1'-biphenyl]-3-yl)-5-(cyclopropylmethyl)-4-[(4-sulfamoylphenyl)methyl]-1H-pyrazol-1-yl}-1,3-thiazole-4-carboxylic acid 分子量: 570.682 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₆N₄O₄S₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: 8% PEG 8000, 100 mM Cacodylate, pH 6.0, 200 mM NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 114689 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.26 % / B_iso Wilson estimate: 21.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 10.06
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / R_merge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: proprietary structure of the same target

解像度: 1.95→47.97 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.176	2057	1.79 %
R_work	0.147	-	-
obs	-	114671	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.72 Å² / B_iso mean: 27.5114 Å² / B_iso min: 11.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→47.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10114	0	388	1193	11695
B_iso mean	-	-	25.68	36.27	-
残基数	-	-	-	-	1324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.907	14750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1713
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.829	6423

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.9953	0.2276	136	0.1857	7441	7577	100
1.9953-2.0452	0.2445	126	0.1808	7451	7577	100
2.0452-2.1005	0.2093	139	0.1688	7418	7557	100
2.1005-2.1624	0.1985	134	0.1584	7493	7627	100
2.1624-2.2321	0.2332	145	0.1577	7446	7591	100
2.2321-2.3119	0.1706	144	0.1557	7478	7622	100
2.3119-2.4045	0.1861	123	0.148	7474	7597	100
2.4045-2.5139	0.1977	130	0.149	7537	7667	100
2.5139-2.6464	0.1949	140	0.1521	7465	7605	100
2.6464-2.8122	0.1776	149	0.1477	7517	7666	100
2.8122-3.0293	0.2107	139	0.1503	7505	7644	100
3.0293-3.3341	0.1498	118	0.1487	7515	7633	99
3.3341-3.8164	0.1656	131	0.1358	7567	7698	99
3.8164-4.8076	0.1291	169	0.1198	7536	7705	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2052	-0.0461	1.0953	0.0088	-0.0067	1.1816	-0.1997	-0.5472	-0.2051	0.1506	0.1366	0.1037	0.0623	0.1733	0.1132	0.2947	-0.061	-0.0351	0.2614	0.1159	0.3041	19.4839	39.3661	-27.2272
2	1.002	-0.1239	-0.5918	0.1819	-0.0454	0.8567	-0.0198	-0.0424	-0.122	-0.0422	-0.0471	0.0143	0.1275	0.024	0.0168	0.1841	-0.0535	0.0048	0.1013	-0.0004	0.172	-6.7159	28.1871	-33.3206
3	0.1661	-0.0721	0.0004	0.6997	-0.3144	0.5506	0.0069	-0.0175	-0.0008	-0.0755	-0.0392	0.1605	0.0418	-0.1915	0.0362	0.1539	-0.0545	-0.0298	0.1764	-0.0377	0.1963	-23.695	41.3564	-40.6113
4	1.3802	-1.6851	1.2218	3.9767	-2.8934	3.0872	-0.0451	-0.1493	0.0153	0.1694	0.0251	0.0899	-0.0169	-0.25	0.0416	0.1557	-0.1181	-0.0148	0.3102	-0.0477	0.2641	-34.9411	33.8675	-29.9736
5	0.2754	0.2346	-0.216	2.2055	-1.3492	1.2628	0.0027	0.0759	0.0161	-0.6798	0.0485	0.2625	-0.1452	-0.1495	0.0661	0.2208	-0.0386	-0.0887	0.2961	0.0387	0.2424	-3.3487	68.4666	-5.4842
6	0.4471	-0.1558	0.2164	0.9847	0.6369	0.9198	-0.0874	-0.0683	-0.0602	-0.0164	0.071	0.124	-0.0722	-0.1198	-0.0107	0.1176	0.0085	-0.0021	0.1968	0.0191	0.1632	-20.2142	45.828	0.2778
7	0.726	-0.2274	0.267	0.3789	-0.1186	0.4861	-0.0832	-0.1048	-0.1761	0.0049	0.0852	0.0861	0.1603	-0.0524	0.0095	0.168	-0.0045	0.042	0.1802	0.039	0.2079	-11.8343	26.166	7.86
8	1.3146	-0.6743	0.6503	2.6963	-1.158	2.1514	-0.1072	0.1961	-0.1256	-0.1122	-0.0115	0.1416	0.2258	-0.0126	0.0624	0.2642	-0.0885	0.013	0.1596	0.0337	0.3221	-21.7759	17.3689	-2.6312
9	0.34	0.0269	0.4406	0.0147	0.0596	0.8075	0.0743	0.4203	-0.2586	-0.294	-0.0697	0.0802	0.0709	-0.218	0.0434	0.4539	0.011	-0.1452	0.2896	-0.0548	0.2952	-20.6292	51.1994	-67.2739
10	0.894	-0.2215	-0.4368	0.3085	0.3774	0.7098	0.0436	0.0514	-0.111	-0.2253	-0.0595	0.1014	0.1028	-0.089	0.0151	0.3164	-0.0117	-0.0276	0.1207	-0.0331	0.1685	-5.0129	28.1744	-61.0392
11	0.4782	0.1238	0.0238	0.7104	0.1337	0.5513	0.0223	0.0667	-0.0848	-0.177	-0.0574	-0.1252	0.1637	0.1387	0.0448	0.2524	0.0382	0.0629	0.1335	0.0165	0.192	16.3103	29.4083	-53.5362
12	3.0773	0.7755	1.8726	1.3147	0.9027	2.4658	-0.0407	0.195	-0.2098	-0.3945	0.0282	-0.2076	0.0909	0.2441	-0.0445	0.4516	0.1247	0.1113	0.2378	-0.0262	0.2789	21.2955	17.0348	-64.0518
13	0.0848	0.0324	0.0931	0.4376	0.418	0.9036	-0.0195	0.3513	-0.0195	-0.444	0.0027	-0.1929	0.0488	0.17	0.0708	0.2904	-0.1266	0.1222	0.495	-0.1468	0.3468	-66.0654	-21.0823	-34.268
14	0.2313	0.2246	-0.301	1.1337	-0.6419	0.8501	-0.1236	0.1953	-0.0489	-0.1027	0.0742	-0.1582	0.1023	0.0246	0.0259	0.1658	-0.0987	0.0302	0.3338	-0.0385	0.1726	-47.5551	-0.3822	-27.989
15	0.6461	-0.1597	-0.3527	0.4073	-0.0731	0.317	-0.1166	0.1787	0.1591	-0.0306	0.1002	-0.0376	-0.0956	0.021	0.0184	0.1673	-0.1068	-0.0389	0.2728	0.0497	0.1857	-53.8478	20.1553	-20.853
16	1.8941	-0.4344	-1.0868	1.5302	1.0966	1.7769	-0.0775	0.1641	-0.0098	-0.1223	0.0376	0.0096	-0.07	-0.0223	-0.0349	0.1983	-0.1846	-0.0433	0.3431	0.0735	0.2395	-42.7021	28.0587	-31.2907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 126 )	A	21 - 126
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 308 )	A	127 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 309 through 331 )	A	309 - 331
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )	B	1 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 126 )	B	21 - 126
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 127 through 308 )	B	127 - 308
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 309 through 331 )	B	309 - 331
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 20 )	C	1 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 21 through 126 )	C	21 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 127 through 308 )	C	127 - 308
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 309 through 331 )	C	309 - 331
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1 through 20 )	D	1 - 20
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 21 through 126 )	D	21 - 126
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 127 through 308 )	D	127 - 308
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 309 through 331 )	D	309 - 331

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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