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万見
- PDB-5otf: MRCK beta in complex with BDP-00009066 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5otf
タイトルMRCK beta in complex with BDP-00009066
要素Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
キーワードCELL INVASION / MYOTONIC DYSTROPHY KINASE-RELATED CDC42-BINDING KINASE / METASTASIS / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / cell leading edge / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction ...actomyosin / actomyosin structure organization / establishment or maintenance of cell polarity / RHOJ GTPase cycle / cell leading edge / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / small GTPase binding / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / : / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. ...Serine/threonine-protein kinase MRCK beta, catalytic domain / KELK-motif containing domain / KELK-motif containing domain of MRCK Ser/Thr protein kinase / Myotonic dystrophy protein kinase, coiled coil / DMPK coiled coil domain like / : / Domain found in NIK1-like kinases, mouse citron and yeast ROM1, ROM2 / CNH domain / Citron homology (CNH) domain / Citron homology (CNH) domain profile. / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AQ5 / Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schuettelkopf, A.W.
引用ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2018
タイトル: Discovery of Potent and Selective MRCK Inhibitors with Therapeutic Effect on Skin Cancer.
著者: Unbekandt, M. / Belshaw, S. / Bower, J. / Clarke, M. / Cordes, J. / Crighton, D. / Croft, D.R. / Drysdale, M.J. / Garnett, M.J. / Gill, K. / Gray, C. / Greenhalgh, D.A. / Hall, J.A.M. / ...著者: Unbekandt, M. / Belshaw, S. / Bower, J. / Clarke, M. / Cordes, J. / Crighton, D. / Croft, D.R. / Drysdale, M.J. / Garnett, M.J. / Gill, K. / Gray, C. / Greenhalgh, D.A. / Hall, J.A.M. / Konczal, J. / Lilla, S. / McArthur, D. / McConnell, P. / McDonald, L. / McGarry, L. / McKinnon, H. / McMenemy, C. / Mezna, M. / Morrice, N.A. / Munro, J. / Naylor, G. / Rath, N. / Schuttelkopf, A.W. / Sime, M. / Olson, M.F.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5315
ポリマ－48,0231
非ポリマー5084
水2,810156
1
A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein kinase MRCK beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,06310
ポリマ－96,0472
非ポリマー1,0168
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6790 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area35840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.190, 44.056, 91.845
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

CL

21A-706-

HOH

31A-756-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase MRCK beta / CDC42-binding protein kinase beta / CDC42BP-beta / DMPK-like beta / Myotonic dystrophy kinase- ...CDC42-binding protein kinase beta / CDC42BP-beta / DMPK-like beta / Myotonic dystrophy kinase-related CDC42-binding kinase beta / Myotonic dystrophy protein kinase-like beta


分子量: 48023.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42BPB, KIAA1124 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y5S2, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-AQ5 / (6~{S})-8-(3-pyrimidin-4-yl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl)-1,8-diazaspiro[5.5]undecane


分子量: 348.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 % / Mosaicity: 0.2 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 12-18% PEG 3350, 100mM ammonium sulphate, 100mM sodium potassium tartrate, 100mM bis-tris pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.88 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.77 Å / Num. obs: 29757 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.053.30.856678920700.6420.551.0211.794.8
8.95-29.773.20.02211003450.9990.0150.02745.693.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDS2014-01-10データ削減
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UAK

4uak


解像度: 2→29.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 12.654 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 1431 4.8 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.201 28326 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.41 Å2 / Biso mean: 41.069 Å2 / Biso min: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.36 Å2
2---1.62 Å20 Å2
3---1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 35 156 3499
Biso mean--34.5 41.16 -
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0193378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8011.9654573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7523.0057228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3155409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35224.062160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.71715564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4431519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.621.9211642
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.621.9221641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5962.8692049
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 102 -
Rwork0.286 1961 -
all-2063 -
obs--94.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.709 Å / Origin y: 1.099 Å / Origin z: 19.012 Å
111213212223313233
T0.1251 Å2-0.027 Å2-0.1113 Å2-0.2258 Å20.0022 Å2--0.1053 Å2
L2.0157 °2-0.483 °21.1039 °2-0.4454 °2-0.3252 °2--1.3855 °2
S-0.0264 Å °-0.1644 Å °0.0192 Å °0.1036 Å °0.0359 Å °-0.08 Å °-0.0679 Å °0.1701 Å °-0.0095 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 417
2X-RAY DIFFRACTION1L1 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION1W1 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION1X1 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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