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- PDB-5w4w: Identification and Profiling of a Selective and Brain Penetrant R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w4w
タイトルIdentification and Profiling of a Selective and Brain Penetrant Radioligand for In Vivo Target Occupancy Measurement of Casein Kinase 1 (CK1) Inhibitors
要素Casein kinase I isoform delta
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / kinase / inhibitor / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / spindle microtubule / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / spindle / endocytosis / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9WG / Casein kinase I isoform delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: ACS Chem Neurosci / 年: 2017
タイトル: Identification and Profiling of a Selective and Brain Penetrant Radioligand for in Vivo Target Occupancy Measurement of Casein Kinase 1 (CK1) Inhibitors.
著者: Wager, T.T. / Galatsis, P. / Chandrasekaran, R.Y. / Butler, T.W. / Li, J. / Zhang, L. / Mente, S. / Subramanyam, C. / Liu, S. / Doran, A.C. / Chang, C. / Fisher, K. / Grimwood, S. / Hedde, J. ...著者: Wager, T.T. / Galatsis, P. / Chandrasekaran, R.Y. / Butler, T.W. / Li, J. / Zhang, L. / Mente, S. / Subramanyam, C. / Liu, S. / Doran, A.C. / Chang, C. / Fisher, K. / Grimwood, S. / Hedde, J.R. / Marconi, M. / Schildknegt, K.
履歴
登録2017年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform delta
B: Casein kinase I isoform delta
C: Casein kinase I isoform delta
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,87923
ポリマ－154,1494
非ポリマー2,73019
水9,350519
1
A: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1485
ポリマ－38,5371
非ポリマー6114
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4368
ポリマ－38,5371
非ポリマー8997
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2446
ポリマ－38,5371
非ポリマー7075
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0524
ポリマ－38,5371
非ポリマー5143
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.884, 84.584, 89.042
Angle α, β, γ (deg.)70.37, 74.27, 86.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Casein kinase I isoform delta / CKId / Tau-protein kinase CSNK1D


分子量: 38537.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-9WG / 4-[3-(4-fluorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl]-6-methyl-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-5-one


分子量: 322.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H15FN4O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→80.79 Å / Num. obs: 86009 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.09 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 12461 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.99→20.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.158
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 3758 4.94 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 76032 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9744 Å20.4624 Å20.3561 Å2
2---4.093 Å210.8647 Å2
3---3.1186 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→20.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9420 0 171 519 10110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019879HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9813343HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3504SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1551HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9879HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11332SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 157 4.81 %
Rwork0.209 3109 -
all0.209 3266 -
obs--95.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5803-0.0828-0.81190.45121.0662.72230.12760.14060.0704-0.136-0.08190.0158-0.4018-0.4017-0.0456-0.0390.09440.02090.04550.0272-0.040954.193785.6986107.7914
20.65260.06820.84810.46170.89322.70570.1279-0.1803-0.04280.0869-0.11290.01440.3551-0.4675-0.015-0.0476-0.0694-0.04720.08260.0006-0.063735.113884.1896-7.8229
30.44430.37420.54910.8070.85393.25520.05790.0659-0.12040.02050.1966-0.19790.16480.4033-0.2545-0.12760.0409-0.04310.0598-0.0674-0.0015-0.291616.887230.4071
40.3247-0.331-0.50610.82990.81353.34410.0786-0.00870.1086-0.03990.1787-0.1681-0.17620.4005-0.2572-0.1254-0.0020.01720.0904-0.07290.004847.863939.9248-11.9142
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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