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- PDB-5uv5: Crystal Structure of a 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-dione RNase H Ac... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5uv5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of a 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-dione RNase H Active Site Inhibitor with Multiple Binding Modes to HIV Reverse Transcriptase | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / REVERSE TRANSCRIPTASE / INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A 2-Hydroxyisoquinoline-1,3-Dione Active-Site RNase H Inhibitor Binds in Multiple Modes to HIV-1 Reverse Transcriptase. Authors: Kirby, K.A. / Myshakina, N.A. / Christen, M.T. / Chen, Y.L. / Schmidt, H.A. / Huber, A.D. / Xi, Z. / Kim, S. / Rao, R.K. / Kramer, S.T. / Yang, Q. / Singh, K. / Parniak, M.A. / Wang, Z. / ...Authors: Kirby, K.A. / Myshakina, N.A. / Christen, M.T. / Chen, Y.L. / Schmidt, H.A. / Huber, A.D. / Xi, Z. / Kim, S. / Rao, R.K. / Kramer, S.T. / Yang, Q. / Singh, K. / Parniak, M.A. / Wang, Z. / Ishima, R. / Sarafianos, S.G. | ||||||
History |
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Structure visualization
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-Validation report
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Data in XML | ![]() | 64.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 86.9 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5j1eS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 64105.441 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: p66 domain residues 600-1154 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Plasmid: pET35a / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H #2: Protein | Mass: 50096.539 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: p51 domain residues 600-1027 / Mutation: C280S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate BH10 / Gene: gag-pol / Plasmid: pET35a / Production host: ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.7 % / Mosaicity: 0 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / pH: 6 Details: PEG 3350, SODIUM POTASSIUM PHOSPHATE, ETHYLENE GLYCOL, TRIS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Oct 16, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→62.43 Å / Num. obs: 45121 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 61.25 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 331908 / Scaling rejects: 2 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.11 Å / Redundancy: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.622 / CC1/2: 0.907 / Rpim(I) all: 0.256 / Rrim(I) all: 0.674 / % possible all: 97.1 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5J1E Resolution: 3→62.43 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 32.19
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 161.77 Å2 / Biso mean: 68.1267 Å2 / Biso min: 9.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3→62.43 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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