PDB-5on0: Crystal structure of NikA in complex with Fe-L2 (N-(2-hydroxy-3me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5on0

タイトル

Crystal structure of NikA in complex with Fe-L2 (N-(2-hydroxy-3methoxybenzyl)-N-N'-ethylenediaminediacetic acid)

要素

Nickel-binding periplasmic protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / artificial oxygenase / CLEC / dioxygen activation / oxidation of carbon-carbon double bonds

機能・相同性

機能・相同性情報

nickel cation import across plasma membrane / metal cluster binding / peptide transmembrane transporter activity / peptide transport / negative chemotaxis / nickel cation binding / transition metal ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cavazza, C. / Menage, S.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Cross-Linked Artificial Enzyme Crystals as Heterogeneous Catalysts for Oxidation Reactions.
著者: Lopez, S. / Rondot, L. / Lepretre, C. / Marchi-Delapierre, C. / Menage, S. / Cavazza, C.

履歴

登録	2017年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record Item: _audit_author.name
改定 1.3	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.4	2020年8月19日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.5	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5on0.cif.gz	233.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5on0.ent.gz	184 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5on0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5on0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5on0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5on1C 5on4C 5on5C 5on8C 5on9C 3mvwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mw0-1 3mvx-2 6r4q-1 5on4-1 3mzb-2 1zlq-2 3mvw-2 3mvw-1 3mw0-2 5on1-1 3qim-2 1zlq-1 3dp8-1 3mvz-2 3mvy-2 5on4-2 3e3k-1 3mvz-1 1uiv-1 2xja-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nickel-binding periplasmic protein

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

116 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
58.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nickel-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.937, 94.832, 124.993
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Nickel-binding periplasmic protein 分子量: 56360.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: nikA, b3476, JW3441 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33590

-
非ポリマー , 7種, 922分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-9YH / 2-[2-[2-hydroxy-2-oxoethyl-[(3-methoxy-2-oxidanyl-phenyl)methyl]amino]ethyl-[(2-methylsulfanylphenyl)methyl]amino]ethanoic acid 分子量: 448.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₈N₂O₆S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: sodium acetate, 100 mM, pH 4.6 Ammonium sulfate 1.8 M

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.416 Å / Num. obs: 81960 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.35 % / Net I/σ(I): 14.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MVW

3mvw

解像度: 1.9→47.416 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2066	4098	5 %
R_work	0.1763	-	-
obs	0.1779	81931	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7808	0	187	891	8886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.898	11204
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.825	3040
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	1220
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1462

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9224	0.2424	140	0.2304	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9224-1.9458	0.2612	140	0.2187	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9458-1.9704	0.2446	140	0.2218	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9704-1.9964	0.2474	138	0.2313	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9964-2.0237	0.2552	141	0.2205	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0237-2.0526	0.2728	139	0.2071	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0526-2.0833	0.2559	141	0.21	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0833-2.1158	0.2515	140	0.2052	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1158-2.1505	0.2392	140	0.1995	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1505-2.1876	0.2237	140	0.1963	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1876-2.2274	0.2591	139	0.201	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2274-2.2702	0.2478	142	0.1933	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2702-2.3166	0.2467	138	0.1917	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3166-2.3669	0.2184	140	0.1898	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3669-2.422	0.2333	141	0.1823	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.422-2.4826	0.2227	141	0.1853	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4826-2.5497	0.1896	140	0.1867	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5497-2.6247	0.2392	141	0.1814	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6247-2.7094	0.2155	142	0.1893	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7094-2.8062	0.2331	141	0.1832	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8062-2.9186	0.1969	141	0.1841	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9186-3.0514	0.2026	141	0.1761	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0514-3.2122	0.2252	143	0.1748	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2122-3.4134	0.1952	141	0.1654	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4134-3.6769	0.1746	143	0.159	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6769-4.0467	0.1739	143	0.1409	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0467-4.6319	0.1549	145	0.1386	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6319-5.834	0.1842	146	0.1632	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
5.834-47.4307	0.1952	151	0.1812	2858	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 922分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 922分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 922分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)