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- PDB-5tbm: Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tbm
タイトルCrystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / HIF2 inhibitor HIF2 ligand PAS-B hypoxia inducible factor 2 EPAS1
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / Cellular response to hypoxia / aryl hydrocarbon receptor complex / regulation of protein neddylation / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / blood vessel remodeling / embryonic placenta development / Endogenous sterols / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / regulation of heart rate / positive regulation of erythrocyte differentiation / visual perception / positive regulation of glycolytic process / Pexophagy / erythrocyte differentiation / mitochondrion organization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / PPARA activates gene expression / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Neddylation / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / response to oxidative stress / cell differentiation / nuclear body / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...: / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-79A / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Du, X.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2016
タイトル: A Small-Molecule Antagonist of HIF2 alpha Is Efficacious in Preclinical Models of Renal Cell Carcinoma.
著者: Wallace, E.M. / Rizzi, J.P. / Han, G. / Wehn, P.M. / Cao, Z. / Du, X. / Cheng, T. / Czerwinski, R.M. / Dixon, D.D. / Goggin, B.S. / Grina, J.A. / Halfmann, M.M. / Maddie, M.A. / Olive, S.R. / ...著者: Wallace, E.M. / Rizzi, J.P. / Han, G. / Wehn, P.M. / Cao, Z. / Du, X. / Cheng, T. / Czerwinski, R.M. / Dixon, D.D. / Goggin, B.S. / Grina, J.A. / Halfmann, M.M. / Maddie, M.A. / Olive, S.R. / Schlachter, S.T. / Tan, H. / Wang, B. / Wang, K. / Xie, S. / Xu, R. / Yang, H. / Josey, J.A.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4323
ポリマ－27,0492
非ポリマー3831
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子

B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4323
ポリマ－27,0492
非ポリマー3831
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544-x+1/2,y-1/2,-z-11
Buried area1720 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.400, 84.097, 41.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 13278.995 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 237-248 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPAS1, BHLHE73, HIF2A, MOP2, PASD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99814
#2: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 13769.599 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 340-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#3: 化合物 ChemComp-79A / 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile / PT2385


分子量: 383.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12F3NO4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4
詳細: 50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K / Ambient temp details: liquis nitrogen vapor
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→28.89 Å / Num. obs: 20307 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/av σ(I): 16.8 / Net I/σ(I): 269
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
5.02-700.035510.999193.2
3.99-5.020.031511199.7
3.48-3.990.034440.999199.8
3.16-3.480.045360.999199.9
2.94-3.160.061280.9991100
2.76-2.940.08210.9991100
2.63-2.760.1010.998199.9
2.51-2.630.12312.70.997199.9
2.41-2.510.13810.70.9971
2.33-2.410.1877.630.9951
2.26-2.330.2535.30.991100
2.19-2.260.284.80.9851100
2.14-2.190.3434.10.9811100
2.08-2.140.3853.60.9761100
2.04-2.080.4363.050.973199.7
1.99-2.040.5192.40.961199.5
1.95-1.990.6751.80.944198.7
1.92-1.950.7540.921197.7
1.88-1.920.8641.10.907193.9
1.85-1.881.0770.880.89190.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XT2

4xt2


解像度: 1.85→28.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.696 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.174
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2997 1057 5.2 %RANDOM
Rwork0.2375 ---
obs0.2406 19304 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.64 Å2 / Biso mean: 42.799 Å2 / Biso min: 21.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1 Å20 Å2-0.08 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3----3.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→28.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1773 0 26 16 1815
Biso mean--33.24 40.32 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.021853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1091.9492510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1125215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5824.27196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.99915319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211411
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 71 -
Rwork0.382 1284 -
all-1355 -
obs--90.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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