PDB-5ocj: Crystal structure of Ag85C bound to cyclophostin 8beta inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ocj

タイトル

Crystal structure of Ag85C bound to cyclophostin 8beta inhibitor

要素

Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

キーワード

TRANSFERASE / Ag85C / mycolicate / mycomembrane / TMM / TDM

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose O-mycolyltransferase activity / trehalose O-mycolyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / glycolipid biosynthetic process / zymogen binding / lipid transport / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / peptidoglycan-based cell wall ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Viljoen, A. / Richard, M. / Nguyen, P.C. / Spilling, C.D. / Canaan, S. / Cavalier, J.F. / Blaise, M. / Kremer, L.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Cyclipostins and cyclophostin analogs inhibit the antigen 85C from
著者: Viljoen, A. / Richard, M. / Nguyen, P.C. / Fourquet, P. / Camoin, L. / Paudal, R.R. / Gnawali, G.R. / Spilling, C.D. / Cavalier, J.F. / Canaan, S. / Blaise, M. / Kremer, L.

履歴

登録	2017年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5ocj.ent.gz	192.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ocj_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ocj_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	5ocj_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	5ocj_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oc/5ocj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hrhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hrh-1 1va5-2 1w17-1 5ab3-1 2w79-1 3hrh-2 2w3z-d 1f0p-d 6rug-d 6uvz-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

B: Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

ヘテロ分子

67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.390, 75.770, 137.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C / DGAT / Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase / Antigen 85 complex C / Ag85C / Fibronectin-binding ...DGAT / Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase / Antigen 85 complex C / Ag85C / Fibronectin-binding protein C / Fbps C 分子量: 33242.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: fbpC, mpt45, Rv0129c, MTCI5.03c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 参照: UniProt: P9WQN9, trehalose O-mycolyltransferase, diacylglycerol O-acyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-9SW / methoxy-[(3~{R})-3-[(2~{R})-1-methoxy-1,3-bis(oxidanylidene)butan-2-yl]pentadecyl]phosphinic acid 分子量: 420.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₁O₆P
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5 and 10% w/v Polyethylene glycol 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→48.095 Å / Num. obs: 65871 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 8 % / R_rim(I) all: 0.09689 / Net I/σ(I): 16.66
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 6486 / CC_1/2: 0.729 / R_pim(I) all: 0.372 / R_rim(I) all: 1.049 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HRH

3hrh

解像度: 1.8→48.095 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	2000	3.04 %
R_work	0.1507	-	-
obs	0.1514	65862	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.095 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4297	0	54	533	4884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4501
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.821	6152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.521	2562
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	815

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.2682	141	0.2377	4507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.8949	0.2195	140	0.2058	4475	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8949-1.9507	0.224	142	0.1886	4521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9507-2.0136	0.2123	141	0.1743	4496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0136-2.0856	0.1911	141	0.1562	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0856-2.1691	0.1888	142	0.1482	4544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1691-2.2678	0.1803	142	0.1476	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2678-2.3874	0.1911	141	0.1485	4518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3874-2.537	0.1956	143	0.159	4572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.537-2.7328	0.2042	143	0.1597	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7328-3.0078	0.1737	143	0.1544	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0078-3.4429	0.1591	144	0.1434	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4429-4.3373	0.135	145	0.1247	4634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3373-48.1118	0.164	152	0.1466	4843	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9472	-6.6736	-2.9004	5.6984	3.4784	2.9563	-0.0302	-0.0152	0.333	-0.0651	0.2498	-0.5407	0.059	0.1932	-0.2354	0.1681	-0.0156	-0.0092	0.2258	-0.0162	0.2013	16.9519	-21.9193	-5.2548
2	3.133	1.2315	0.7046	3.0029	0.3077	4.137	-0.0592	0.1886	0.0988	-0.2531	0.0492	-0.1648	0.0086	-0.0956	0.0098	0.1495	0.0399	-0.0133	0.1312	0.0002	0.2256	7.4075	-20.445	-7.8332
3	1.7287	0.111	-0.0066	1.1692	-0.2724	2.0595	0.0371	-0.0756	0.1414	-0.0541	-0.061	0.0252	-0.1538	-0.0754	0.0075	0.1406	0.0004	-0.0028	0.1537	-0.0181	0.1699	5.1291	-18.2431	-6.6376
4	1.5583	-0.3245	-0.3565	2.88	3.6668	7.415	0.0098	0.0386	-0.0875	-0.0962	0.09	-0.181	0.0123	0.3646	-0.1274	0.159	0.0081	0.0001	0.1565	0.0233	0.1919	13.3318	-31.2097	-6.1054
5	1.17	-0.2205	-0.4666	1.2014	0.6448	2.384	0.0082	0.0851	-0.0648	-0.0744	-0.015	0.0337	0.189	-0.1202	0.012	0.1752	-0.0189	-0.0074	0.1719	-0.0071	0.1723	0.0366	-34.8008	-13.224
6	1.663	-0.0669	-0.0105	2.3471	-0.9709	3.7295	-0.1166	0.0292	0.0645	-0.0583	0.0088	-0.0162	-0.1168	-0.3633	0.1066	0.1121	-0.0076	-0.006	0.1895	-0.0528	0.1807	-9.4908	-26.112	-8.8183
7	1.9265	3.4181	-3.6257	5.4511	-5.8088	6.4847	0.0933	0.123	0.078	-0.3094	0.1608	0.5625	0.2948	-0.5234	-0.3076	0.2233	-0.0049	-0.0121	0.3378	-0.031	0.2792	-12.8197	-29.0769	-15.8083
8	2.4015	0.2823	-0.5356	1.7568	0.0983	3.0152	-0.0195	-0.2158	0.0561	0.1056	-0.006	0.1176	-0.0856	-0.2968	0.026	0.1087	0.0263	-0.0044	0.1894	-0.0344	0.171	-8.864	-20.5549	-4.9489
9	8.8908	3.9155	-3.7827	5.2854	-1.9411	4.3142	-0.0104	0.3062	0.576	-0.3446	0.2024	0.4498	-0.205	-0.1684	-0.2487	0.3227	0.033	-0.1131	0.2115	0.0193	0.244	-18.7458	-12.8358	-53.8066
10	2.4848	0.0733	-1.1959	5.3385	-0.7412	1.833	-0.0164	0.0366	0.0963	-0.2978	-0.0143	0.0669	-0.0815	-0.1229	0.0071	0.1864	-0.0214	-0.046	0.1441	0.0222	0.1771	-11.935	-18.6992	-50.23
11	2.2121	0.1693	0.5733	2.7133	0.1945	1.7643	-0.0416	0.1582	0.08	-0.456	-0.0943	-0.1268	-0.0522	0.1498	0.1264	0.2567	0.0123	-0.008	0.1484	0.0183	0.1651	-9.0906	-19.4009	-51.7653
12	2.7958	-0.1341	-0.5724	2.7042	-0.396	6.3326	-0.1134	-0.0294	0.1089	-0.2147	-0.165	0.511	-0.3036	-0.3733	0.2305	0.2071	0.0114	-0.1014	0.1966	-0.0314	0.327	-24.2413	-21.0345	-49.3159
13	1.7104	-0.3043	-0.4559	2.4858	0.5291	3.2273	-0.05	-0.1894	-0.076	0.1139	-0.0789	0.212	0.0999	-0.1131	0.1404	0.2131	-0.0104	-0.0062	0.2039	0.0028	0.2215	-17.2173	-31.4495	-40.274
14	2.7552	1.3684	1.3052	3.871	1.61	3.2381	-0.0463	0.0828	-0.025	-0.1339	-0.0044	-0.2014	0.0009	0.2842	0.0372	0.2102	0.0416	0.0265	0.1801	0.0431	0.2293	-5.1773	-34.7831	-46.1887
15	7.5866	3.8268	5.8503	2.1534	2.4738	5.1285	0.1296	-0.3515	-0.2918	0.1446	-0.0912	-0.2754	0.2369	-0.1161	-0.0531	0.239	0.0173	0.0268	0.2304	0.0565	0.1949	-4.2737	-37.2429	-38.3368
16	1.0203	0.0789	-0.1674	4.2297	0.9081	1.8271	0.0208	0.138	-0.0904	-0.4331	-0.0688	-0.4126	0.0391	0.1893	0.031	0.2124	0.037	0.0518	0.2209	0.036	0.2308	-2.1338	-31.8668	-51.4845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 79 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 80 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 119 through 192 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 193 through 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 244 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 245 through 282 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 6 through 27 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 28 through 47 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 48 through 79 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 80 through 118 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 119 through 192 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 193 through 221 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 222 through 244 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 245 through 282 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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