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- PDB-4tmf: Crystal structure of human CD38 in complex with hydrolysed compou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tmf
タイトルCrystal structure of human CD38 in complex with hydrolysed compound JMS713
要素ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / cyclic ADP-ribose / X-crystallography / Calcium signaling / inhibitory compound / JMS713 / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / Nicotinate metabolism / artery smooth muscle contraction / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ metabolic process / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption / response to hydroperoxide / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / B cell proliferation / response to retinoic acid / positive regulation of vasoconstriction / positive regulation of B cell proliferation / response to interleukin-1 / response to progesterone / female pregnancy / B cell receptor signaling pathway / apoptotic signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / response to estradiol / transferase activity / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / nuclear membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JS2 / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Zhang, H. / Swarbrick, J. / Potter, B. / Hao, Q.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Cyclic adenosine 5'-diphosphate ribose analogs without a "southern" ribose inhibit ADP-ribosyl cyclase-hydrolase CD38.
著者: Swarbrick, J.M. / Graeff, R. / Zhang, H. / Thomas, M.P. / Hao, Q. / Potter, B.V.
履歴
登録2014年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / refine_hist / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6564
ポリマ－59,6252
非ポリマー1,0312
水1,44180
1
A: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3282
ポリマ－29,8131
非ポリマー5151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3282
ポリマ－29,8131
非ポリマー5151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.690, 54.128, 63.319
Angle α, β, γ (deg.)108.580, 90.980, 93.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 48 - 290 / Label seq-ID: 5 - 247

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is a monomer. And there are 2 biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B).

-
要素

#1: タンパク質 ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose ...2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase / 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / 2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / ADP-ribosyl cyclase 1 / ADPRC 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10


分子量: 29812.738 Da / 分子数: 2 / 断片: ecto domain / 変異: N100D, N164A, N219D, N209D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33
参照: UniProt: P28907, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase, 2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase
#2: 糖 ChemComp-JS2 / 5-O-[(R)-{[(S)-[4-(8-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)butoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-alpha-D- ribofuranose / 5-O-[(R)-{[(S)-[4-(8-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)butoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-alpha-D- ribose / 5-O-[(R)-{[(S)-[4-(8-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)butoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-D-ribose / 5-O-[(R)-{[(S)-[4-(8-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)butoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 515.306 Da / 分子数: 2 / 断片: JMS713 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H23N5O12P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 % / 解説: plate
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M sodium acetate pH4.0, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, 15% PEG10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 31966 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.994 / Net I/av σ(I): 24.624 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 126045
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.123.90.52831880.98997.3
2.12-2.2140.36232050.97997.3
2.21-2.3140.25232001.0397.6
2.31-2.4340.17832061.07697.7
2.43-2.5840.11831971.08197.9
2.58-2.7840.08132121.14398.3
2.78-3.0640.05632150.92498.5
3.06-3.513.90.0432440.93698.6
3.51-4.423.90.03331550.92596.7
4.42-503.90.03331440.85195.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3


解像度: 2.05→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2451 / WRfactor Rwork: 0.2129 / FOM work R set: 0.8397 / SU B: 10.297 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.2258 / SU Rfree: 0.1756 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1638 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 30312 --
obs0.1996 31950 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 141.66 Å2 / Biso mean: 67.282 Å2 / Biso min: 33.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.45 Å2-2 Å2-0.3 Å2
2--2.67 Å21.53 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→47.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3946 0 66 80 4092
Biso mean--69.51 51.98 -
残基数----486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.9565609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1273.018779
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9555482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.84224.388196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.17115709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.581523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.522.7971940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.522.7971939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2534.1882418
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 14096 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 129 -
Rwork0.258 2141 -
all-2270 -
obs--94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.23120.11850.77632.3994-0.09962.70350.20860.5013-1.472-0.086-0.02380.27640.2511-0.27-0.18490.27590.0171-0.02990.1472-0.11530.54112.491-14.651-5.527
27.53211.2251.51586.6347-2.27187.30420.2364-0.2611-0.35160.4679-0.07640.24990.40090.1644-0.160.1470.06340.05230.1928-0.01320.2114-6.6782.8591.406
39.8442-2.40731.19074.053-0.93632.71420.0426-0.2023-0.73040.14370.0292-0.02270.12240.0106-0.07190.1879-0.01150.00470.1421-0.01790.21666.444-8.444-1.341
44.79581.4187-1.10083.6875-0.20843.80030.2745-0.39030.4830.6215-0.15320.05-0.179-0.071-0.12140.22550.01060.00220.215-0.02540.2322-2.51213.081.585
55.3260.8049-2.0193.2698-0.65494.04370.08030.4270.6176-0.29090.08540.1214-0.6443-0.0665-0.16570.21190.02560.0060.15770.03070.270121.48319.994-22.249
612.78551.3907-2.97135.3988-2.783113.1831-0.24790.19290.2442-0.0820.0946-0.72261.05150.12490.15330.5415-0.0496-0.01520.2969-0.09270.257925.0614.712-37.886
74.74560.8022-2.39442.4353-1.57727.5471-0.08840.11880.1139-0.25280.16210.15410.0828-0.3046-0.07370.07770.0362-0.01060.13110.03450.191319.18812.7-21.316
83.14490.4497-2.07716.01330.32536.2193-0.3980.4383-0.50350.17930.1435-0.15291.7964-0.60790.25461.0437-0.3225-0.03040.5769-0.04720.338917.6-4.604-37.696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A48 - 114
2X-RAY DIFFRACTION2A115 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3A139 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A194 - 296
5X-RAY DIFFRACTION5B44 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6B117 - 140
7X-RAY DIFFRACTION7B141 - 195
8X-RAY DIFFRACTION8B196 - 291

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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