PDB-5s55: Tubulin-Z106307058-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s55

タイトル

Tubulin-Z106307058-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s55.cif.gz	912.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s55.ent.gz	749.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s55.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5s55_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s55_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	5s55_validation.xml.gz	82.9 KB	表示
CIF形式データ	5s55_validation.cif.gz	111 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s55 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s55	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5nfz-d 5s4z-d 5xke-d 5ezy-d 4tv9-d 5s5j-d 5jvd-d 5lxt-d 5xi7-d 5h7o-d 7dad-d 4o4i-d 5ca0-d 5j2u-d 4zhq-d 5iyz-d 5cb4-d 5yls-d 5s4w-d 5s4y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.640, 158.150, 180.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 7種, 431分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-WZP / 2-methyl-1-[4-(propan-2-yl)piperazin-1-yl]propan-1-one 分子量: 198.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₂N₂O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→62.68 Å / Num. obs: 132845 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.783 % / B_iso Wilson estimate: 60.793 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.098 / Χ²: 1.049 / Net I/σ(I): 13.08 / Num. measured all: 901095 / Scaling rejects: 401

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.07	1.756	1.13	68795	9749	9731	0.508	1.896	99.8
2.36-2.42	7.032	1.381	1.46	66673	9509	9482	0.613	1.491	99.7
2.42-2.49	6.934	1.049	1.92	64079	9249	9241	0.73	1.135	99.9
2.49-2.57	6.826	0.851	2.32	61083	8958	8948	0.793	0.922	99.9
2.57-2.66	6.509	0.662	2.88	56419	8679	8668	0.852	0.72	99.9
2.66-2.75	6.595	0.549	3.51	55770	8461	8456	0.889	0.596	99.9
2.75-2.85	6.944	0.413	4.67	56319	8119	8110	0.941	0.446	99.9
2.85-2.97	7.057	0.312	6.15	55375	7850	7847	0.965	0.337	100
2.97-3.1	6.97	0.216	8.49	52633	7555	7551	0.982	0.234	99.9
3.1-3.25	6.907	0.162	11.01	49699	7201	7195	0.989	0.175	99.9
3.25-3.43	6.576	0.119	14.01	44937	6841	6834	0.993	0.13	99.9
3.43-3.64	6.445	0.092	17.25	42047	6527	6524	0.996	0.1	100
3.64-3.89	6.926	0.075	22.05	42101	6124	6079	0.997	0.082	99.3
3.89-4.2	6.895	0.054	28.7	39466	5724	5724	0.998	0.058	100
4.2-4.6	6.723	0.042	34.36	35437	5273	5271	0.999	0.046	100
4.6-5.14	6.219	0.038	35.49	29877	4804	4804	0.999	0.042	100
5.14-5.94	6.579	0.041	34.85	27946	4251	4248	0.999	0.045	99.9
5.94-7.27	6.795	0.038	37.81	24756	3643	3643	0.999	0.041	100
7.27-10.29	6.162	0.026	50.55	17470	2839	2835	0.999	0.028	99.9
10.29-62.68	6.175	0.021	61.88	10213	1668	1654	1	0.023	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.3→62.68 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	6697	5.04 %
R_work	0.206	126136	-
obs	0.2076	132833	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.47 Å² / B_iso mean: 69.8228 Å² / B_iso min: 24.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→62.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17429	0	232	415	18076
B_iso mean	-	-	62.92	57.68	-
残基数	-	-	-	-	2201

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3886	219	0.3491	4175	4394	100
2.33-2.35	0.3517	210	0.3462	4140	4350	100
2.35-2.38	0.3794	244	0.3244	4148	4392	100
2.38-2.41	0.3682	208	0.316	4154	4362	100
2.41-2.44	0.3502	235	0.2978	4171	4406	100
2.44-2.48	0.311	194	0.2854	4180	4374	100
2.48-2.51	0.3024	217	0.2817	4163	4380	100
2.51-2.55	0.3211	226	0.2787	4171	4397	100
2.55-2.59	0.3213	230	0.2665	4170	4400	100
2.59-2.63	0.324	221	0.2714	4165	4386	100
2.63-2.68	0.3038	206	0.2711	4192	4398	100
2.68-2.73	0.3208	230	0.27	4167	4397	100
2.73-2.78	0.2896	234	0.2613	4153	4387	100
2.78-2.84	0.2795	226	0.2576	4166	4392	100
2.84-2.9	0.3065	237	0.254	4174	4411	100
2.9-2.97	0.2973	192	0.2584	4214	4406	100
2.97-3.04	0.2789	235	0.2392	4181	4416	100
3.04-3.12	0.2996	220	0.2323	4184	4404	100
3.12-3.21	0.2662	219	0.2321	4199	4418	100
3.21-3.32	0.2518	232	0.2315	4185	4417	100
3.32-3.44	0.2805	214	0.2256	4228	4442	100
3.44-3.57	0.2481	229	0.2181	4207	4436	100
3.57-3.74	0.2497	227	0.217	4186	4413	99
3.74-3.93	0.2127	213	0.1851	4215	4428	100
3.93-4.18	0.19	238	0.1713	4227	4465	100
4.18-4.5	0.1875	241	0.1592	4225	4466	100
4.5-4.95	0.1885	203	0.1495	4292	4495	100
4.95-5.67	0.2082	232	0.181	4276	4508	100
5.67-7.14	0.2007	237	0.189	4319	4556	100
7.14-62.68	0.1688	228	0.1582	4509	4737	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6303	-0.9506	-0.0296	4.656	1.1148	2.7719	0	0.1153	0.1766	-0.5643	0.3433	-0.3277	-0.7428	0.2961	-0.3507	0.6289	-0.1471	0.1505	0.5473	-0.1326	0.4863	32.1017	89.7108	50.6236
2	4.258	-0.9863	-2.7139	4.3173	-0.8352	2.6537	0.0791	-0.0522	-0.2755	0.3493	-0.0055	-0.1292	0.1942	0.3441	-0.0229	0.4444	0.0393	-0.0036	0.4723	-0.1388	0.3925	30.0574	74.3394	58.9433
3	1.8613	-0.025	0.557	3.6308	0.4136	4.5758	0.1324	-0.0118	0.0253	0.3191	-0.0528	0.3144	-0.1598	-0.15	-0.0693	0.4098	0.0274	0.0856	0.3342	-0.0913	0.4253	17.1255	84.7227	66.7383
4	1.2475	-0.7594	0.1032	6.2339	1.9613	2.7624	-0.0527	-0.1923	0.1529	0.7978	0.1519	0.1331	-0.1161	0.0204	-0.1052	0.5136	-0.0018	0.1181	0.527	-0.0883	0.4713	19.0603	83.5044	73.1818
5	1.9382	0.9007	0.5737	4.7202	2.7332	9.4399	0.1025	-0.1933	-0.193	0.3752	0.1633	-0.3061	0.1453	0.726	-0.2471	0.4599	0.1184	-0.0627	0.5198	-0.1387	0.5875	32.4788	62.3919	61.5838
6	5.5563	-2.3346	-1.4712	8.1719	1.8558	5.5371	0.1691	0.2159	0.6804	-0.2667	-0.1785	0.165	-0.7337	-0.1237	0.0277	0.443	-0.0204	0.0129	0.4479	0.0072	0.4903	16.1456	70.0859	19.2033
7	1.9469	0.0372	0.2364	1.8931	1.4278	2.9253	0.0386	0.1292	0.0513	-0.0478	-0.0364	0.0309	-0.241	0.0155	-0.0099	0.3551	-0.0014	0.03	0.4843	-0.0891	0.4165	20.2179	56.0065	25.1896
8	5.0568	-3.3169	1.3874	4.0874	-0.563	3.1668	-0.1566	-0.2087	-0.0697	0.1713	0.0189	0.5209	-0.1947	-0.9592	0.0999	0.4509	0.0259	0.0435	0.7026	-0.1628	0.5559	5.8563	60.3272	42.3734
9	0.7195	-0.6358	-0.1255	3.5875	2.2335	4.1433	-0.0215	-0.1737	-0.0202	0.5897	0.1764	-0.091	0.5869	0.2632	-0.1512	0.3536	-0.0105	-0.0064	0.4346	-0.0591	0.4584	20.9155	41.4613	31.3298
10	1.5301	-0.5031	-0.0544	3.0678	0.3548	1.9767	-0.0635	0.1886	0.0884	-0.1887	0.102	-0.0033	-0.1149	0.0507	-0.0326	0.3446	-0.0753	0.0225	0.4805	-0.0521	0.404	20.0862	33.1151	-12.1447
11	1.2753	-0.5892	0.0838	1.6867	0.803	1.6296	-0.0218	-0.0253	0.0828	0.1277	-0.0334	0.075	0.0618	-0.1881	0.0556	0.3433	-0.0636	0.0511	0.4363	-0.0386	0.4012	7.7663	26.1119	3.1215
12	4.8623	-1.3447	0.2176	6.6964	0.9212	3.1195	-0.1719	0.762	0.119	-0.7515	0.2692	0.1418	0.0464	-0.1371	-0.095	0.5144	-0.162	0.0324	0.784	-0.0275	0.3541	17.0864	9.6845	-44.0375
13	1.6811	-0.1886	-0.3922	1.5878	0.2613	2.6231	-0.1356	0.4667	-0.1968	-0.2863	0.1583	-0.1166	0.2602	0.0427	-0.0297	0.5528	-0.0681	0.0699	0.6641	-0.201	0.5091	22.6807	-2.2582	-34.2055
14	3.0566	-2.1507	0.6759	4.5688	0.9597	0.9783	0.1492	0.5746	-0.7496	-0.3955	-0.3534	0.8105	0.5875	-0.4943	0.165	0.7185	-0.2068	0.039	0.8563	-0.2375	0.7262	1.7034	-6.0909	-25.159
15	2.1577	-0.4098	-0.2895	1.8213	-0.0479	2.3536	-0.1796	0.2547	-0.1982	-0.0578	0.1324	0.17	0.2562	-0.366	0.0487	0.5944	-0.1381	0.0404	0.5162	-0.132	0.4686	8.5294	-1.5691	-20.8184
16	4.4432	0.189	-2.1425	2.4203	-0.4544	3.2875	-0.5018	0.1282	-0.681	0.2422	0.1658	-0.1684	0.833	0.4386	0.2191	0.8636	0.0889	0.0552	0.6111	-0.2245	0.7143	30.2309	-17.0603	-24.4486
17	3.2056	-2.1934	0.0849	5.782	1.3732	1.2186	-0.0192	-0.3544	0.3038	1.0691	0.3044	-0.3155	-0.0172	0.368	-0.3185	0.8052	-0.1132	-0.0447	0.7254	-0.2058	0.5554	27.7353	93.1697	81.5665
18	-0.0229	-0.1714	-0.4266	3.8226	4.3359	5.039	-0.1447	-0.0085	-0.0539	0.7314	0.687	-0.4674	0.9327	1.015	-0.6372	0.5533	0.1106	0.0211	0.8959	-0.2752	0.7229	43.0404	28.1487	3.7913
19	3.955	1.7787	-1.185	5.2477	0.6613	4.6466	-0.5124	0.4742	-0.6165	-0.2851	0.187	-0.1615	1.41	-0.4044	0.3115	1.0906	-0.169	0.1767	0.6858	-0.1328	0.6331	6.6246	54.8855	69.8744
20	7.7856	0.0031	4.6198	5.1584	-2.3109	6.3001	-0.1071	-0.4885	0.3945	0.6847	-0.2665	-1.2454	-0.0756	1.3524	0.3913	0.7922	0.0243	-0.1037	0.8578	-0.0092	0.6684	16.88	64.7424	102.687
21	5.6019	-0.2851	2.8208	4.4645	-1.3395	6.9011	-0.2269	-0.5486	-0.3896	0.9557	-0.1607	-0.8736	0.771	1.5006	0.3523	1.2	0.2996	0.0447	0.9466	0.1475	0.858	12.0882	52.7541	105.9136
22	2.1872	0.5192	-0.7845	2.4959	-0.2732	2.5294	-0.4718	-0.0972	-0.6879	0.4423	0.2729	-0.2457	0.9178	0.027	0.1312	1.2527	0.1193	0.2812	0.575	0.0746	0.8534	-1.7185	50.1837	99.6805
23	3.0378	0.2519	-1.8051	1.945	0.3069	5.7368	-0.3616	0.0861	-0.586	0.1506	0.2664	0.0216	0.8521	-0.0941	0.0466	0.8126	-0.0299	0.1301	0.4768	-0.0102	0.5922	1.3686	58.4831	87.8006
24	6.0469	-3.9806	-3.6878	2.9604	1.4561	8.0798	-0.3368	0.7795	-0.2364	-0.1667	0.3276	0.3974	-0.4087	-0.8012	0.0349	0.5447	-0.1176	0.057	0.7644	0.0622	0.6672	-8.0496	63.2662	79.575

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 7種, 431分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-非ポリマー , 7種, 431分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 7種, 431分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)