PDB-5u6x: COX-1:P6 COMPLEX STRUCTURE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5u6x

タイトル

COX-1:P6 COMPLEX STRUCTURE

要素

Prostaglandin G/H synthase 1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COX-1 / CYCLOOXYGENASE / PEROXIDASE / PROSTAGLANDIN / HEME / P6

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / regulation of blood pressure / peroxidase activity / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ovis aries (ヒツジ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.93 Å

データ登録者

Cingolani, G. / Panella, A. / Perrone, M.G. / Vitale, P. / Smith, W.L. / Scilimati, A.

引用

ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Structural basis for selective inhibition of Cyclooxygenase-1 (COX-1) by diarylisoxazoles mofezolac and 3-(5-chlorofuran-2-yl)-5-methyl-4-phenylisoxazole (P6).
著者: Cingolani, G. / Panella, A. / Perrone, M.G. / Vitale, P. / Di Mauro, G. / Fortuna, C.G. / Armen, R.S. / Ferorelli, S. / Smith, W.L. / Scilimati, A.

履歴

登録	2016年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5u6x.cif.gz	468.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5u6x.ent.gz	387.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5u6x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5u6x_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5u6x_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	5u6x_validation.xml.gz	50.2 KB	表示
CIF形式データ	5u6x_validation.cif.gz	65.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5wbeC 3n8zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1eqh-d 1igz-1 3n8x-d 1pge-d 5f19-d 6v3r-1 1pth-d 6y3c-1 1cqe-d 1eqg-d 4m10-2 5jw1-d 3hs7-d 3n8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Prostaglandin G/H synthase 1

B: Prostaglandin G/H synthase 1

ヘテロ分子

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.463, 181.463, 103.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Prostaglandin G/H synthase 1 / Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / PHS 1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1 分子量: 68939.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: PTGS1, COX1 / プラスミド: PFASTBAC-HTOCOX-1 / 細胞株 (発現宿主): SF21 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase

#1: タンパク質

Prostaglandin G/H synthase 1 / Cyclooxygenase-1 / COX-1 / Prostaglandin H2 synthase 1 / PHS 1 / Prostaglandin-endoperoxide synthase 1

分子量: 68939.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: PTGS1, COX1 / プラスミド: PFASTBAC-HTOCOX-1 / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase

-
糖 , 3種, 9分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpa1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#6: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-P6A / 3-(5-chlorofuran-2-yl)-5-methyl-4-phenyl-1,2-oxazole 分子量: 259.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₀ClNO₂

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.52 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: SODIUM CITRATE, LITHIUM CHLORIDE, SODIUM AZIDE, N-OCTYL GLUCOSIDE, PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.93→50 Å / Num. obs: 40652 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 64.1 Å² / Net I/σ(I): 35.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2722: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N8Z

3n8z

解像度: 2.93→14.991 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 25.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	3230	4.49 %
R_work	0.2009	-	-
obs	0.2025	40362	88.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.93→14.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8928	0	416	0	9344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	13196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.092	5588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1421
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1655

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9301-2.9735	0.3651	113	0.3573	2571	X-RAY DIFFRACTION	76
2.9735-3.0196	0.3183	124	0.3329	2642	X-RAY DIFFRACTION	78
3.0196-3.0687	0.3355	136	0.3298	2702	X-RAY DIFFRACTION	80
3.0687-3.1211	0.421	126	0.3234	2808	X-RAY DIFFRACTION	83
3.1211-3.1773	0.3138	138	0.2969	2799	X-RAY DIFFRACTION	84
3.1773-3.2378	0.3529	144	0.2932	2872	X-RAY DIFFRACTION	85
3.2378-3.3032	0.3275	142	0.2969	2917	X-RAY DIFFRACTION	87
3.3032-3.3743	0.345	144	0.2795	2992	X-RAY DIFFRACTION	89
3.3743-3.4518	0.2513	146	0.2585	2946	X-RAY DIFFRACTION	87
3.4518-3.5371	0.3571	135	0.2409	3053	X-RAY DIFFRACTION	90
3.5371-3.6314	0.2262	147	0.2322	3039	X-RAY DIFFRACTION	91
3.6314-3.7366	0.2333	134	0.2152	3117	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7366-3.8553	0.2671	128	0.2034	3091	X-RAY DIFFRACTION	91
3.8553-3.9906	0.2093	141	0.188	3113	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9906-4.1471	0.2429	149	0.1862	3045	X-RAY DIFFRACTION	91
4.1471-4.3315	0.204	156	0.169	3142	X-RAY DIFFRACTION	93
4.3315-4.5538	0.2002	140	0.1575	3149	X-RAY DIFFRACTION	93
4.5538-4.8301	0.1773	141	0.1579	3096	X-RAY DIFFRACTION	93
4.8301-5.1887	0.2133	150	0.1522	3114	X-RAY DIFFRACTION	92
5.1887-5.6848	0.2433	149	0.1666	3094	X-RAY DIFFRACTION	92
5.6848-6.4494	0.2386	143	0.1808	3126	X-RAY DIFFRACTION	92
6.4494-7.9208	0.1433	151	0.1745	3143	X-RAY DIFFRACTION	93
7.9208-14.9917	0.1699	153	0.146	3117	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5781	0.1049	0.0858	1.5312	0.4936	0.8967	0.1148	0.0546	0.0799	0.2437	-0.0209	-0.3583	0.1864	-0.4416	-0.0449	0.3374	-0.0871	-0.0181	0.8139	0.083	0.5445	44.0331	146.1483	23.8268
2	0.6085	0.1513	0.1341	0.8929	0.2676	0.7549	-0.1581	0.2992	0.0422	-0.0745	0.1577	-0.1398	0.1333	-0.3729	-0.0682	0.1669	-0.0389	-0.0169	1.0197	0.0395	0.4851	37.5602	155.5039	16.3626
3	0.1014	-0.1944	-0.023	0.4041	0.0844	0.2121	-0.0287	-0.1407	-0.1152	0.1442	0.0957	0.2719	0.1095	-0.1881	-0.0245	0.3458	-0.2657	0.0739	1.443	0.0602	0.5551	22.2518	144.4774	27.6664
4	0.2053	0.1252	-0.0146	0.2956	-0.0861	0.2865	0.1175	-0.0144	0.0864	0.0518	-0.1686	0.4465	-0.099	-0.5535	-0.1078	0.1135	0.3143	0.1086	1.589	0.004	0.6598	17.9543	174.4395	18.03
5	0.4118	0.1126	-0.1648	0.7538	0.2013	1.288	0.0557	0.0096	0.0277	0.0195	-0.2459	-0.0566	-0.0286	-0.3181	0.1548	0.2196	0.0897	-0.007	0.9451	0.064	0.5253	34.6999	164.1853	20.9508
6	1.7629	0.0468	-0.0927	1.2068	-0.6994	0.407	0.0107	-0.2264	0.241	0.0297	-0.231	0.0476	-0.0578	-0.092	0.139	0.5133	0.379	0.096	1.4748	-0.1492	0.8074	15.524	179.8036	36.2309
7	0.3953	-0.0483	0.0213	0.6358	0.2305	0.5083	0.0531	-0.1057	-0.0285	0.2382	-0.1013	0.1901	0.123	-0.5131	0.0611	0.2057	0.0717	0.1069	1.2151	0.0963	0.5787	30.6008	161.7713	29.8976
8	0.3878	0.0058	-0.1368	1.2242	0.2063	0.5904	0.0461	0.0415	-0.0233	-0.2052	-0.0738	-0.2848	-0.1606	-0.524	0.042	0.303	0.0932	0.0079	0.9139	0.0428	0.5746	42.1648	165.3447	-11.7811
9	0.1019	0.1769	0.1544	0.42	0.076	0.7056	-0.0579	0.088	0.0932	-0.1547	0.0137	0.3421	-0.1789	-0.2532	0.0285	0.4094	0.2383	-0.0869	1.4014	0.0696	0.5959	22.2417	169.8631	-18.0181
10	0.7009	-0.1051	0.1813	0.1793	0.0268	0.2955	0.0975	0.0158	-0.0405	-0.0185	-0.1963	0.2868	0.1392	-0.6468	-0.0697	0.0514	-0.3256	-0.0953	1.5142	0.0106	0.6208	21.8883	142.0434	-8.8704
11	1.1731	0.106	-0.0835	0.7631	-0.1321	0.0245	0.0999	0.129	-0.0699	0.0365	-0.2521	0.2024	0.156	-0.3108	0.0624	0.3761	-0.3177	-0.1082	1.3713	-0.1151	0.6471	18.2725	138.0933	-27.9604
12	0.1609	-0.1075	-0.098	0.8252	0.2227	0.3629	0.0985	0.1028	-0.0003	-0.317	-0.1691	0.1414	-0.1005	-0.4393	0.0544	0.2252	-0.058	-0.1245	1.2195	0.08	0.5596	31.3295	153.3212	-18.8411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 138 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 139 through 181 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 182 through 346 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 347 through 390 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 391 through 426 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 427 through 584 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 138 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 139 through 181 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 182 through 390 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 391 through 443 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 444 through 584 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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