PDB-5vwo: Ornithine aminotransferase inactivated by (1R,3S,4S)-3-amino-4-fl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vwo

タイトル

Ornithine aminotransferase inactivated by (1R,3S,4S)-3-amino-4-fluorocyclopentane-1-carboxylic acid (FCP)

要素

Ornithine aminotransferase, mitochondrial

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase / Mechanism-based inactivator / PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine catabolic process to proline via ornithine / ornithine aminotransferase activity / ornithine aminotransferase / arginine catabolic process to glutamate / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / visual perception / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.773 Å

データ登録者

Mascarenhas, R. / Liu, D. / Le, H. / Silverman, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Selective Targeting by a Mechanism-Based Inactivator against Pyridoxal 5'-Phosphate-Dependent Enzymes: Mechanisms of Inactivation and Alternative Turnover.
著者: Mascarenhas, R. / Le, H.V. / Clevenger, K.D. / Lehrer, H.J. / Ringe, D. / Kelleher, N.L. / Silverman, R.B. / Liu, D.

履歴

登録	2017年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vwo.cif.gz	276.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vwo.ent.gz	221.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/5vwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/5vwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vwqC 5vwrC 1oatS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2byl-d 2byj-d 1yvf-2 1z4u-2 0476 6v8d-d 3n96-1 5o8p-d 1q90-d 2can-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

B: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

C: Ornithine aminotransferase, mitochondrial

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.305, 115.305, 187.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-808- HOH
2	1	C-752- HOH
3	1	C-1023- HOH

#1: タンパク質	Ornithine aminotransferase, mitochondrial / Ornithine delta-aminotransferase / Ornithine--oxo-acid aminotransferase 分子量: 44860.320 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 36-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: OAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04181, ornithine aminotransferase
#2: 化合物	ChemComp-9QJ / (1S,3S,4E)-3-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-4-iminocyclopentane-1-carboxylic acid 分子量: 358.284 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉N₂O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaCl (175mM), 8-10% (v/v) PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 273 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.773→50 Å / Num. obs: 216569 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 0.957 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 1315591

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
1.773-1.81	7.5	6865	0.568	0.793	0.829	99
1.81-1.84	8.5	6869	0.663	0.716	0.831	99.5
1.84-1.88	8.7	6851	0.759	0.578	0.846	99.6
1.88-1.92	8.9	6909	0.786	0.518	0.859	99.6
1.92-1.96	9	6913	0.855	0.406	0.874	99.6
1.96-2	9.2	6897	0.876	0.31	0.886	99.6	0.922	0.974
2-2.05	9.3	6925	0.916	0.235	0.903	99.8	0.704	0.743
2.05-2.11	9.3	6956	0.946	0.19	0.915	99.8	0.572	0.604
2.11-2.17	9.4	6924	0.969	0.142	0.924	99.9	0.425	0.449
2.17-2.24	9.4	6939	0.98	0.118	0.894	99.9	0.354	0.373
2.24-2.32	9.4	6974	0.986	0.09	0.897	100	0.269	0.284
2.32-2.42	9.5	6979	0.99	0.074	0.888	100	0.222	0.234
2.42-2.53	9.6	6957	0.993	0.057	0.916	100	0.171	0.181
2.53-2.66	9.8	6979	0.995	0.044	0.941	100	0.132	0.139
2.66-2.83	10.1	7030	0.996	0.034	0.997	100	0.104	0.11
2.83-3.04	10.4	7018	0.997	0.027	1.115	100	0.083	0.088
3.04-3.35	10.5	7028	0.998	0.023	1.292	100	0.069	0.073
3.35-3.83	10.2	7069	0.998	0.018	1.397	100	0.056	0.059
3.83-4.83	10	7146	0.999	0.013	1.059	100	0.04	0.042
4.83-50	9.8	7324	0.998	0.011	0.702	99	0.032	0.033

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OAT

1oat

解像度: 1.773→44.09 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.21	2017	1.48 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.178	216569	79.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.773→44.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9483	0	72	1309	10864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.115	13499
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4	3712
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1493
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1746

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7732-1.7997	0.4158	67	0.3079	4221	X-RAY DIFFRACTION	37
1.7997-1.8278	0.3232	81	0.304	5280	X-RAY DIFFRACTION	45
1.8278-1.8578	0.3047	84	0.2979	5663	X-RAY DIFFRACTION	49
1.8578-1.8898	0.3093	85	0.2866	5850	X-RAY DIFFRACTION	50
1.8898-1.9242	0.333	92	0.2858	5999	X-RAY DIFFRACTION	52
1.9242-1.9612	0.3192	91	0.2705	6276	X-RAY DIFFRACTION	54
1.9612-2.0012	0.3131	102	0.2445	6675	X-RAY DIFFRACTION	57
2.0012-2.0447	0.2966	100	0.2233	7167	X-RAY DIFFRACTION	62
2.0447-2.0923	0.2932	122	0.2206	8023	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0923-2.1446	0.2635	143	0.2085	9396	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1446-2.2026	0.2486	166	0.2121	10459	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2026-2.2674	0.2526	157	0.2112	11276	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2674-2.3406	0.2683	173	0.2067	11425	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3406-2.4242	0.2054	172	0.2038	11492	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4242-2.5213	0.2503	171	0.1972	11595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5213-2.636	0.2564	179	0.1942	11559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.636-2.775	0.2079	164	0.1887	11576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.9488	0.2222	175	0.1822	11597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9488-3.1764	0.2145	172	0.1772	11564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1764-3.496	0.1932	172	0.163	11583	X-RAY DIFFRACTION	100
3.496-4.0016	0.1731	174	0.1392	11627	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0016-5.0404	0.14	178	0.1209	11582	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0404-44.1076	0.1322	176	0.1303	11488	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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