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Yorodumi- PDB-5sd0: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5sd0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1225 | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1225 Authors: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5sd0.cif.gz | 88.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5sd0.ent.gz | 65.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5sd0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5sd0_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5sd0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5sd0_validation.xml.gz | 11 KB | Display | |
Data in CIF | 5sd0_validation.cif.gz | 15.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd0 | HTTPS FTP |
-Group deposition
ID | G_1002223 (26 entries) |
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Title | DHFR structures, SSGCID |
Type | ground state |
Description | human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | biological unit is a monomer, the same as asu |
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 19832.365 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: MtDHFR Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase |
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-Non-polymers , 6 types, 192 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAP / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-HIK / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-CL / | ||||
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-FMT / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.8 Å3/Da / Density % sol: 32 % / Mosaicity: 0.173 ° |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MCSG4 F7 (291338f7): 200mM magnesium formate, 100mM MES:NaOH pH6.5, 25% (w/v) PEG4000, 10mg/mL protein conc., cryo 15% ethylene glycol, puck pwp0-15 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PAD / Date: May 17, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. obs: 15006 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.867 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 15.95 / Num. measured all: 87095 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.75→49.144 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.79 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.44 Å2 / Biso mean: 21.4083 Å2 / Biso min: 9.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→49.144 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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