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万見
- PDB-5u2m: Crystal structure of human NAMPT with A-1293201 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u2m
タイトルCrystal structure of human NAMPT with A-1293201
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / NAMPT inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear speck / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7T7 / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Longenecker, K.L. / Raich, D. / Korepanova, A.V.
引用ジャーナル: Mol. Cancer Ther. / 年: 2017
タイトル: Discovery and Characterization of Novel Nonsubstrate and Substrate NAMPT Inhibitors.
著者: Wilsbacher, J.L. / Cheng, M. / Cheng, D. / Trammell, S.A.J. / Shi, Y. / Guo, J. / Koeniger, S.L. / Kovar, P.J. / He, Y. / Selvaraju, S. / Heyman, H.R. / Sorensen, B.K. / Clark, R.F. / Hansen, ...著者: Wilsbacher, J.L. / Cheng, M. / Cheng, D. / Trammell, S.A.J. / Shi, Y. / Guo, J. / Koeniger, S.L. / Kovar, P.J. / He, Y. / Selvaraju, S. / Heyman, H.R. / Sorensen, B.K. / Clark, R.F. / Hansen, T.M. / Longenecker, K.L. / Raich, D. / Korepanova, A.V. / Cepa, S. / Towne, D.L. / Abraham, V.C. / Tang, H. / Richardson, P.L. / McLoughlin, S.M. / Badagnani, I. / Curtin, M.L. / Michaelides, M.R. / Maag, D. / Buchanan, F.G. / Chiang, G.G. / Gao, W. / Rosenberg, S.H. / Brenner, C. / Tse, C.
履歴
登録2016年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,54810
ポリマ－108,2412
非ポリマー1,3078
水11,223623
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10070 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area31770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.978, 106.611, 83.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 54120.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293-6E / 発現宿主: Mammalia (両生類)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-7T7 / N-[4-({[(3S)-oxolan-3-yl]methyl}carbamoyl)phenyl]-1,3-dihydro-2H-isoindole-2-carboxamide


分子量: 365.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23N3O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, and 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.888→65.278 Å / Num. obs: 74091 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.888→1.895 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS(VERSION May 1データ削減
autoPROC(Version 1.1.7)データスケーリング
2016データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GVJ

2gvj


解像度: 1.89→27.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.144
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3689 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 73827 87.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 101.12 Å2 / Biso mean: 26.09 Å2 / Biso min: 10.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.524 Å20 Å20.5053 Å2
2---3.4505 Å20 Å2
3---6.9745 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→27.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7422 0 84 623 8129
Biso mean--34.3 34.62 -
残基数----928
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2672SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1108HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7682HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion974SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9547SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7682HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10416HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.46
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.58
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 320 5.18 %
Rwork0.225 5862 -
all0.226 6182 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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