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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5trg | ||||||
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タイトル | Structure of Mycobacterium tuberculosis proteasome in complex with N,C-capped dipeptide DPLG-2 | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / N / C-capped dipeptides / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / DPLG-2 / proteasome inhibitors / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / zymogen binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.804 Å | ||||||
データ登録者 | Hsu, H.-C. / Fan, H. / Singh, R.K. / Wang, R. / Sukenick, G. / Nathan, C. / Lin, G. / Li, H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017 タイトル: Structural Basis for the Species-Selective Binding of N,C-Capped Dipeptides to the Mycobacterium tuberculosis Proteasome. 著者: Hsu, H.C. / Singh, P.K. / Fan, H. / Wang, R. / Sukenick, G. / Nathan, C. / Lin, G. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5trg.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5trg.ent.gz | 946.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5trg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/5trg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25971.975 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 10-248 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: prcA, MRA_2124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U4D5, UniProt: P9WHU1*PLUS, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 25274.264 Da / 分子数: 14 / 断片: UNP residues 58-291 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: prcB, MRA_2125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A5U4D6, UniProt: P9WHT9*PLUS, proteasome endopeptidase complex #3: 化合物 | ChemComp-7HJ / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 60 mM sodium citrate (pH 6.2), 14% PEG-3350, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 167090 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48.6003639492 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / CC1/2: 0.776 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3HFA 解像度: 2.804→49.53 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.11 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.804→49.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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