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- PDB-5ois: InhA (T2A mutant) complexed with 4-((5-Amino-3-methyl-1H-pyrazol-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ois
タイトルInhA (T2A mutant) complexed with 4-((5-Amino-3-methyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl)-N-(2-chloro-4-fluorobenzyl)benzamide
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Inhibitor / complex / fragment based drug discovery / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / mycolic acid biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD+ binding / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid binding / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9WK / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Convery, M.A.
引用ジャーナル: ChemMedChem / 年: 2018
タイトル: Screening of a Novel Fragment Library with Functional Complexity against Mycobacterium tuberculosis InhA.
著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / ...著者: Prati, F. / Zuccotto, F. / Fletcher, D. / Convery, M.A. / Fernandez-Menendez, R. / Bates, R. / Encinas, L. / Zeng, J. / Chung, C.W. / De Dios Anton, P. / Mendoza-Losana, A. / Mackenzie, C. / Green, S.R. / Huggett, M. / Barros, D. / Wyatt, P.G. / Ray, P.C.
履歴
登録2017年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
H: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,24412
ポリマ－114,0994
非ポリマー4,1458
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19370 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area33400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.540, 103.510, 177.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / Enoyl-ACP reductase / FAS-II enoyl-ACP reductase / NADH-dependent 2-trans-enoyl-ACP reductase


分子量: 28524.754 Da / 分子数: 4 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: inhA, Rv1484, MTCY277.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WGR1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物
ChemComp-9WK / 4-[(5-azanyl-3-methyl-pyrazol-1-yl)methyl]-~{N}-[(2-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)methyl]benzamide


分子量: 372.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18ClFN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10% PEG6K, 0.1M Bicine pH9. Cryo - well + 25% ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→41.53 Å / Num. obs: 93202 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 53.89 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 1.371 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 6864 / CC1/2: 0.526 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 2.24→41.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.129
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 4622 4.96 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 93102 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.425 Å20 Å20 Å2
2---8.5973 Å20 Å2
3---7.1723 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.24→41.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7976 0 280 464 8720
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018432HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0811488HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2856SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes180HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1320HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8432HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1120SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9977SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 274 4 %
Rwork0.275 6575 -
all0.275 6849 -
obs--99.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3880.2039-0.26730.70860.1722.042-0.1239-0.044-0.0097-0.36880.1048-0.0209-0.0490.2510.01910.3355-0.00260.0248-0.20650.0189-0.31795.520272.9514-66.0098
20.68630.0932-0.17171.5470.56771.91570.0597-0.03650.1564-0.17090.0348-0.093-0.52690.3419-0.09450.3983-0.09290.0526-0.2341-0.0211-0.32428.551493.223-56.9772
30.99910.1933-0.53611.522-0.08031.7848-0.1633-0.0122-0.2324-0.3110.0685-0.07140.61250.07770.09480.41120.04390.0565-0.30780.0258-0.32582.355850.8149-65.3946
40.93160.0636-0.15421.32520.34731.7575-0.09630.12340.0916-0.45280.03060.3776-0.1822-0.41470.06560.33490.033-0.1416-0.17540.0369-0.268-16.027376.7032-70.5602
50.740.0174-0.24061.290.10362.0615-0.13210.0378-0.1125-0.30310.207-0.3974-0.05490.8084-0.07490.1989-0.03110.15070.0301-0.055-0.311827.167971.0798-71.155
60.5024-0.5876-0.48991.5874-0.00512.0567-0.0479-0.08610.0608-0.14650.1084-0.0448-0.14580.303-0.06050.3176-0.1503-0.0365-0.15490.001-0.25495.518872.9302-65.9819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ N|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ F|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ H|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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