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万見
- PDB-5qif: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5qif
タイトルPanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands) -- Crystal Structure of HAO1 in complex with Z31792168
要素Hydroxyacid oxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PanDDA / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / HAO1 / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / fatty acid alpha-oxidation / glycine biosynthetic process / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import ...glyoxylate oxidase / glyoxylate oxidase activity / glycolate catabolic process / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / fatty acid alpha-oxidation / glycine biosynthetic process / peroxisomal matrix / Peroxisomal protein import / FMN binding / response to oxidative stress / intracellular membrane-bounded organelle / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 2-cyclohexyl-~{N}-pyridin-3-yl-ethanamide / 2-Hydroxyacid oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者MacKinnon, S. / Bezerra, G.A. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...MacKinnon, S. / Bezerra, G.A. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Brennan, P.E. / Yue, W.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition of models with modelled events (e.g. bound ligands)
著者: MacKinnon, S. / Bezerra, G.A. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U. / ...著者: MacKinnon, S. / Bezerra, G.A. / Krojer, T. / Bradley, A.R. / Talon, R. / Brandao-Neto, J. / Douangamath, A. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U. / Brennan, P.E. / Yue, W.W.
履歴
登録2018年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference / _pdbx_related_exp_data_set.metadata_reference
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4963
ポリマ－40,8211
非ポリマー6752
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.780, 97.780, 81.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 1 / HAOX1 / Glycolate oxidase / GOX


分子量: 40820.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAO1, GOX1, HAOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJM8, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GWS / 2-cyclohexyl-~{N}-pyridin-3-yl-ethanamide


分子量: 218.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.75 / 詳細: 0.1M MIB pH 5.75 - 7.0, 27.5-35% PEG1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→26.33 Å / Num. obs: 97888 / % possible obs: 82.2 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 25 / Num. measured all: 459004 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.2-1.231.10.357148213690.7870.3570.5051.415.7
5.37-26.336.40.036876313660.9960.0160.03957.199

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2NZL

2nzl


解像度: 1.2→69.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.297 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1829 4888 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.1641 92992 82.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.67 Å2 / Biso mean: 14.218 Å2 / Biso min: 2.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→69.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2723 0 63 137 2923
Biso mean--15.99 17.38 -
残基数----359
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.9864038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03336338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1815388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.11123.445119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.79815474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6411524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0861.3131514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0821.3071509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3141.9741914
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.07835702
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.5095100
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.98755672
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 56 -
Rwork0.504 1312 -
all-1368 -
obs--15.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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