PDB-6db1: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-Terminal Ligand-Bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6db1

タイトル

2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-Terminal Ligand-Binding Domain of Putative Methyl-Accepting Chemotaxis Protein from Salmonella enterica

要素

Putative methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Chemotaxis

機能・相同性

機能・相同性情報

chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of N-Terminal Ligand-Binding Domain of Putative Methyl-Accepting Chemotaxis Protein from Salmonella enterica.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Kiryukhina, O. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2018年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6db1.cif.gz	128.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6db1.ent.gz	101.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6db1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6db1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/6db1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2og7-d 1ds1-d 4u49-2 5qev-d 6y12-d 5gj9-1 6z8w-d 6a24-d 2glx-2 6mp8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01047

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (8) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Putative methyl-accepting chemotaxis protein

B: Putative methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

35.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.226, 89.226, 65.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-310- HOH

#1: タンパク質	Putative methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 17832.814 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 34-189 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: STM3152 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q8ZM14
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: Protein: 7.0 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3), ATP, Mg, Screen: PACT (C5), 0.1 PCB buffer (pH 8.0), 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: Be / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 20259 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.084 / R_sym value: 0.075 / Χ²: 1.861 / Net I/σ(I): 28.9
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1009 / CC_1/2: 0.718 / R_pim(I) all: 0.415 / R_rim(I) all: 0.926 / R_sym value: 0.826 / Χ²: 1.006 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0222	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→29.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 15.137 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26448	1036	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22218	-	-	-
obs	0.22438	19193	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.82 Å²	-0.91 Å²	0 Å²
2-	-	-1.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2109	0	1	81	2191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.015	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.805	3052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.476	1.836	4672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.211	5	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.185	20.087	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.449	15	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.993	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.021	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.021	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.112	3.195	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.111	3.196	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.252	4.758	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.252	4.76	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.536	3.432	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.523	3.429	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.963	5.087	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.682	40.524	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.678	40.405	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	74	-
R_work	0.34	1418	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5765	0.7621	-1.4901	9.5617	-3.1892	2.6055	-0.4767	0.2369	-0.466	-0.0466	0.3323	-0.4458	0.0627	-0.0963	0.1444	0.2095	0.0249	0.0209	0.1065	-0.0794	0.1185	35.6468	2.5423	0.6594
2	3.29	4.6719	-0.1825	9.1492	3.1284	4.7606	-0.1826	0.3509	-0.5007	0.0826	0.1115	-0.9732	0.5723	-0.5289	0.071	0.3585	0.0271	0.0719	0.1365	0.0082	0.9278	35.0855	-20.6601	7.5389
3	6.4545	-2.7974	0.9415	7.3922	-1.7481	3.6273	-0.2917	-0.2795	0.0053	0.5545	0.4388	-0.1275	-0.1035	-0.2337	-0.1471	0.2597	0.0971	-0.0262	0.1551	-0.0294	0.0192	29.3512	6.3368	6.2934
4	1.8087	3.9377	-0.9454	8.669	-2.4375	2.4881	-0.0276	0.0617	-0.1778	-0.006	0.241	-0.2971	0.0924	-0.3436	-0.2135	0.2635	0.0539	0.0771	0.207	0.0909	0.1499	24.6371	-10.7681	8.7984
5	0.4108	1.8747	1.4365	10.0002	7.6316	5.8571	-0.0615	-0.0627	-0.0139	-1.1703	-0.0293	-0.0079	-0.8514	-0.0454	0.0908	0.5549	-0.1303	0.0639	0.1242	0.0341	0.3195	21.153	-17.5699	3.8063
6	1.1531	3.1011	-2.1699	12.572	-4.8725	4.5058	-0.1538	0.2407	0.0078	-0.3861	0.2066	-0.0923	0.1239	-0.5219	-0.0528	0.1922	-0.0121	-0.0351	0.1938	0.0033	0.041	26.2082	6.7576	-6.1276
7	9.0916	7.0171	0.4362	8.0674	1.0662	1.9953	-0.0509	0.3119	0.1219	-0.0108	0.0783	-0.1468	-0.0526	0.0123	-0.0274	0.1591	0.0003	-0.0492	0.1695	-0.1017	0.1344	44.4244	13.1846	-7.2182
8	6.5539	3.0439	-0.0793	5.4853	0.7951	3.8212	-0.0943	0.4539	-0.6047	-0.2338	-0.0161	0.1269	0.4522	-0.5987	0.1104	0.3522	-0.1104	-0.0313	0.3797	-0.1934	0.1663	28.2136	-5.546	-15.4505
9	2.1202	2.6449	-1.3292	6.3466	-1.3868	1.438	-0.2943	0.3031	-0.2951	-0.2938	0.1081	-0.5218	0.0132	0.0405	0.1862	0.2116	-0.0352	0.0135	0.2906	-0.1335	0.28	49.4978	8.6127	-12.6829
10	11.9221	6.7423	5.7169	5.0596	4.1657	4.013	-0.1445	0.3258	-0.0975	-0.1735	0.1984	-0.2684	0.1527	0.1184	-0.0538	0.2093	-0.0122	0.046	0.1383	-0.0845	0.1419	42.8255	-5.0849	-16.2606
11	6.2093	3.8876	1.7747	8.8607	2.0198	9.5602	0.2607	-0.2765	-0.8368	0.5614	-0.4344	-0.0189	0.4028	-0.5857	0.1737	0.143	-0.1103	-0.0036	0.0946	0.0058	0.1666	33.0668	-17.8472	-14.6948
12	1.4266	2.2592	3.6205	7.9104	5.5615	9.2115	0.4362	-0.2091	0.0223	0.9824	-0.5423	-0.7352	1.054	-0.5524	0.1061	0.1781	-0.0367	-0.0645	0.1251	-0.0379	0.2529	44.9495	-5.0198	-6.0306
13	7.1551	6.3501	0.9692	7.4859	0.5817	5.6535	0.2323	-0.203	-0.2782	0.5695	-0.1994	-0.6065	0.1084	-0.0129	-0.0329	0.1239	-0.0243	-0.1082	0.0728	0.0235	0.1371	50.8122	12.542	2.3656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	43 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	118 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	143 - 152
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	153 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	42 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	62 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	96 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	114 - 138
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	139 - 149
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	150 - 166
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	167 - 176

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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